154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3827 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3827  Cobaltochelatase  100 
 
 
327 aa  671    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4365  Cobaltochelatase  79.38 
 
 
329 aa  551  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.633066 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0687  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  78.15 
 
 
329 aa  547  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.5623 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4520  cobaltochelatase  78.62 
 
 
328 aa  533  1e-150  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0470453  normal  0.475995 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1997  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  80.19 
 
 
329 aa  528  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.284374  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6209  cobaltochelatase  79.05 
 
 
330 aa  527  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.850781  normal  0.94187 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3755  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  80 
 
 
322 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.430731  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1994  cobaltochelatase  74.29 
 
 
325 aa  478  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148591  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1712  cobalt chelatase, pCobS small subunit  69.9 
 
 
338 aa  475  1e-133  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0116  cobalt chelatase, pCobS small subunit  71.15 
 
 
343 aa  470  1.0000000000000001e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0277687  normal  0.0706588 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0541  cobalt chelatase, pCobS small subunit  69.35 
 
 
331 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0287  cobalt chelatase, pCobS small subunit  69.03 
 
 
331 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.300269 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7565  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  69.68 
 
 
318 aa  466  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0403  cobalt chelatase, pCobS small subunit  68.71 
 
 
332 aa  461  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.154081  normal  0.524708 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0499  cobalt chelatase, pCobS small subunit  68.71 
 
 
331 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.368358  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0538  cobalt chelatase, pCobS small subunit  68.39 
 
 
331 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.408122 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0498  cobalt chelatase, pCobS small subunit  68.39 
 
 
332 aa  464  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2331  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  66.56 
 
 
334 aa  462  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.414847 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0711  cobalt chelatase, pCobS small subunit  67.41 
 
 
335 aa  461  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.141534  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0643  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  66.88 
 
 
328 aa  458  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.040533  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2560  cobalt chelatase, pCobS small subunit  68.04 
 
 
331 aa  459  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.438183 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3425  cobalt chelatase, pCobS small subunit  68.39 
 
 
327 aa  457  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.910371  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3554  cobalt chelatase, pCobS small subunit  68.06 
 
 
327 aa  457  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.869389  normal  0.328272 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3884  cobalt chelatase, pCobS small subunit  66.88 
 
 
330 aa  455  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.922452  hitchhiker  0.0087584 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3069  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  66.14 
 
 
343 aa  454  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.51378  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1713  cobalt chelatase, pCobS small subunit  67.2 
 
 
331 aa  455  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.736131  normal  0.451542 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2711  aerobic cobaltochelatase subunit cobS  66.24 
 
 
327 aa  454  1e-127  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.672533  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3230  cobalt chelatase, pCobS small subunit  67.74 
 
 
327 aa  456  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.453158 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6496  cobalt chelatase, pCobS small subunit  68.06 
 
 
327 aa  455  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0251136  decreased coverage  0.00405526 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3427  cobalt chelatase, pCobS small subunit  67.85 
 
 
334 aa  455  1e-127  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.227982  normal  0.273109 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1977  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  64.74 
 
 
364 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.290532  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0206  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  65.59 
 
 
329 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.218471  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6740  cobalt chelatase, pCobS small subunit  67.1 
 
 
327 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0687  cobalt chelatase, pCobS small subunit  64.74 
 
 
364 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3076  cobalt chelatase, pCobS small subunit  65.06 
 
 
345 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1877  cobalt chelatase, pCobS small subunit  67.74 
 
 
327 aa  453  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0965153  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3591  cobalt chelatase, pCobS small subunit  66.88 
 
 
330 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.244464  normal  0.721519 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3698  cobalt chelatase, pCobS small subunit  68.39 
 
 
327 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.41569 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0222  cobalt chelatase, pCobS small subunit  67.75 
 
 
330 aa  448  1e-125  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0318  cobalt chelatase, pCobS small subunit  66.56 
 
 
332 aa  449  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0350783 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2735  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  65.81 
 
 
329 aa  449  1e-125  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4046  cobaltochelatase CobS subunit  67.19 
 
 
330 aa  445  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0554035  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2891  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  67.1 
 
 
326 aa  444  1.0000000000000001e-124  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0644  cobalt chelatase, pCobS small subunit  67.42 
 
 
329 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.751429  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1946  cobaltochelatase, CobS subunit  66.14 
 
 
328 aa  445  1.0000000000000001e-124  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0914  cobalt chelatase, pCobS small subunit  66.14 
 
 
328 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2022  cobalamin biosynthesis protein, putative  66.14 
 
 
328 aa  444  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.526454  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2189  cobalt chelatase, pCobS small subunit  62.58 
 
 
324 aa  441  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.560792  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0080  cobaltochelatase, CobS subunit  64.19 
 
 
328 aa  441  9.999999999999999e-123  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2280  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  63.67 
 
 
328 aa  426  1e-118  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1301  hypothetical protein  35.57 
 
 
315 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.146345  normal  0.342986 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5308  Cobaltochelatase  34.94 
 
 
409 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7219  ATPase AAA_5  31.79 
 
 
400 aa  119  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.172501  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0106  AAA family ATPase  29.03 
 
 
322 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0687561  normal  0.0739465 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0207  ATPase  29.17 
 
 
307 aa  110  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0262  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  29.17 
 
 
307 aa  110  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4067  ATPase  25.87 
 
 
321 aa  99.4  8e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2608  ATPase  30.43 
 
 
324 aa  97.1  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.8348 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1297  cobalamin biosynthesis protein, CobS family  30.5 
 
 
306 aa  95.1  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0573751  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2158  cobS protein, putative  30.04 
 
 
313 aa  92.4  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2872  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  27 
 
 
314 aa  92  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.47653  normal 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0108  AAA family ATPase  27.71 
 
 
411 aa  92  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.32776e-96  hitchhiker  3.99922e-135 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2922  ATPase  26.04 
 
 
338 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3433  ATPase  25.66 
 
 
338 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1887  ATPase  23.34 
 
 
328 aa  77.4  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.863936  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3729  ATPase  25.37 
 
 
317 aa  75.5  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3252  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  27.66 
 
 
308 aa  73.9  0.000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.255293  normal  0.0133684 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5501  ATPase  25.42 
 
 
346 aa  66.6  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4201  ATPase  29.01 
 
 
324 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.180208  normal 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ01380  midasin, putative  28.11 
 
 
4844 aa  63.5  0.000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5079  ATPase  24.22 
 
 
330 aa  63.9  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.141996  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06310  midasin, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12150)  27.84 
 
 
4917 aa  61.2  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.589937  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4668  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  23.61 
 
 
373 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_71553  predicted protein  27.71 
 
 
4979 aa  59.7  0.00000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.473575 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1683  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  25.33 
 
 
278 aa  57.8  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4278  ATPase  23.29 
 
 
301 aa  55.8  0.0000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_23838  predicted protein  24.88 
 
 
1879 aa  53.5  0.000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0651  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  24.19 
 
 
286 aa  52.8  0.000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.486939  normal  0.117571 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0603  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  22.71 
 
 
295 aa  52.8  0.000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000309159  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3615  nitric-oxide reductase NorQ protein  25.21 
 
 
280 aa  52.4  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0071998  normal  0.061838 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1977  CbbQ/NirQ/NorQ C-terminal domain-containing protein  30 
 
 
265 aa  50.8  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3766  CbbQ/NirQ/NorQ domain-containing protein  25.82 
 
 
268 aa  51.2  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0423  ATPase  23.21 
 
 
266 aa  50.4  0.00004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1815  gas vesicle protein GvpN  23.44 
 
 
308 aa  50.4  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2375  gas vesicle protein GvpN  25.32 
 
 
347 aa  50.1  0.00005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2164  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  24.65 
 
 
286 aa  49.7  0.00006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1264  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  27.27 
 
 
855 aa  50.1  0.00006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.099049  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2156  CbbQ protein  25.61 
 
 
272 aa  49.7  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.126765  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1815  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  25.61 
 
 
272 aa  49.7  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0979  CbbQ/NirQ/NorQ/GpvN family protein  24.46 
 
 
263 aa  49.3  0.00009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2541  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  21.05 
 
 
291 aa  49.3  0.00009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4065  hypothetical protein  25 
 
 
271 aa  49.3  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.312415 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2836  gas vesicle protein GvpN  25.66 
 
 
340 aa  49.3  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0058  gas vesicle protein GvpN  25.45 
 
 
351 aa  49.3  0.0001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0714681  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0131  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  24.36 
 
 
268 aa  48.9  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0634  ATPase  26.4 
 
 
324 aa  48.5  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00000306223  normal  0.419184 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1170  ATPase associated with various cellular activities AAA_3  25 
 
 
341 aa  48.9  0.0001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2622  rubisco activation protein CbbQ  22.65 
 
 
267 aa  47.4  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1499  ATPase  22.65 
 
 
267 aa  47.8  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00779848  normal  0.0229938 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4526  MoxR-like ATPase  24.37 
 
 
326 aa  47.4  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0226415 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>