More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2871 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2871  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  100 
 
 
269 aa  527  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336309  normal  0.418687 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3284  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  79.03 
 
 
268 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.937339  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2418  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  70.52 
 
 
267 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.163893  hitchhiker  0.00859144 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2206  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  70.37 
 
 
270 aa  356  1.9999999999999998e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1873  biotin--protein ligase  70.37 
 
 
270 aa  351  5.9999999999999994e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.149167 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4547  putative biotin--(acetyl-CoA-carboxylase) synthetase  67.58 
 
 
269 aa  334  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.294789  normal  0.109394 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2588  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  62.83 
 
 
271 aa  331  8e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.375496  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_004310  BR0816  biotin--protein ligase  53.96 
 
 
265 aa  262  6e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.870117  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0811  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  53.58 
 
 
265 aa  259  3e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2409  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  53.21 
 
 
265 aa  257  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4140  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  55.93 
 
 
264 aa  255  5e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1036  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  52.29 
 
 
274 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.652597  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4404  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  51.47 
 
 
264 aa  232  6e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.425757 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1200  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  49.82 
 
 
279 aa  231  1e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1071  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  49.1 
 
 
279 aa  227  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal  0.636766 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1005  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  47.69 
 
 
281 aa  218  6e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220561  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2045  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  49.63 
 
 
267 aa  204  8e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0792  biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  36.23 
 
 
266 aa  196  3e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0251004  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2932  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  41 
 
 
259 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2384  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  41.29 
 
 
264 aa  171  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1275  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  41.11 
 
 
254 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.192065  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4619  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  40.16 
 
 
255 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0214611 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3212  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  42 
 
 
252 aa  159  6e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187733  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1367  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  41.11 
 
 
254 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1369  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  40.96 
 
 
249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0213578 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1192  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  38.96 
 
 
251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.347029 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0904  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  41.7 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1730  birA bifunctional protein  37.4 
 
 
262 aa  146  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0817541  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2532  putative biotin protein ligase  38.55 
 
 
242 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0413921  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1990  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  38.96 
 
 
251 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2230  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  41.87 
 
 
252 aa  139  6e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1197  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  40.24 
 
 
251 aa  132  6.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0761  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.11 
 
 
249 aa  131  9e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2818  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.94 
 
 
250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.499637 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1330  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  39.18 
 
 
251 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.523824  normal  0.0143061 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0240  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  29.25 
 
 
247 aa  127  3e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0848  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  27.92 
 
 
251 aa  124  2e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.238001  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2286  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.5 
 
 
243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1295  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  36.51 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1569  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.55 
 
 
259 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.747417  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2999  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.76 
 
 
261 aa  112  8.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3351  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  34.23 
 
 
272 aa  109  6e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.417142  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0812  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.2 
 
 
336 aa  107  3e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0935  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  34.51 
 
 
242 aa  106  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3341  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.33 
 
 
260 aa  104  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0768  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.71 
 
 
262 aa  103  3e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0849  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.95 
 
 
266 aa  103  4e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00576355  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0915  biotin--(acetyl-CoA-carboxylase) ligase  33.09 
 
 
332 aa  103  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.277179  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2388  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.08 
 
 
330 aa  102  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0131534  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_753  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase/ BirA family transcriptional regulator  34.01 
 
 
262 aa  102  8e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1476  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.96 
 
 
330 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.699124  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08620  biotin--protein ligase  34.08 
 
 
312 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000664696 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1588  biotin--(acetyl-COA-carboxylase) synthetase  29.21 
 
 
326 aa  101  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.202289  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0159  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.7 
 
 
326 aa  100  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000241219  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1571  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.58 
 
 
330 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.929422  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2817  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.98 
 
 
336 aa  97.1  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000210207  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0816  biotin--protein ligase  37.25 
 
 
293 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1479  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  36.53 
 
 
329 aa  95.9  6e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0876973  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0437  biotin--protein ligase  35.08 
 
 
319 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193351  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0470  biotin--protein ligase  35.08 
 
 
319 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0969933  normal  0.0169671 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0467  biotin--protein ligase  33.33 
 
 
319 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.800228  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3926  biotin--protein ligase  33.73 
 
 
321 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541608  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3775  biotin--protein ligase  30.45 
 
 
319 aa  94.7  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00231404  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0182  biotin--protein ligase  27.84 
 
 
319 aa  95.1  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000279859  normal  0.096767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0183  biotin--protein ligase  27.84 
 
 
319 aa  94.7  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00618712  normal  0.258521 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1653  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  31.4 
 
 
333 aa  94  3e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1317  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  31.89 
 
 
328 aa  94  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.61009  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0654  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  29 
 
 
324 aa  93.6  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0500  bifunctional BirA, biotin operon repressor/biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  29 
 
 
329 aa  93.2  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0142  biotin--protein ligase  30.08 
 
 
319 aa  92.8  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.330287  normal  0.0344662 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3659  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.71 
 
 
272 aa  92  8e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.834466  normal  0.597722 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4128  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.29 
 
 
289 aa  92  8e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.588698  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4564  biotin--protein ligase  32.03 
 
 
335 aa  92  9e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2553  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  34.68 
 
 
299 aa  91.7  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4334  biotin--protein ligase  28.85 
 
 
320 aa  91.7  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.152634  hitchhiker  0.00000000217796 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0419  biotin--protein ligase  28.91 
 
 
310 aa  90.5  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2320  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  29.7 
 
 
327 aa  90.1  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0571544  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0073  biotin--protein ligase  31.88 
 
 
285 aa  90.1  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.702906 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1903  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.3 
 
 
327 aa  90.1  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.37759 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4766  biotin--protein ligase  33.2 
 
 
321 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0199355  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0214  biotin--protein ligase  29.41 
 
 
319 aa  90.1  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1987  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.97 
 
 
338 aa  89.4  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.417612  normal  0.841631 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0702  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  31.7 
 
 
319 aa  89.7  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0362526  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0197  biotin--protein ligase  29.89 
 
 
317 aa  89.4  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00143406  hitchhiker  0.000849017 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0391  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  31.05 
 
 
240 aa  89.4  6e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0168  biotin--protein ligase  29.92 
 
 
320 aa  88.2  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00063361  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1015  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  29.63 
 
 
326 aa  87.8  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.207907  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1058  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  28.57 
 
 
326 aa  87.4  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.101759  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0970  biotin protein ligase, putative  32.2 
 
 
347 aa  87  3e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.668345  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0610  birA bifunctional protein  30.77 
 
 
319 aa  87  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1420  biotin operon repressor  27.04 
 
 
326 aa  86.7  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1044  biotin operon repressor  29.64 
 
 
323 aa  87  3e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1704  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  27.78 
 
 
326 aa  87  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0104372  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4226  biotin--protein ligase  34.28 
 
 
305 aa  87  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.216131 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2427  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  28.87 
 
 
321 aa  87  3e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0937  bifunctional protein birA  29.64 
 
 
323 aa  87  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1447  birA bifunctional protein  27.41 
 
 
326 aa  86.7  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.867427  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4051  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.33 
 
 
272 aa  86.7  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.141913  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00660  biotin (acetyl-CoA carboxylase) synthetase  27.59 
 
 
326 aa  86.7  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1631  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  27.41 
 
 
326 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.104533 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>