165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4668 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4668  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  100 
 
 		 373 aa  772    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5501  ATPase  41.38 
 
 		 346 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5079  ATPase  35.79 
 
 		 330 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.141996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0106  AAA family ATPase  34.66 
 
 		 322 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0687561  normal  0.0739465 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2922  ATPase  34.82 
 
 		 338 aa  149  6e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3433  ATPase  34.82 
 
 		 338 aa  146  5e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2608  ATPase  31.91 
 
 		 324 aa  139  7e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.8348 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2158  cobS protein, putative  29.15 
 
 		 313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0262  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  33.1 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4278  ATPase  33.45 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0207  ATPase  33.1 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4067  ATPase  30 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1297  cobalamin biosynthesis protein, CobS family  29.62 
 
 		 306 aa  94.7  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0573751  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1887  ATPase  25.68 
 
 		 328 aa  87.8  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.863936  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3252  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  31.6 
 
 		 308 aa  87  5e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.255293  normal  0.0133684 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2872  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  28.12 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.47653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2891  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  24.37 
 
 		 326 aa  77.4  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0905  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  28.63 
 
 		 267 aa  76.6  0.0000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2735  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  26.03 
 
 		 329 aa  76.3  0.0000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3698  cobalt chelatase, pCobS small subunit  24.84 
 
 		 327 aa  76.3  0.0000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.41569 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3554  cobalt chelatase, pCobS small subunit  25.39 
 
 		 327 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.869389  normal  0.328272 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0080  cobaltochelatase, CobS subunit  24.67 
 
 		 328 aa  75.9  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1946  cobaltochelatase, CobS subunit  25.17 
 
 		 328 aa  75.1  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0914  cobalt chelatase, pCobS small subunit  24.84 
 
 		 328 aa  74.7  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2022  cobalamin biosynthesis protein, putative  25.17 
 
 		 328 aa  74.3  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.526454  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3230  cobalt chelatase, pCobS small subunit  25.08 
 
 		 327 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453158 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3427  cobalt chelatase, pCobS small subunit  23.59 
 
 		 334 aa  74.7  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.227982  normal  0.273109 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0318  cobalt chelatase, pCobS small subunit  25 
 
 		 332 aa  73.6  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0350783 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2560  cobalt chelatase, pCobS small subunit  25.5 
 
 		 331 aa  73.2  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.438183 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0643  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  24.92 
 
 		 328 aa  72.4  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.040533  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3425  cobalt chelatase, pCobS small subunit  25.16 
 
 		 327 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.910371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6740  cobalt chelatase, pCobS small subunit  25.33 
 
 		 327 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3729  ATPase  25.94 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3434  ATPase  30.45 
 
 		 267 aa  70.9  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.513297  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2746  cbbQ protein  30.39 
 
 		 266 aa  70.1  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.728078  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2766  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  30.1 
 
 		 267 aa  70.1  0.00000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.27338  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0498  cobalt chelatase, pCobS small subunit  25.09 
 
 		 332 aa  69.7  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3069  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  25.09 
 
 		 343 aa  69.3  0.00000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.51378  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1877  cobalt chelatase, pCobS small subunit  25 
 
 		 327 aa  68.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0965153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3640  ATPase  28.35 
 
 		 285 aa  68.6  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.232524  normal  0.0364996 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0108  AAA family ATPase  27.24 
 
 		 411 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.32776e-96  hitchhiker  3.99922e-135 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3615  nitric-oxide reductase NorQ protein  29.28 
 
 		 280 aa  67.8  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0071998  normal  0.061838 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4046  cobaltochelatase CobS subunit  25.33 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0554035  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3591  cobalt chelatase, pCobS small subunit  25.78 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.244464  normal  0.721519 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3884  cobalt chelatase, pCobS small subunit  26.85 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.922452  hitchhiker  0.0087584 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0131  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  29.27 
 
 		 268 aa  67.4  0.0000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0429  ATPase  28.75 
 
 		 272 aa  67  0.0000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3053  CbbQ protein  29.9 
 
 		 267 aa  66.6  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2662  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  29.9 
 
 		 267 aa  66.6  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3076  cobalt chelatase, pCobS small subunit  24.44 
 
 		 345 aa  66.6  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0711  cobalt chelatase, pCobS small subunit  23.75 
 
 		 335 aa  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.141534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1713  cobalt chelatase, pCobS small subunit  22.41 
 
 		 331 aa  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.736131  normal  0.451542 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0222  cobalt chelatase, pCobS small subunit  23.89 
 
 		 330 aa  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0871  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  30.39 
 
 		 267 aa  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1094  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  26.53 
 
 		 267 aa  64.7  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1977  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  24.13 
 
 		 364 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.290532  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7219  ATPase AAA_5  29.01 
 
 		 400 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.172501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1844  ATPase AAA_5  31.37 
 
 		 279 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.79049  normal  0.260882 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2711  aerobic cobaltochelatase subunit cobS  25.16 
 
 		 327 aa  65.5  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.672533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2119  ATPase  28.03 
 
 		 270 aa  65.1  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.976188 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0116  cobalt chelatase, pCobS small subunit  22.43 
 
 		 343 aa  65.1  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0277687  normal  0.0706588 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0687  cobalt chelatase, pCobS small subunit  24.13 
 
 		 364 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6496  cobalt chelatase, pCobS small subunit  24.33 
 
 		 327 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0251136  decreased coverage  0.00405526 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3190  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  30.39 
 
 		 267 aa  64.7  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.209478  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3194  ATPase  28.62 
 
 		 260 aa  64.7  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0403  cobalt chelatase, pCobS small subunit  24.05 
 
 		 332 aa  64.7  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.154081  normal  0.524708 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1547  ATPase  28.19 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.591966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0119  ATPase  28.69 
 
 		 270 aa  64.3  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4520  cobaltochelatase  24.53 
 
 		 328 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0470453  normal  0.475995 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1997  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  24.52 
 
 		 329 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.284374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0499  cobalt chelatase, pCobS small subunit  24 
 
 		 331 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.368358  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4065  hypothetical protein  28.51 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.312415 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0538  cobalt chelatase, pCobS small subunit  24.6 
 
 		 331 aa  63.5  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408122 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1815  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  26.76 
 
 		 272 aa  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1376  CbbQ/NirQ/NorQ domain protein  28.92 
 
 		 267 aa  63.5  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.428584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2156  CbbQ protein  26.76 
 
 		 272 aa  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.126765  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1678  p30 protein  28.92 
 
 		 267 aa  63.5  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.155235  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1976  ATPase  29.03 
 
 		 307 aa  63.2  0.000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.919685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1712  cobalt chelatase, pCobS small subunit  22.4 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2280  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  23.81 
 
 		 328 aa  62.8  0.000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4344  ATPase  29.9 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.785303  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0423  ATPase  26.36 
 
 		 266 aa  62.4  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5308  Cobaltochelatase  26.02 
 
 		 409 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7565  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  23.26 
 
 		 318 aa  62.4  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2622  rubisco activation protein CbbQ  28.92 
 
 		 267 aa  61.6  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0287  cobalt chelatase, pCobS small subunit  23.62 
 
 		 331 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.300269 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4201  ATPase  26.07 
 
 		 324 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.180208  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06310  midasin, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12150)  24.08 
 
 		 4917 aa  61.2  0.00000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.589937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1301  hypothetical protein  27.44 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.146345  normal  0.342986 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2602  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  29.48 
 
 		 266 aa  61.2  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2189  cobalt chelatase, pCobS small subunit  24.92 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.560792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0541  cobalt chelatase, pCobS small subunit  23.79 
 
 		 331 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0644  cobalt chelatase, pCobS small subunit  24.05 
 
 		 329 aa  60.8  0.00000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.751429  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1254  ATPase  28.95 
 
 		 284 aa  60.5  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3121  ATPase  28.98 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.209587  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3827  Cobaltochelatase  23.61 
 
 		 327 aa  60.1  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1643  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  30.45 
 
 		 270 aa  60.1  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2331  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide cobaltochelatase  23.45 
 
 		 334 aa  60.1  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.414847 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3766  CbbQ/NirQ/NorQ domain-containing protein  28.71 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1499  ATPase  28.92 
 
 		 267 aa  58.9  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00779848  normal  0.0229938 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>