More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2973 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2782  pyridoxalphosphate dependent aminotransferase, class III  98.22 
 
 		 959 aa  1925    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2973  aminotransferase class-III  100 
 
 		 956 aa  1956    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2946  aminotransferase class-III  34.52 
 
 		 957 aa  439  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.818635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4695  aminotransferase class-III  38.7 
 
 		 517 aa  320  9e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.106101  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4445  aminotransferase class-III  40.16 
 
 		 521 aa  315  1.9999999999999998e-84  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0440  putative class-III aminotransferase  29.67 
 
 		 891 aa  293  7e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0001965  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6305  aminotransferase class-III  28.85 
 
 		 955 aa  274  6e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.946043 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2058  aminotransferase class-III  33.13 
 
 		 475 aa  153  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0166657  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2699  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  31.65 
 
 		 472 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1304  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  31.76 
 
 		 472 aa  147  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000448411  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3528  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  29.3 
 
 		 459 aa  140  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.31743 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0628  putrescine aminotransferase  28.39 
 
 		 429 aa  139  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4387  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  28.39 
 
 		 459 aa  139  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02892  hypothetical protein  28.39 
 
 		 459 aa  139  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3540  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  28.39 
 
 		 429 aa  139  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3255  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  28.39 
 
 		 429 aa  139  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02942  putrescine:2-oxoglutaric acid aminotransferase, PLP-dependent  28.39 
 
 		 468 aa  139  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0627  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  28.39 
 
 		 429 aa  139  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3367  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  28.39 
 
 		 429 aa  139  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1416  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  30.2 
 
 		 477 aa  137  9e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1819  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  29.8 
 
 		 477 aa  137  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2968  aminotransferase class-III  31.42 
 
 		 471 aa  136  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0851  aminotransferase, class III  30.81 
 
 		 484 aa  134  9e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.83306  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0819  aminotransferase class-III  34.96 
 
 		 475 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.149442  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0799  aminotransferase, class III  30.81 
 
 		 484 aa  133  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3575  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  29.64 
 
 		 459 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.328531 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3409  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  29.64 
 
 		 459 aa  132  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3405  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  29.64 
 
 		 459 aa  132  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3479  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  29.64 
 
 		 459 aa  132  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17220  ornithine aminotransferase  28.93 
 
 		 462 aa  131  6e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1260  acetylornithine aminotransferase  31.85 
 
 		 399 aa  131  7.000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.161601 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1194  aminotransferase class-III  31.07 
 
 		 468 aa  131  8.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.120122  normal  0.0636258 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3513  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  29.32 
 
 		 459 aa  130  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000252781 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1785  aminotransferase  31.33 
 
 		 463 aa  129  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1277  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  26.72 
 
 		 457 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0468315  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0653  aminotransferase class-III  28.79 
 
 		 467 aa  129  3e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0978357  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1419  aminotransferase class-III  31.69 
 
 		 460 aa  129  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.39856  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2006  putrescine--2-oxoglutarate aminotransferase  28.98 
 
 		 450 aa  129  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1907  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  28.48 
 
 		 387 aa  126  2e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0119007  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1580  aminotransferase class-III  31.95 
 
 		 411 aa  125  3e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.118025  normal  0.128058 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0842  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  30.23 
 
 		 399 aa  125  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0215856 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0943  acetylornithine aminotransferase  28.4 
 
 		 422 aa  122  3.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1040  acetylornithine aminotransferase  29.08 
 
 		 385 aa  122  3.9999999999999996e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000111021  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19841  acetylornithine aminotransferase  28.61 
 
 		 418 aa  122  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0786665 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3309  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  30.45 
 
 		 393 aa  121  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0637  acetylornithine aminotransferase  30.03 
 
 		 418 aa  120  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00130856  normal  0.274942 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3146  aminotransferase class-III  29.41 
 
 		 408 aa  120  9.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.733649  normal  0.0499094 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1072  acetylornithine aminotransferase  28.43 
 
 		 385 aa  120  1.9999999999999998e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0280572  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1291  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  26.34 
 
 		 393 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0338748 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2912  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  26.9 
 
 		 400 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.386564  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0871  acetylornithine aminotransferase  28.25 
 
 		 403 aa  119  3e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17211  acetylornithine aminotransferase  29.88 
 
 		 420 aa  118  5e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15001  acetylornithine aminotransferase  31.69 
 
 		 391 aa  117  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0640  acetylornithine aminotransferase  27.22 
 
 		 403 aa  117  7.999999999999999e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.41902  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1224  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  28.66 
 
 		 399 aa  117  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.803293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0867  acetylornithine aminotransferase  28.96 
 
 		 393 aa  116  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3950  aminotransferase class-III  28.53 
 
 		 452 aa  116  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2220  aminotransferase class-III  27.02 
 
 		 411 aa  116  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4554  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  30.07 
 
 		 404 aa  115  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5154  acetylornithine aminotransferase  26.38 
 
 		 426 aa  115  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000762221 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0185  acetylornithine transaminase protein  25.54 
 
 		 399 aa  115  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.372078 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2204  acetylornithine aminotransferase  27.1 
 
 		 390 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0063  acetylornithine and succinylornithine aminotransferases  29.87 
 
 		 396 aa  115  5e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.857354  normal  0.372491 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0150  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  28.57 
 
 		 405 aa  114  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1866  acetylornithine aminotransferase  29.17 
 
 		 400 aa  114  6e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1842  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  28.66 
 
 		 399 aa  114  7.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.716815  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0545  ornithine--oxo-acid transaminase  27.83 
 
 		 396 aa  114  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2300  acetylornithine and succinylornithine aminotransferases  30.25 
 
 		 394 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_50577  acetylornithine aminotransferase  25.69 
 
 		 476 aa  113  1.0000000000000001e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0175  acetylornithine transaminase protein  27.17 
 
 		 399 aa  113  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02850  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  27.97 
 
 		 399 aa  112  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.0000577952  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14871  acetylornithine aminotransferase  32.2 
 
 		 417 aa  113  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.387015  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0759  acetylornithine transaminase protein  27.83 
 
 		 403 aa  112  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0803695 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_52948  acetylornithine aminotransferase  28.83 
 
 		 452 aa  112  3e-23  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.346975 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0481  acetylornithine transaminase protein  27.83 
 
 		 402 aa  112  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5127  aminotransferase class-III  31.15 
 
 		 453 aa  112  5e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0170  ornithine aminotransferase  28.21 
 
 		 394 aa  112  5e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2649  acetylornithine aminotransferase  25.87 
 
 		 423 aa  111  5e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.46775  normal  0.4632 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0175  ornithine aminotransferase  28.21 
 
 		 394 aa  112  5e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3098  aminotransferase  29.43 
 
 		 449 aa  111  6e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.481436 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0858  acetylornithine aminotransferase  28.4 
 
 		 434 aa  111  7.000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0808  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  26.14 
 
 		 362 aa  111  7.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000170863  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3003  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  27.16 
 
 		 427 aa  110  9.000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3730  acetylornithine aminotransferase  26.59 
 
 		 427 aa  110  9.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000174283  normal  0.451197 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0009  acetylornithine transaminase protein  28.17 
 
 		 401 aa  110  9.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0395  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  30.86 
 
 		 413 aa  110  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.538676 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0886  acetylornithine transaminase protein  32.33 
 
 		 392 aa  110  1e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0996794  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1986  acetylornithine aminotransferase  25.98 
 
 		 418 aa  110  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4916  acetylornithine transaminase protein  29.97 
 
 		 405 aa  110  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0883749 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2013  acetylornithine aminotransferase  25.98 
 
 		 418 aa  110  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.152714 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2154  acetylornithine and succinylornithine aminotransferase  31.03 
 
 		 401 aa  110  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000952275  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4363  2,4-diaminobutyrate 4-transaminase  29.63 
 
 		 468 aa  110  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.174422  normal  0.549644 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2414  acetylornithine aminotransferase  31.35 
 
 		 396 aa  109  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0660  acetylornithine aminotransferase  30.96 
 
 		 394 aa  109  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2245  4-aminobutyrate aminotransferase  24.4 
 
 		 441 aa  109  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.120834  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1534  acetylornithine aminotransferase  28.31 
 
 		 394 aa  109  3e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.719069  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0434  aminotransferase class-III  26.68 
 
 		 459 aa  109  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30710  aminotransferase  28.57 
 
 		 404 aa  108  4e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1416  acetylornithine aminotransferase  25.79 
 
 		 415 aa  108  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0956406 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0539  4-aminobutyrate aminotransferase  27.87 
 
 		 444 aa  108  4e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>