62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1964 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008740  Maqu_1059  dehydrogenase-like  57.82 
 
 		 684 aa  775    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1668  putative dehydrogenase  55.74 
 
 		 689 aa  712    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0410472  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1644  dehydrogenase-like protein  58.89 
 
 		 707 aa  789    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1566  dehydrogenase-like protein  59.79 
 
 		 707 aa  788    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.386533  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2305  dehydrogenase-like  59.71 
 
 		 720 aa  779    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1964  putative dehydrogenase  100 
 
 		 710 aa  1451    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.220999  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1330  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.64 
 
 		 685 aa  446  1.0000000000000001e-124  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.372745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1617  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.78 
 
 		 685 aa  446  1.0000000000000001e-124  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4364  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  37.83 
 
 		 691 aa  448  1.0000000000000001e-124  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0103685  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0662  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.83 
 
 		 681 aa  433  1e-120  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0104064  hitchhiker  0.00000472149 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2483  dehydrogenase-like protein  37.92 
 
 		 728 aa  407  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0417165  normal  0.165062 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2362  dehydrogenase-like protein  37.04 
 
 		 728 aa  396  1e-109  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.221453 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1649  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  42.05 
 
 		 359 aa  265  1e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0129  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  41.76 
 
 		 371 aa  250  8e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.00000000445979  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0173  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  40.54 
 
 		 357 aa  245  1.9999999999999999e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000696733  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0808  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.61 
 
 		 362 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000170863  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0150  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.9 
 
 		 360 aa  227  6e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000131066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0249  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  35.68 
 
 		 370 aa  219  1e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00032725  normal  0.391108 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00730  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  37.4 
 
 		 362 aa  218  2e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000274075  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0115  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  34.14 
 
 		 364 aa  210  7e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000323099  hitchhiker  0.00167749 
 
 
-
 
NC_003296  RS04713  putative aminotransferase protein  29.97 
 
 		 845 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.924872 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00720  hypothetical protein  25.88 
 
 		 305 aa  132  3e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000877673  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0807  hypothetical protein  26.43 
 
 		 302 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00370253  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0440  putative class-III aminotransferase  27.44 
 
 		 891 aa  122  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0001965  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0475  hypothetical protein  28.05 
 
 		 299 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1254  protein of unknown function DUF205  31.47 
 
 		 574 aa  117  7.999999999999999e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.9558  normal  0.305152 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0112  hypothetical protein  23.47 
 
 		 304 aa  114  4.0000000000000004e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000282861  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0114  hypothetical protein  26 
 
 		 302 aa  114  6e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0358289  hitchhiker  0.00078389 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2695  hypothetical protein  25.24 
 
 		 317 aa  114  9e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3630  dehydrogenase-like protein  24.83 
 
 		 312 aa  113  9e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.496684  normal  0.352042 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2025  hypothetical protein  26.8 
 
 		 299 aa  112  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0375526  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0587  hypothetical protein  20.83 
 
 		 303 aa  112  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0873705  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0149  hypothetical protein  24.76 
 
 		 300 aa  110  7.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0567257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1830  hypothetical protein  28.81 
 
 		 304 aa  110  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.290615 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1012  hypothetical protein  28.84 
 
 		 560 aa  103  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0262179  hitchhiker  0.000000557566 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6305  aminotransferase class-III  39.57 
 
 		 955 aa  102  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.946043 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0492  hypothetical protein  28.05 
 
 		 334 aa  101  5e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0989  hypothetical protein  30.28 
 
 		 556 aa  101  6e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.39207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5680  hypothetical protein  26.5 
 
 		 366 aa  100  9e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0387198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1511  hypothetical protein  22.48 
 
 		 301 aa  95.9  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.850305  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0533  hypothetical protein  27.16 
 
 		 346 aa  84.3  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2946  aminotransferase class-III  27.75 
 
 		 957 aa  83.6  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.818635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05591  dehydrogenase  26.54 
 
 		 346 aa  81.3  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05971  dehydrogenase  26.54 
 
 		 346 aa  80.5  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.620838  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05891  dehydrogenase  25.93 
 
 		 346 aa  78.2  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.735878  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.96 
 
 		 339 aa  78.2  0.0000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.121651  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0399  hypothetical protein  24.32 
 
 		 340 aa  77.4  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.247515  normal  0.582942 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05891  dehydrogenase  27.47 
 
 		 346 aa  76.6  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0334693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05361  dehydrogenase  27.03 
 
 		 346 aa  75.9  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2279  hypothetical protein  24.55 
 
 		 339 aa  75.9  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.898255 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2534  hypothetical protein  23.31 
 
 		 339 aa  74.3  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1864  dehydrogenase  27.24 
 
 		 346 aa  73.6  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0898  dehydrogenase-like protein  25.87 
 
 		 340 aa  71.6  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0157574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0872  dehydrogenase like protein  25.87 
 
 		 340 aa  71.6  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1594  hypothetical protein  25.97 
 
 		 341 aa  71.6  0.00000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.293919 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1634  hypothetical protein  26.56 
 
 		 346 aa  70.9  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.509196  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0729  hypothetical protein  25.6 
 
 		 346 aa  63.2  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2782  pyridoxalphosphate dependent aminotransferase, class III  24.52 
 
 		 959 aa  61.2  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2973  aminotransferase class-III  24.52 
 
 		 956 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3090  amino acid adenylation domain protein  28.39 
 
 		 1466 aa  56.6  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3031  amino acid adenylation domain protein  28.39 
 
 		 1466 aa  55.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07811  hypothetical protein  27.87 
 
 		 191 aa  52.4  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>