196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2560 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3591  cobalt chelatase, pCobS small subunit  92.73 
 
 		 330 aa  635    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.244464  normal  0.721519 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3884  cobalt chelatase, pCobS small subunit  93.33 
 
 		 330 aa  639    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.922452  hitchhiker  0.0087584 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2560  cobalt chelatase, pCobS small subunit  100 
 
 		 331 aa  681    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.438183 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4046  cobaltochelatase CobS subunit  90.91 
 
 		 330 aa  623  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0554035  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2022  cobalamin biosynthesis protein, putative  87.16 
 
 		 328 aa  598  1e-170  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.526454  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0914  cobalt chelatase, pCobS small subunit  86.54 
 
 		 328 aa  597  1e-170  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1946  cobaltochelatase, CobS subunit  87.16 
 
 		 328 aa  599  1e-170  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3069  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  84.4 
 
 		 343 aa  587  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.51378  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0318  cobalt chelatase, pCobS small subunit  80.36 
 
 		 332 aa  557  1e-158  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0350783 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1877  cobalt chelatase, pCobS small subunit  82.5 
 
 		 327 aa  557  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0965153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6740  cobalt chelatase, pCobS small subunit  82.65 
 
 		 327 aa  554  1e-157  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0498  cobalt chelatase, pCobS small subunit  81.82 
 
 		 332 aa  557  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6496  cobalt chelatase, pCobS small subunit  82.65 
 
 		 327 aa  554  1e-157  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0251136  decreased coverage  0.00405526 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3698  cobalt chelatase, pCobS small subunit  82.33 
 
 		 327 aa  551  1e-156  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.41569 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7565  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  82.02 
 
 		 318 aa  551  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3554  cobalt chelatase, pCobS small subunit  82.45 
 
 		 327 aa  553  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.869389  normal  0.328272 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3230  cobalt chelatase, pCobS small subunit  82.13 
 
 		 327 aa  552  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453158 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0403  cobalt chelatase, pCobS small subunit  82.13 
 
 		 332 aa  552  1e-156  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.154081  normal  0.524708 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0541  cobalt chelatase, pCobS small subunit  80.37 
 
 		 331 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0499  cobalt chelatase, pCobS small subunit  81 
 
 		 331 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.368358  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0287  cobalt chelatase, pCobS small subunit  80.06 
 
 		 331 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.300269 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3427  cobalt chelatase, pCobS small subunit  81.76 
 
 		 334 aa  548  1e-155  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.227982  normal  0.273109 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3425  cobalt chelatase, pCobS small subunit  81.82 
 
 		 327 aa  550  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.910371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0538  cobalt chelatase, pCobS small subunit  80.25 
 
 		 331 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408122 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0080  cobaltochelatase, CobS subunit  77.37 
 
 		 328 aa  539  9.999999999999999e-153  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1713  cobalt chelatase, pCobS small subunit  78.62 
 
 		 331 aa  535  1e-151  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.736131  normal  0.451542 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0222  cobalt chelatase, pCobS small subunit  75.32 
 
 		 330 aa  506  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0206  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  75.64 
 
 		 329 aa  500  1e-140  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.218471  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1712  cobalt chelatase, pCobS small subunit  75.56 
 
 		 338 aa  499  1e-140  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1977  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  71.21 
 
 		 364 aa  487  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.290532  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0643  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  71.74 
 
 		 328 aa  487  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.040533  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0687  cobalt chelatase, pCobS small subunit  71.21 
 
 		 364 aa  487  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3076  cobalt chelatase, pCobS small subunit  70.9 
 
 		 345 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0711  cobalt chelatase, pCobS small subunit  72.41 
 
 		 335 aa  483  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.141534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2331  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  71.29 
 
 		 334 aa  482  1e-135  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.414847 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2711  aerobic cobaltochelatase subunit cobS  72.22 
 
 		 327 aa  483  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.672533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2891  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  72.2 
 
 		 326 aa  480  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0644  cobalt chelatase, pCobS small subunit  73.55 
 
 		 329 aa  479  1e-134  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.751429  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2280  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  71.03 
 
 		 328 aa  479  1e-134  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0116  cobalt chelatase, pCobS small subunit  71.38 
 
 		 343 aa  480  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0277687  normal  0.0706588 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2735  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  70.81 
 
 		 329 aa  477  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2189  cobalt chelatase, pCobS small subunit  71.16 
 
 		 324 aa  471  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.560792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1997  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  69.45 
 
 		 329 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.284374  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3827  Cobaltochelatase  68.04 
 
 		 327 aa  459  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4520  cobaltochelatase  68.81 
 
 		 328 aa  456  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0470453  normal  0.475995 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4365  Cobaltochelatase  64.71 
 
 		 329 aa  442  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.633066 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3755  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  66.03 
 
 		 322 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.430731  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0687  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  65.08 
 
 		 329 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.5623 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6209  cobaltochelatase  67.52 
 
 		 330 aa  436  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.850781  normal  0.94187 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1994  cobaltochelatase  64.82 
 
 		 325 aa  417  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5308  Cobaltochelatase  36.26 
 
 		 409 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7219  ATPase AAA_5  34.98 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.172501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0106  AAA family ATPase  29.38 
 
 		 322 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0687561  normal  0.0739465 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1301  hypothetical protein  35.69 
 
 		 315 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.146345  normal  0.342986 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4067  ATPase  29.02 
 
 		 321 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1297  cobalamin biosynthesis protein, CobS family  33.09 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0573751  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0108  AAA family ATPase  30.5 
 
 		 411 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.32776e-96  hitchhiker  3.99922e-135 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0262  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  31.21 
 
 		 307 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0207  ATPase  31.21 
 
 		 307 aa  119  7.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1887  ATPase  28.21 
 
 		 328 aa  105  7e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.863936  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2608  ATPase  29.9 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.8348 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2158  cobS protein, putative  31.32 
 
 		 313 aa  103  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2872  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  27.3 
 
 		 314 aa  103  5e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.47653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2922  ATPase  28.12 
 
 		 338 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3433  ATPase  27.54 
 
 		 338 aa  98.6  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3252  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  29.79 
 
 		 308 aa  93.6  4e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.255293  normal  0.0133684 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3729  ATPase  26.21 
 
 		 317 aa  93.6  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5079  ATPase  25 
 
 		 330 aa  73.6  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.141996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4201  ATPase  25.52 
 
 		 324 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.180208  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4668  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  25.5 
 
 		 373 aa  73.2  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1683  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  26.8 
 
 		 278 aa  70.9  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5501  ATPase  26.78 
 
 		 346 aa  70.1  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4065  hypothetical protein  27.78 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.312415 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3190  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  27.78 
 
 		 267 aa  63.9  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.209478  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1844  ATPase AAA_5  28.21 
 
 		 279 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.79049  normal  0.260882 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2622  rubisco activation protein CbbQ  26.77 
 
 		 267 aa  63.5  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0429  ATPase  26.15 
 
 		 272 aa  62  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3766  CbbQ/NirQ/NorQ domain-containing protein  29.73 
 
 		 268 aa  62  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06310  midasin, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12150)  28.97 
 
 		 4917 aa  61.6  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.589937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1815  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  32.43 
 
 		 272 aa  61.6  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2156  CbbQ protein  32.43 
 
 		 272 aa  61.6  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.126765  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0871  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  25.22 
 
 		 267 aa  60.8  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_71553  predicted protein  28.97 
 
 		 4979 aa  61.2  0.00000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.473575 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0905  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  25.76 
 
 		 267 aa  60.5  0.00000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1499  ATPase  25.76 
 
 		 267 aa  60.5  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00779848  normal  0.0229938 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0423  ATPase  30.47 
 
 		 266 aa  60.1  0.00000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0603  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  28.57 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000309159  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ01380  midasin, putative  28.97 
 
 		 4844 aa  59.7  0.00000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0979  CbbQ/NirQ/NorQ/GpvN family protein  23.94 
 
 		 263 aa  58.5  0.0000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1376  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  25.76 
 
 		 267 aa  58.5  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.428584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1678  p30 protein  25.76 
 
 		 267 aa  58.5  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.155235  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3615  nitric-oxide reductase NorQ protein  27.08 
 
 		 280 aa  58.2  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0071998  normal  0.061838 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0131  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  25.25 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4904  ATPase  25.2 
 
 		 272 aa  57.4  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.465614 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1094  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  27.78 
 
 		 267 aa  57.4  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2662  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  24.39 
 
 		 267 aa  56.6  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3053  CbbQ protein  24.39 
 
 		 267 aa  56.6  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0651  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  26.47 
 
 		 286 aa  55.5  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.486939  normal  0.117571 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3640  ATPase  26.2 
 
 		 285 aa  55.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.232524  normal  0.0364996 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4344  ATPase  24.75 
 
 		 278 aa  55.1  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.785303  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>