More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2139 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2139  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  100 
 
 
380 aa  785    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000311215  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1252  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  66.94 
 
 
363 aa  463  1e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0971666  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2431  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  61.98 
 
 
394 aa  464  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.843563  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2556  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  66.21 
 
 
363 aa  462  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.726851  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2744  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  67.5 
 
 
370 aa  455  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.662947  normal  0.344517 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3378  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  66.2 
 
 
363 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2998  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  65.01 
 
 
363 aa  424  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00246474  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2006  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  63.32 
 
 
375 aa  414  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.361221  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1131  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  52.91 
 
 
414 aa  332  6e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.663045  normal  0.545416 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2019  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  51.63 
 
 
360 aa  332  6e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1222  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  52.63 
 
 
369 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2022  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  50.82 
 
 
383 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.195874 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1298  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  49.08 
 
 
376 aa  315  9e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0260936  normal  0.747648 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0249  putative enoyl-CoA hydratase/isomerase  44.39 
 
 
370 aa  297  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2495  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  44.7 
 
 
376 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1742  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  45.74 
 
 
374 aa  278  9e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3491  enoly-coenzyme A hydratase/isomerase family protein  43.09 
 
 
357 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2864  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.58 
 
 
368 aa  268  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.298251  normal  0.362821 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2280  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.09 
 
 
357 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10690  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.3 
 
 
360 aa  266  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.206594  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2884  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.01 
 
 
356 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0933  hypothetical protein  41.76 
 
 
352 aa  263  4e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0902  hypothetical protein  41.76 
 
 
352 aa  263  4e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2437  enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.48 
 
 
356 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.484905  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1729  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  44.02 
 
 
391 aa  258  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0387  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  44.02 
 
 
391 aa  258  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0775  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  44.02 
 
 
391 aa  258  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.348841  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1244  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  44.13 
 
 
380 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.877663  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1985  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  44.13 
 
 
380 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.902341  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1833  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  44.13 
 
 
380 aa  257  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1816  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  44.13 
 
 
380 aa  255  9e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.521456  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2887  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.65 
 
 
355 aa  255  9e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.115929 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1652  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  43.23 
 
 
376 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.49047  normal  0.0354941 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1461  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  43.12 
 
 
387 aa  253  6e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1482  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  41.58 
 
 
386 aa  252  7e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328933  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5131  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.63 
 
 
383 aa  250  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.469917  normal  0.668037 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1672  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  44.22 
 
 
382 aa  248  9e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.949523  normal  0.128117 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4702  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  43.38 
 
 
387 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2504  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  44.47 
 
 
380 aa  248  1e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3661  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.7 
 
 
379 aa  248  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.784778  normal  0.611777 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1556  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.86 
 
 
350 aa  246  4e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.615886  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1536  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  44.94 
 
 
387 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1560  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  44.68 
 
 
387 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1080  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  44.68 
 
 
387 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4261  enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.82 
 
 
376 aa  243  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4091  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.44 
 
 
383 aa  242  6e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0330576  normal  0.12055 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1089  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  39.73 
 
 
382 aa  242  6e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0147418 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3978  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.44 
 
 
383 aa  242  6e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3591  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  43.14 
 
 
345 aa  240  2e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3571  putative enoyl-CoA hydratase/isomerase  37.89 
 
 
429 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2899  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.62 
 
 
346 aa  241  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.540353  hitchhiker  0.0000619803 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4380  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.77 
 
 
379 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.12865 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4899  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.77 
 
 
379 aa  239  4e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.298082  normal  0.0486568 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3705  enoly-CoA hydratase/isomerase family protein  40.54 
 
 
365 aa  239  8e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3054  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.06 
 
 
352 aa  237  3e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1770  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.98 
 
 
365 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0719  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.32 
 
 
379 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.33689  normal  0.220586 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0089  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  38.81 
 
 
379 aa  234  2.0000000000000002e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2060  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  38.53 
 
 
356 aa  233  3e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0616  enoyl-CoA hydratase/isomerase  42.24 
 
 
344 aa  232  7.000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.423335  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01906  Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  38.56 
 
 
376 aa  231  2e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.668457  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5328  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.74 
 
 
379 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0116155  normal  0.0410318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7569  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.18 
 
 
352 aa  230  3e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0229  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  42.02 
 
 
350 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2183  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  39.16 
 
 
382 aa  229  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0831  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  39.16 
 
 
382 aa  229  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0923  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  39.16 
 
 
382 aa  229  8e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.451836  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4958  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.48 
 
 
379 aa  229  9e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.260667 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3409  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.48 
 
 
379 aa  229  9e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.359557  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0649  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.23 
 
 
354 aa  228  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0753828  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0859  enoyl-CoA hydratase/isomerase  41.29 
 
 
348 aa  227  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.209599  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4680  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  40.11 
 
 
347 aa  224  2e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.706752  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0656  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  36.61 
 
 
368 aa  223  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0257  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  40.73 
 
 
350 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1798  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  38.5 
 
 
380 aa  223  3e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2163  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  35.73 
 
 
350 aa  223  4e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0211333  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2157  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  37.88 
 
 
357 aa  223  6e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.335235 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2557  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  38.27 
 
 
357 aa  222  8e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6833  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.78 
 
 
353 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1671  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.48 
 
 
376 aa  220  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.819283  hitchhiker  0.00169193 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0222  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  36.15 
 
 
391 aa  220  3e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1732  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  36.1 
 
 
350 aa  220  3e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.942683  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01706  enoyl-CoA hydratase  38.32 
 
 
390 aa  220  3e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.676708  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2322  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  35.18 
 
 
351 aa  219  6e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2457  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  35 
 
 
351 aa  219  6e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0809825  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2384  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  34.72 
 
 
351 aa  218  2e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.25475  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3002  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  35.8 
 
 
351 aa  217  2e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0905193 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1543  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.33 
 
 
355 aa  216  5.9999999999999996e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0256102  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2132  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  34.35 
 
 
351 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00488418  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4186  enoyl-CoA hydratase/isomerase  40.5 
 
 
417 aa  213  5.999999999999999e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000141548  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1607  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  35.4 
 
 
390 aa  212  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2195  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  34.35 
 
 
351 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.460942  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2118  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  34.07 
 
 
351 aa  211  1e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2356  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  34.35 
 
 
351 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05575  putative enoyl-coenzyme A hydratase protein  39.37 
 
 
390 aa  211  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.334489 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2375  3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase  34.35 
 
 
351 aa  211  2e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21060  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.27 
 
 
363 aa  210  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5645  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.87 
 
 
382 aa  209  5e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.789263  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4296  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.87 
 
 
356 aa  209  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1373  enoyl-CoA hydratase/isomerase  39.24 
 
 
367 aa  208  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.502408  normal  0.0715263 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>