53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1645 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1645  putative antioxidant protein  100 
 
 		 175 aa  353  5e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.27436 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1901  Carboxymuconolactone decarboxylase  84.39 
 
 		 173 aa  306  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.211902 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1572  Carboxymuconolactone decarboxylase  83.82 
 
 		 173 aa  304  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0550639  normal  0.0925085 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1951  alkylhydroperoxidase AhpD core  80.35 
 
 		 173 aa  265  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.907932 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1856  carboxymuconolactone decarboxylase  78.03 
 
 		 175 aa  263  7e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000315441  decreased coverage  0.000000495243 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1929  carboxymuconolactone decarboxylase  78.03 
 
 		 175 aa  263  7e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0154666  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1965  carboxymuconolactone decarboxylase  76.88 
 
 		 175 aa  260  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.464314  normal  0.0206029 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5252  carboxymuconolactone decarboxylase  76.88 
 
 		 175 aa  259  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000857718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6138  carboxymuconolactone decarboxylase  76.88 
 
 		 175 aa  259  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.345752  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1941  carboxymuconolactone decarboxylase  76.88 
 
 		 175 aa  259  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0223719  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2310  alkylhydroperoxidase AhpD core  75.14 
 
 		 174 aa  249  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.564994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1000  alkylhydroperoxidase  75.14 
 
 		 174 aa  247  7e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1364  carboxymuconolactone decarboxylase  80.38 
 
 		 173 aa  246  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2510  alkyl hydroperoxide reductase D  76.88 
 
 		 175 aa  245  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1488  alkyl hydroperoxide reductase D  76.88 
 
 		 175 aa  245  2e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0368228  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1256  alkyl hydroperoxide reductase D  76.88 
 
 		 175 aa  245  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0101507  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2398  4-carboxymuconolactone decarboxylase  76.88 
 
 		 175 aa  245  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.539087  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1983  alkyl hydroperoxide reductase D  76.88 
 
 		 175 aa  245  2e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0162336  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3322  alkyl hydroperoxide reductase D  76.88 
 
 		 175 aa  245  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000115854  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2355  4-carboxymuconolactone decarboxylase  76.88 
 
 		 175 aa  245  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0231996  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1330  carboxymuconolactone decarboxylase  76.3 
 
 		 175 aa  243  8e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0388186  decreased coverage  0.0000767761 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2091  alkyl hydroperoxide reductase D  75.14 
 
 		 175 aa  236  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2888  alkylhydroperoxidase  41.62 
 
 		 173 aa  115  3e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3831  alkylhydroperoxidase  35.71 
 
 		 175 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0707  alkyl hydroperoxide reductase D  35.71 
 
 		 175 aa  107  6e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4244  alkylhydroperoxidase, AhpD family  40.99 
 
 		 180 aa  105  4e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0522  peroxiredoxin reductase (NAD(P)H)  35.2 
 
 		 205 aa  103  2e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.21317  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2298  hypothetical protein  37.87 
 
 		 171 aa  102  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0970  alkylhydroperoxidase, AhpD family  37.43 
 
 		 178 aa  102  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00192344 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1656  alkyl hydroperoxide reductase D protein AhpD  35.59 
 
 		 177 aa  102  4e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0383236  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2271  hypothetical protein  37.28 
 
 		 171 aa  101  6e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6565  Peroxiredoxin  40.65 
 
 		 178 aa  101  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334012  normal  0.0111399 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1424  alkylhydroperoxidase, AhpD family  37.25 
 
 		 181 aa  97.4  8e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2215  alkylhydroperoxidase-like protein  38.24 
 
 		 178 aa  97.4  9e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.512399  normal  0.718075 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4444  alkylhydroperoxidase  39.77 
 
 		 181 aa  94.7  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2431  alkylhydroperoxidase  35.84 
 
 		 180 aa  93.2  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3586  alkylhydroperoxidase  41.94 
 
 		 198 aa  91.7  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.35684  normal  0.650072 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1957  alkylhydroperoxidase AhpD family  35.63 
 
 		 176 aa  90.5  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.217554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2289  alkylhydroperoxidase  40.14 
 
 		 179 aa  90.1  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0232059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5864  alkylhydroperoxidase, AhpD protein  33.54 
 
 		 181 aa  86.3  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4101  alkylhydroperoxidase  32.18 
 
 		 194 aa  79.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0325  alkylhydroperoxidase like protein, AhpD family  40.59 
 
 		 186 aa  78.2  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2228  alkylhydroperoxidase, AhpD family  37.14 
 
 		 177 aa  75.5  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3530  alkylhydroperoxidase  34.51 
 
 		 176 aa  73.9  0.0000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.773623  normal  0.0421612 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0336  alkylhydroperoxidase like protein, AhpD family  38.82 
 
 		 186 aa  73.2  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12457  alkyl hydroperoxide reductase D protein ahpD  39.31 
 
 		 177 aa  68.2  0.00000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.495591 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0314  alkylhydroperoxidase AhpD core  40 
 
 		 186 aa  62  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3759  alkylhydroperoxidase  25.49 
 
 		 169 aa  58.5  0.00000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.197392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3086  alkylhydroperoxidase like protein, AhpD family  23.75 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.39882  normal  0.0335839 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0647  alkylhydroperoxidase like protein, AhpD family  25.95 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.405767  normal  0.146567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4528  alkylhydroperoxidase like protein, AhpD family  23.12 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00331574  normal  0.833057 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2147  alkylhydroperoxidase  34.51 
 
 		 185 aa  47  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0456192 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4003  alkylhydroperoxidase  37.14 
 
 		 83 aa  42  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0253871  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>