More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2230 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2230  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  100 
 
 
252 aa  489  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0761  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  60.4 
 
 
249 aa  281  7.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1330  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  61.38 
 
 
251 aa  279  2e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.523824  normal  0.0143061 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1990  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  61.45 
 
 
251 aa  279  3e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1192  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  59.44 
 
 
251 aa  265  4e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.347029 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2532  putative biotin protein ligase  58.26 
 
 
242 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0413921  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1197  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  55.24 
 
 
251 aa  232  4.0000000000000004e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3212  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  45.27 
 
 
252 aa  154  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187733  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1036  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  43.14 
 
 
274 aa  145  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.652597  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2818  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  45.78 
 
 
250 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.499637 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1071  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  40.44 
 
 
279 aa  143  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal  0.636766 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2932  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  43.83 
 
 
259 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1005  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  40.15 
 
 
281 aa  140  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220561  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2418  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  41.74 
 
 
267 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.163893  hitchhiker  0.00859144 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2871  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  41.87 
 
 
269 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336309  normal  0.418687 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2409  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  41.49 
 
 
265 aa  138  8.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0816  biotin--protein ligase  38.74 
 
 
265 aa  137  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.870117  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4404  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  43.8 
 
 
264 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.425757 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0811  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  38.34 
 
 
265 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1200  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  39.56 
 
 
279 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3284  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  41.06 
 
 
268 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.937339  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4547  putative biotin--(acetyl-CoA-carboxylase) synthetase  38.98 
 
 
269 aa  132  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.294789  normal  0.109394 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1987  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  39.56 
 
 
338 aa  132  5e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.417612  normal  0.841631 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2384  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  38.82 
 
 
264 aa  129  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1873  biotin--protein ligase  37.05 
 
 
270 aa  129  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.149167 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1369  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  41.42 
 
 
249 aa  129  5.0000000000000004e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0213578 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0792  biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  32.17 
 
 
266 aa  128  9.000000000000001e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0251004  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4619  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  39.33 
 
 
255 aa  125  7e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0214611 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2588  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.55 
 
 
271 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.375496  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1317  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  38.6 
 
 
328 aa  123  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.61009  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4140  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  41.22 
 
 
264 aa  123  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3926  biotin--protein ligase  36.97 
 
 
321 aa  123  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541608  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2999  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  40.96 
 
 
261 aa  123  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2206  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.14 
 
 
270 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1935  birA biofunctional protein, putative  37.55 
 
 
323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.976784  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1569  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  42.01 
 
 
259 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.747417  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2320  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.8 
 
 
327 aa  118  9e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0571544  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1903  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  36.77 
 
 
327 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.37759 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0848  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  29.11 
 
 
251 aa  117  9.999999999999999e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.238001  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0240  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  29.79 
 
 
247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2045  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  41.31 
 
 
267 aa  116  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0654  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  38.1 
 
 
324 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3341  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.62 
 
 
260 aa  115  7.999999999999999e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2817  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  36.77 
 
 
336 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000210207  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4766  biotin--protein ligase  36.44 
 
 
321 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0199355  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0437  biotin--protein ligase  36.75 
 
 
319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193351  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0470  biotin--protein ligase  36.75 
 
 
319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0969933  normal  0.0169671 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0935  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  41.58 
 
 
242 aa  112  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0500  bifunctional BirA, biotin operon repressor/biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  34.71 
 
 
329 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08620  biotin--protein ligase  38.16 
 
 
312 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000664696 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0467  biotin--protein ligase  36.6 
 
 
319 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.800228  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2119  bifunctional BirA, biotin operon repressor/biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.78 
 
 
329 aa  109  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06050  biotin--protein ligase  37.71 
 
 
330 aa  109  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1295  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  36.48 
 
 
266 aa  108  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0816  biotin--protein ligase  37 
 
 
293 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1261  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.59 
 
 
326 aa  106  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0391  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  34.5 
 
 
240 aa  106  4e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6032  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  38.68 
 
 
244 aa  105  8e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0168  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.27 
 
 
333 aa  105  8e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00153675  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0775  transcriptional repressor of the biotin operon / biotin acetyl-CoA-carboxylase synthetase; RBL03563  33.92 
 
 
325 aa  105  9e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000728901  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1275  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.75 
 
 
254 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.192065  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4745  biotin--protein ligase  32.89 
 
 
333 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.167382  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1730  birA bifunctional protein  36.99 
 
 
262 aa  104  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0817541  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2071  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.71 
 
 
326 aa  103  4e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0168  biotin--protein ligase  34.05 
 
 
320 aa  102  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00063361  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4226  biotin--protein ligase  36.12 
 
 
305 aa  101  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.216131 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1479  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  36.73 
 
 
329 aa  101  9e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0876973  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1463  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  31.56 
 
 
326 aa  101  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1419  biotin operon repressor  32 
 
 
326 aa  100  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1420  biotin operon repressor  32 
 
 
326 aa  100  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0142  biotin--protein ligase  32.91 
 
 
319 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.330287  normal  0.0344662 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1593  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  32 
 
 
326 aa  100  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.624348  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1515  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  27.2 
 
 
323 aa  100  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.567415  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1544  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  27.2 
 
 
323 aa  100  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00491525  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1704  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  32.44 
 
 
326 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0104372  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1447  birA bifunctional protein  32 
 
 
326 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.867427  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4564  biotin--protein ligase  35.59 
 
 
335 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0490  biotin--protein ligase  33.96 
 
 
297 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0887139 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1560  bifunctional biotin operon repressor/biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] synthetase  32 
 
 
326 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1631  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  32 
 
 
326 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.104533 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3752  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  32 
 
 
326 aa  100  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.39659  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1571  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.82 
 
 
330 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.929422  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1666  birA bifunctional protein  32 
 
 
326 aa  99.8  4e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0073  biotin--protein ligase  35.69 
 
 
285 aa  99.8  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.702906 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2876  biotin--protein ligase  31.12 
 
 
319 aa  99.4  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0984  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  29.58 
 
 
335 aa  99.4  5e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.381797 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1476  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.04 
 
 
330 aa  99  6e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.699124  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0268  biotin--protein ligase  33.93 
 
 
320 aa  99  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0393829  hitchhiker  0.0050705 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00240  biotin--protein ligase  30.58 
 
 
321 aa  99  7e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2717  biotin--protein ligase  31.9 
 
 
320 aa  98.6  8e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000120108  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1588  biotin--(acetyl-COA-carboxylase) synthetase  31.58 
 
 
326 aa  97.4  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.202289  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1367  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.8 
 
 
254 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0077  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  34.3 
 
 
327 aa  97.4  2e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2082  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.24 
 
 
329 aa  97.1  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1321  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.77 
 
 
277 aa  97.1  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.308381  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0244  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.92 
 
 
329 aa  97.1  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.63219  normal  0.860661 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0184  biotin--protein ligase  31.47 
 
 
319 aa  96.7  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570128  hitchhiker  0.00065537 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0182  biotin--protein ligase  31.9 
 
 
319 aa  96.7  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000279859  normal  0.096767 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0204  biotin--protein ligase  33.84 
 
 
319 aa  96.7  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0183  biotin--protein ligase  31.9 
 
 
319 aa  96.7  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00618712  normal  0.258521 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>