More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1409 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1409  phosphatidate cytidylyltransferase transmembrane protein  100 
 
 
271 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1283  phosphatidate cytidylyltransferase  81.85 
 
 
272 aa  425  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0776695  normal  0.172321 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1347  phosphatidate cytidylyltransferase  82.95 
 
 
272 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0719671  normal  0.74343 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1440  phosphatidate cytidylyltransferase  61.85 
 
 
273 aa  287  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000100946 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1876  phosphatidate cytidylyltransferase  63.84 
 
 
273 aa  270  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1916  phosphatidate cytidylyltransferase  53.07 
 
 
273 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.318524 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5324  phosphatidate cytidylyltransferase  52.52 
 
 
273 aa  201  9e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0966585  normal  0.436888 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2047  phosphatidate cytidylyltransferase  53.43 
 
 
273 aa  201  9e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2034  phosphatidate cytidylyltransferase  53.07 
 
 
273 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1262  phosphatidate cytidylyltransferase  50.18 
 
 
273 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.712909  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6063  phosphatidate cytidylyltransferase  53.07 
 
 
273 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.272808  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2014  phosphatidate cytidylyltransferase  53.07 
 
 
273 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1333  phosphatidate cytidylyltransferase  51.99 
 
 
273 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.844271  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1687  putative phosphatidate cytidylyltransferase  52.01 
 
 
273 aa  189  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.426329  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2450  phosphatidate cytidylyltransferase  51.1 
 
 
273 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00166236 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2032  phosphatidate cytidylyltransferase  52.71 
 
 
273 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2690  phosphatidate cytidylyltransferase  45.55 
 
 
282 aa  169  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.515203  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1446  phosphatidate cytidylyltransferase  44.73 
 
 
275 aa  169  5e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2488  phosphatidate cytidylyltransferase  52.71 
 
 
273 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2578  phosphatidate cytidylyltransferase  52.71 
 
 
273 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.524438  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2432  phosphatidate cytidylyltransferase  52.71 
 
 
273 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0787111  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1550  phosphatidate cytidylyltransferase  52.71 
 
 
273 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2051  phosphatidate cytidylyltransferase  52.71 
 
 
273 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1323  phosphatidate cytidylyltransferase  52.71 
 
 
273 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.077571  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3260  phosphatidate cytidylyltransferase  52.71 
 
 
273 aa  165  8e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0696258  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0512  phosphatidate cytidylyltransferase  44.28 
 
 
275 aa  159  4e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.248492  normal  0.282224 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1993  phosphatidate cytidylyltransferase  42.81 
 
 
281 aa  159  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2580  phosphatidate cytidylyltransferase  44.48 
 
 
284 aa  158  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.985075  normal  0.0361828 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1763  phosphatidate cytidylyltransferase  45.49 
 
 
276 aa  157  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0708389 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2845  phosphatidate cytidylyltransferase  43.25 
 
 
278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1228  phosphatidate cytidylyltransferase  44.48 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.240942  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1974  putative phosphatidate cytidylyltransferase membrane protein  44.8 
 
 
279 aa  144  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.104945 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1348  phosphatidate cytidylyltransferase  41.88 
 
 
271 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0661268  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2604  phosphatidate cytidylyltransferase  41.26 
 
 
281 aa  142  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1799  phosphatidate cytidylyltransferase  37.59 
 
 
275 aa  142  8e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0755576  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1539  phosphatidate cytidylyltransferase  42.24 
 
 
271 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3429  CDP-diglyceride synthase  37.94 
 
 
282 aa  140  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00445067  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1072  CDP-diglyceride synthase  37.94 
 
 
282 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00432402  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1019  CDP-diglyceride synthase  37.94 
 
 
282 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000480748  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1747  phosphatidate cytidylyltransferase  39.45 
 
 
276 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1558  phosphatidate cytidylyltransferase  32.31 
 
 
287 aa  136  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.17407  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1106  phosphatidate cytidylyltransferase  39.35 
 
 
268 aa  135  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.500299  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17120  phosphatidate cytidylyltransferase  38.83 
 
 
271 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2173  phosphatidate cytidylyltransferase  37.54 
 
 
273 aa  134  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.379583  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2592  phosphatidate cytidylyltransferase  39.79 
 
 
274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.1112  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3159  Phosphatidate cytidylyltransferase  36.97 
 
 
285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0555993  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3354  CDP-diglyceride synthase  35.82 
 
 
285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0141568  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1828  phosphatidate cytidylyltransferase  42.7 
 
 
284 aa  133  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.930496 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1488  phosphatidate cytidylyltransferase  38.1 
 
 
271 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0568  phosphatidate cytidylyltransferase  56.13 
 
 
267 aa  132  7.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.562699  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1443  phosphatidate cytidylyltransferase  43.01 
 
 
283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0947  CDP-diglyceride synthase  35.46 
 
 
285 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00468877  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3784  CDP-diglyceride synthase  33.8 
 
 
282 aa  128  9.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0388384  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0260  CDP-diglyceride synthase  35.66 
 
 
285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.451367 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0247  CDP-diglyceride synthase  35.66 
 
 
285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.748652 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0244  CDP-diglyceride synthase  35.66 
 
 
285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.306198 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0244  CDP-diglyceride synthase  35.66 
 
 
285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.384885  normal  0.739542 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0262  CDP-diglyceride synthase  35.66 
 
 
285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0277384  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0686  CDP-diglyceride synthetase  36 
 
 
264 aa  127  1.0000000000000001e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.047403  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0533  CDP-diglyceride synthase  33.1 
 
 
284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.117905  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38940  phosphatidate cytidylyltransferase  51.45 
 
 
271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4077  phosphatidate cytidylyltransferase  39.49 
 
 
271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.181588 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2974  phosphatidate cytidylyltransferase  34.51 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1532  phosphatidate cytidylyltransferase  38.38 
 
 
269 aa  126  3e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.987058  normal  0.0200658 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1151  phosphatidate cytidylyltransferase  40 
 
 
271 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.55549  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1596  phosphatidate cytidylyltransferase  40 
 
 
271 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.832347 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0186  CDP-diglyceride synthase  34.97 
 
 
285 aa  125  7e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00459839  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4943  phosphatidate cytidylyltransferase  43.87 
 
 
284 aa  125  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.397095 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00173  CDP-diglyceride synthase  34.97 
 
 
285 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3428  Phosphatidate cytidylyltransferase  34.97 
 
 
285 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000894621  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002751  phosphatidate cytidylyltransferase  43.98 
 
 
256 aa  124  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.157639  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03232  phosphatidate cytidylyltransferase  43.43 
 
 
280 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0177  CDP-diglyceride synthase  34.97 
 
 
285 aa  124  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000261651  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0185  CDP-diglyceride synthase  34.97 
 
 
285 aa  124  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000611994  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0168  CDP-diglyceride synthase  34.97 
 
 
285 aa  124  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00227409  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1711  phosphatidate cytidylyltransferase  38.38 
 
 
269 aa  125  1e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.978345 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0179  CDP-diglyceride synthase  34.97 
 
 
285 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000236154  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0543  phosphatidate cytidylyltransferase  32.64 
 
 
265 aa  124  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0790  phosphatidate cytidylyltransferase  38.6 
 
 
268 aa  124  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.203528 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1525  phosphatidate cytidylyltransferase  36.07 
 
 
276 aa  124  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0283302  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1846  phosphatidate cytidylyltransferase  33.92 
 
 
280 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000959931  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4181  phosphatidate cytidylyltransferase  39.64 
 
 
271 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0713  CDP-diglyceride synthase  35.03 
 
 
285 aa  123  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00713923  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3485  CDP-diglyceride synthase  34.97 
 
 
285 aa  123  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00144411  normal  0.0353407 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0982  phosphatidate cytidylyltransferase  31.72 
 
 
287 aa  122  5e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.375192  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0567  phosphatidate cytidylyltransferase  32.64 
 
 
265 aa  122  6e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0613  phosphatidate cytidylyltransferase  36.5 
 
 
272 aa  122  7e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1540  phosphatidate cytidylyltransferase  36.5 
 
 
268 aa  122  8e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1353  phosphatidate cytidylyltransferase  35.23 
 
 
285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000886101  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2971  phosphatidate cytidylyltransferase  47.1 
 
 
283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.309867  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2543  phosphatidate cytidylyltransferase  36.93 
 
 
281 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2897  phosphatidate cytidylyltransferase  35.71 
 
 
285 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00110713  normal  0.164322 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1450  phosphatidate cytidylyltransferase  35.37 
 
 
285 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000132658  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2422  phosphatidate cytidylyltransferase  30.42 
 
 
279 aa  118  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.522142  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2810  phosphatidate cytidylyltransferase  34.69 
 
 
285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000490464  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1136  phosphatidate cytidylyltransferase  54.26 
 
 
277 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3048  phosphatidate cytidylyltransferase  38.49 
 
 
271 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.43758  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2703  phosphatidate cytidylyltransferase  34.69 
 
 
285 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0203173  hitchhiker  0.00298681 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1280  phosphatidate cytidylyltransferase  51.54 
 
 
268 aa  116  5e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00106784  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0980  CDP-diglyceride synthetase  44.83 
 
 
265 aa  115  6e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0459166  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>