More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2782 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2973  aminotransferase class-III  98.22 
 
 
956 aa  1925    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2782  pyridoxalphosphate dependent aminotransferase, class III  100 
 
 
959 aa  1963    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2946  aminotransferase class-III  34.51 
 
 
957 aa  441  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.818635  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4695  aminotransferase class-III  39.46 
 
 
517 aa  329  2.0000000000000001e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.106101  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4445  aminotransferase class-III  40.84 
 
 
521 aa  322  3e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0440  putative class-III aminotransferase  29.93 
 
 
891 aa  295  2e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0001965  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6305  aminotransferase class-III  28.7 
 
 
955 aa  273  8.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.946043 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2058  aminotransferase class-III  32.82 
 
 
475 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0166657  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2699  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  31.09 
 
 
472 aa  150  9e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1304  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  31.76 
 
 
472 aa  149  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000448411  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3528  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  29.3 
 
 
459 aa  140  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.31743 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3367  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  28.39 
 
 
429 aa  139  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2968  aminotransferase class-III  31.42 
 
 
471 aa  138  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02892  hypothetical protein  28.39 
 
 
459 aa  138  4e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02942  putrescine:2-oxoglutaric acid aminotransferase, PLP-dependent  28.39 
 
 
468 aa  138  5e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3255  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  28.39 
 
 
429 aa  138  5e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4387  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  28.39 
 
 
459 aa  138  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0628  putrescine aminotransferase  28.39 
 
 
429 aa  138  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0627  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  28.39 
 
 
429 aa  138  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3540  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  28.39 
 
 
429 aa  138  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0851  aminotransferase, class III  31.1 
 
 
484 aa  137  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.83306  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1819  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  28.75 
 
 
477 aa  137  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1416  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  29.25 
 
 
477 aa  137  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0799  aminotransferase, class III  31.1 
 
 
484 aa  135  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0819  aminotransferase class-III  35.37 
 
 
475 aa  135  3.9999999999999996e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.149442  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1260  acetylornithine aminotransferase  32.48 
 
 
399 aa  135  3.9999999999999996e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.161601 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1194  aminotransferase class-III  30.24 
 
 
468 aa  134  6e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.120122  normal  0.0636258 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3575  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  29.64 
 
 
459 aa  132  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.328531 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17220  ornithine aminotransferase  28.65 
 
 
462 aa  131  8.000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3479  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  29.64 
 
 
459 aa  131  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3409  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  29.64 
 
 
459 aa  131  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3405  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  29.64 
 
 
459 aa  131  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3513  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  29.32 
 
 
459 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000252781 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2006  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  28.66 
 
 
450 aa  129  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1419  aminotransferase class-III  30.63 
 
 
460 aa  129  4.0000000000000003e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.39856  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1907  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  28.89 
 
 
387 aa  129  4.0000000000000003e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0119007  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1580  aminotransferase class-III  31.63 
 
 
411 aa  128  5e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.118025  normal  0.128058 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1785  aminotransferase  31.01 
 
 
463 aa  128  5e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1277  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  26.35 
 
 
457 aa  128  5e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0468315  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0653  aminotransferase class-III  27.96 
 
 
467 aa  128  6e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0978357  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0842  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  30.55 
 
 
399 aa  127  7e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0215856 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3309  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  30.77 
 
 
393 aa  125  5e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1040  acetylornithine aminotransferase  29.41 
 
 
385 aa  124  9.999999999999999e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000111021  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19841  acetylornithine aminotransferase  28.31 
 
 
418 aa  124  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0786665 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1291  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  26.85 
 
 
393 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0338748 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0943  acetylornithine aminotransferase  28.1 
 
 
422 aa  123  1.9999999999999998e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0871  acetylornithine aminotransferase  28.9 
 
 
403 aa  122  3e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0637  acetylornithine aminotransferase  30.06 
 
 
418 aa  122  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00130856  normal  0.274942 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1072  acetylornithine aminotransferase  28.76 
 
 
385 aa  122  4.9999999999999996e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0280572  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1224  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  28.98 
 
 
399 aa  120  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.803293  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2204  acetylornithine aminotransferase  27.74 
 
 
390 aa  120  1.9999999999999998e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17211  acetylornithine aminotransferase  29.88 
 
 
420 aa  119  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2912  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  27.5 
 
 
400 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.386564  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3146  aminotransferase class-III  29.1 
 
 
408 aa  119  3e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.733649  normal  0.0499094 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5154  acetylornithine aminotransferase  26.69 
 
 
426 aa  119  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000762221 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4554  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  30.39 
 
 
404 aa  118  3.9999999999999997e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0640  acetylornithine aminotransferase  27.52 
 
 
403 aa  118  6e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.41902  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0867  acetylornithine aminotransferase  28.96 
 
 
393 aa  117  8.999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0063  acetylornithine and succinylornithine aminotransferases  29.87 
 
 
396 aa  116  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.857354  normal  0.372491 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_50577  acetylornithine aminotransferase  26.23 
 
 
476 aa  116  2.0000000000000002e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15001  acetylornithine aminotransferase  31.28 
 
 
391 aa  116  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0395  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  30.95 
 
 
413 aa  115  4.0000000000000004e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.538676 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3950  aminotransferase class-III  28.53 
 
 
452 aa  115  4.0000000000000004e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0175  acetylornithine transaminase protein  27.67 
 
 
399 aa  115  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0185  acetylornithine transaminase protein  25.3 
 
 
399 aa  114  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.372078 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0759  acetylornithine transaminase protein  27.63 
 
 
403 aa  114  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0803695 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1842  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  28.34 
 
 
399 aa  114  8.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.716815  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_52948  acetylornithine aminotransferase  29.18 
 
 
452 aa  114  8.000000000000001e-24  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.346975 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5127  aminotransferase class-III  30.84 
 
 
453 aa  113  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2220  aminotransferase class-III  29.65 
 
 
411 aa  114  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02850  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  28.3 
 
 
399 aa  114  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.0000577952  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0545  ornithine--oxo-acid transaminase  27.83 
 
 
396 aa  113  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3730  acetylornithine aminotransferase  26.89 
 
 
427 aa  113  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000174283  normal  0.451197 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0175  ornithine aminotransferase  27.51 
 
 
394 aa  113  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0009  acetylornithine transaminase protein  28.17 
 
 
401 aa  113  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2649  acetylornithine aminotransferase  25.46 
 
 
423 aa  113  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.46775  normal  0.4632 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0170  ornithine aminotransferase  27.51 
 
 
394 aa  113  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3003  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  27.3 
 
 
427 aa  113  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0858  acetylornithine aminotransferase  28.09 
 
 
434 aa  112  3e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1866  acetylornithine aminotransferase  29.17 
 
 
400 aa  112  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0481  acetylornithine transaminase protein  28.39 
 
 
402 aa  112  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2300  acetylornithine and succinylornithine aminotransferases  29.94 
 
 
394 aa  112  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2245  4-aminobutyrate aminotransferase  24.55 
 
 
441 aa  112  4.0000000000000004e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.120834  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14871  acetylornithine aminotransferase  31.78 
 
 
417 aa  112  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.387015  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3098  aminotransferase  29.43 
 
 
449 aa  112  5e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.481436 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0569  acetylornithine aminotransferase  28.21 
 
 
400 aa  111  5e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.160273  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2493  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  34.33 
 
 
397 aa  111  7.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0886  acetylornithine transaminase protein  32.33 
 
 
392 aa  111  7.000000000000001e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0996794  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0660  acetylornithine aminotransferase  31.38 
 
 
394 aa  111  7.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0249  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  27.57 
 
 
370 aa  111  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00032725  normal  0.391108 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4916  acetylornithine transaminase protein  29.97 
 
 
405 aa  111  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0883749 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1416  acetylornithine aminotransferase  25.94 
 
 
415 aa  110  9.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0956406 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1986  acetylornithine aminotransferase  25.68 
 
 
418 aa  110  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2013  acetylornithine aminotransferase  25.68 
 
 
418 aa  110  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.152714 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01150  acetylornithine aminotransferase, ornithine transaminase (Eurofung)  29.32 
 
 
476 aa  110  1e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.202493 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2414  acetylornithine aminotransferase  31.35 
 
 
396 aa  110  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0274  acetylornithine aminotransferase  32.17 
 
 
396 aa  110  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.110157  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0127  acetylornithine transaminase protein  26.88 
 
 
399 aa  110  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.383449 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0150  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  28.57 
 
 
405 aa  110  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2154  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  31.03 
 
 
401 aa  109  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000952275  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>