175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0287 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0541  cobalt chelatase, pCobS small subunit  98.19 
 
 		 331 aa  678    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0538  cobalt chelatase, pCobS small subunit  95.17 
 
 		 331 aa  657    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408122 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0287  cobalt chelatase, pCobS small subunit  100 
 
 		 331 aa  686    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.300269 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7565  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  93.71 
 
 		 318 aa  634    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0499  cobalt chelatase, pCobS small subunit  96.37 
 
 		 331 aa  668    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.368358  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0498  cobalt chelatase, pCobS small subunit  88.18 
 
 		 332 aa  618  1e-176  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0403  cobalt chelatase, pCobS small subunit  88.48 
 
 		 332 aa  616  1e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.154081  normal  0.524708 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6496  cobalt chelatase, pCobS small subunit  86.21 
 
 		 327 aa  586  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0251136  decreased coverage  0.00405526 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6740  cobalt chelatase, pCobS small subunit  85.05 
 
 		 327 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0318  cobalt chelatase, pCobS small subunit  82.92 
 
 		 332 aa  579  1e-164  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0350783 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1877  cobalt chelatase, pCobS small subunit  84.21 
 
 		 327 aa  580  1e-164  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0965153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3698  cobalt chelatase, pCobS small subunit  84.64 
 
 		 327 aa  574  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.41569 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3425  cobalt chelatase, pCobS small subunit  83.65 
 
 		 327 aa  570  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.910371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0914  cobalt chelatase, pCobS small subunit  81.42 
 
 		 328 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3427  cobalt chelatase, pCobS small subunit  82.81 
 
 		 334 aa  568  1e-161  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.227982  normal  0.273109 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3230  cobalt chelatase, pCobS small subunit  82.39 
 
 		 327 aa  565  1e-160  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453158 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3069  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  79.57 
 
 		 343 aa  566  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.51378  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1946  cobaltochelatase, CobS subunit  80.5 
 
 		 328 aa  564  1e-160  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2022  cobalamin biosynthesis protein, putative  80.5 
 
 		 328 aa  563  1.0000000000000001e-159  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.526454  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3554  cobalt chelatase, pCobS small subunit  82.39 
 
 		 327 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.869389  normal  0.328272 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2560  cobalt chelatase, pCobS small subunit  80.06 
 
 		 331 aa  551  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.438183 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3591  cobalt chelatase, pCobS small subunit  79.19 
 
 		 330 aa  548  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.244464  normal  0.721519 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3884  cobalt chelatase, pCobS small subunit  79.19 
 
 		 330 aa  548  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.922452  hitchhiker  0.0087584 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4046  cobaltochelatase CobS subunit  80.12 
 
 		 330 aa  545  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0554035  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1713  cobalt chelatase, pCobS small subunit  78.06 
 
 		 331 aa  540  9.999999999999999e-153  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.736131  normal  0.451542 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0080  cobaltochelatase, CobS subunit  74.13 
 
 		 328 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0206  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  76.21 
 
 		 329 aa  508  1e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.218471  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1712  cobalt chelatase, pCobS small subunit  76.05 
 
 		 338 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1977  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  71.43 
 
 		 364 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.290532  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0687  cobalt chelatase, pCobS small subunit  71.43 
 
 		 364 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0222  cobalt chelatase, pCobS small subunit  74.68 
 
 		 330 aa  497  1e-140  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3076  cobalt chelatase, pCobS small subunit  71.43 
 
 		 345 aa  499  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2331  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  71.3 
 
 		 334 aa  500  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.414847 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2711  aerobic cobaltochelatase subunit cobS  72.73 
 
 		 327 aa  499  1e-140  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.672533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0116  cobalt chelatase, pCobS small subunit  75.57 
 
 		 343 aa  494  1e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0277687  normal  0.0706588 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0711  cobalt chelatase, pCobS small subunit  72.98 
 
 		 335 aa  496  1e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.141534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2735  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  70.94 
 
 		 329 aa  490  1e-137  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0643  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  70.72 
 
 		 328 aa  491  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.040533  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2280  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  72.38 
 
 		 328 aa  485  1e-136  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2189  cobalt chelatase, pCobS small subunit  72.76 
 
 		 324 aa  486  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.560792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0644  cobalt chelatase, pCobS small subunit  71.79 
 
 		 329 aa  472  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.751429  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2891  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  69.91 
 
 		 326 aa  469  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1997  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  70.42 
 
 		 329 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.284374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4520  cobaltochelatase  69.97 
 
 		 328 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0470453  normal  0.475995 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3827  Cobaltochelatase  69.03 
 
 		 327 aa  466  9.999999999999999e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3755  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  68.37 
 
 		 322 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.430731  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4365  Cobaltochelatase  66.98 
 
 		 329 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.633066 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0687  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  68.17 
 
 		 329 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.5623 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6209  cobaltochelatase  67.08 
 
 		 330 aa  450  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.850781  normal  0.94187 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1994  cobaltochelatase  65.15 
 
 		 325 aa  418  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5308  Cobaltochelatase  35.57 
 
 		 409 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0106  AAA family ATPase  33.68 
 
 		 322 aa  129  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0687561  normal  0.0739465 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7219  ATPase AAA_5  32.86 
 
 		 400 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.172501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1301  hypothetical protein  35.66 
 
 		 315 aa  126  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.146345  normal  0.342986 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0262  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  33.57 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0207  ATPase  33.57 
 
 		 307 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1297  cobalamin biosynthesis protein, CobS family  32.73 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0573751  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0108  AAA family ATPase  30.92 
 
 		 411 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.32776e-96  hitchhiker  3.99922e-135 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4067  ATPase  27.36 
 
 		 321 aa  110  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2158  cobS protein, putative  29.48 
 
 		 313 aa  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2872  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  30.15 
 
 		 314 aa  100  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.47653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2608  ATPase  29.28 
 
 		 324 aa  99.8  6e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.8348 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3252  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  29.43 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.255293  normal  0.0133684 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1887  ATPase  25.15 
 
 		 328 aa  90.9  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.863936  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3729  ATPase  25.96 
 
 		 317 aa  90.1  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2922  ATPase  26.11 
 
 		 338 aa  90.1  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3433  ATPase  25.48 
 
 		 338 aa  86.7  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4201  ATPase  24.76 
 
 		 324 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.180208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5079  ATPase  24.66 
 
 		 330 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.141996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5501  ATPase  27.5 
 
 		 346 aa  66.2  0.0000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4065  hypothetical protein  27.94 
 
 		 271 aa  65.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.312415 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1499  ATPase  25.46 
 
 		 267 aa  64.7  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00779848  normal  0.0229938 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3190  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  25.98 
 
 		 267 aa  63.9  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.209478  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1683  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  24.07 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0603  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  24.63 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000309159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0423  ATPase  27.54 
 
 		 266 aa  63.5  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3053  CbbQ protein  25 
 
 		 267 aa  63.2  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2662  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  25 
 
 		 267 aa  63.2  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1376  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  26.39 
 
 		 267 aa  62.8  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.428584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1678  p30 protein  26.39 
 
 		 267 aa  62.8  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.155235  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0131  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  25.63 
 
 		 268 aa  62  0.00000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06310  midasin, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12150)  29.85 
 
 		 4917 aa  61.6  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.589937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0871  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  24.54 
 
 		 267 aa  61.6  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2622  rubisco activation protein CbbQ  25 
 
 		 267 aa  61.6  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_71553  predicted protein  28.31 
 
 		 4979 aa  61.6  0.00000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.473575 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4668  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  23.62 
 
 		 373 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1976  ATPase  25.46 
 
 		 307 aa  60.8  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.919685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0905  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  25.46 
 
 		 267 aa  60.8  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0979  CbbQ/NirQ/NorQ/GpvN family protein  23.77 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ01380  midasin, putative  24.77 
 
 		 4844 aa  60.1  0.00000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3615  nitric-oxide reductase NorQ protein  30.56 
 
 		 280 aa  59.3  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0071998  normal  0.061838 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4344  ATPase  25 
 
 		 278 aa  59.3  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.785303  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1815  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  32.03 
 
 		 272 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1844  ATPase AAA_5  26.32 
 
 		 279 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.79049  normal  0.260882 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2156  CbbQ protein  32.03 
 
 		 272 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.126765  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2684  ATPase  25.96 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0601  ATPase  24.52 
 
 		 265 aa  57  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.309548  normal  0.0418283 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0429  ATPase  25 
 
 		 272 aa  57.4  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4278  ATPase  21.92 
 
 		 301 aa  57  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3766  CbbQ/NirQ/NorQ domain-containing protein  29.69 
 
 		 268 aa  56.6  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>