135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4498 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1427  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  77.32 
 
 		 639 aa  1028    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4498  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  100 
 
 		 663 aa  1347    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.325797 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3792  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  62.22 
 
 		 635 aa  846    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.117932  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0072  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  65.08 
 
 		 635 aa  868    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0882  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  52.52 
 
 		 635 aa  652    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2798  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  49.05 
 
 		 672 aa  631  1e-179  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1203  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  48.34 
 
 		 674 aa  622  1e-177  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1270  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  46.56 
 
 		 673 aa  596  1e-169  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00748773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0057  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  49.15 
 
 		 645 aa  586  1e-166  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.612526  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0618  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  47.91 
 
 		 641 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2327  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  48.19 
 
 		 621 aa  579  1e-164  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00453727  normal  0.0261188 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2098  carbon monoxide dehydrogenase subunit  47.29 
 
 		 640 aa  570  1e-161  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3525  carbon monoxide dehydrogenase  46.14 
 
 		 624 aa  567  1e-160  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3780  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  44.37 
 
 		 674 aa  558  1e-158  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.288316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1341  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  47.1 
 
 		 623 aa  536  1e-151  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2875  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  45.85 
 
 		 626 aa  534  1e-150  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.843098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04490  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  45.26 
 
 		 632 aa  532  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0842  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  44.85 
 
 		 629 aa  530  1e-149  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.183197  normal  0.106762 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1234  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  44.99 
 
 		 629 aa  525  1e-148  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0405701  normal  0.377093 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2233  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  46.52 
 
 		 629 aa  528  1e-148  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3028  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  45.76 
 
 		 625 aa  517  1.0000000000000001e-145  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1272  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  43.53 
 
 		 628 aa  511  1e-143  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.142133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0382  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  43.81 
 
 		 631 aa  504  1e-141  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.72739  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0934  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  43.42 
 
 		 627 aa  498  1e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.502316  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1133  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  44.08 
 
 		 629 aa  489  1e-137  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.394682  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3185  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  42.55 
 
 		 679 aa  472  1e-132  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.579976  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0884  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  41.48 
 
 		 653 aa  467  9.999999999999999e-131  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.17634  normal  0.977834 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0335  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  41.73 
 
 		 642 aa  445  1e-123  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1461  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  38.41 
 
 		 656 aa  420  1e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000668721  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0870  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  39.54 
 
 		 628 aa  421  1e-116  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.404437  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2566  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  37.23 
 
 		 663 aa  412  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1972  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  35.26 
 
 		 655 aa  369  1e-100  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000154748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1736  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  36.63 
 
 		 666 aa  361  3e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.306274  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0438  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  34.59 
 
 		 663 aa  342  1e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000530778  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2801  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  36.46 
 
 		 670 aa  341  2e-92  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000137875  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1902  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  35.99 
 
 		 669 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000268472  hitchhiker  0.000000000000110792 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0860  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  34.16 
 
 		 695 aa  333  5e-90  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.199727  normal  0.922779 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0236  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.8 
 
 		 679 aa  320  6e-86  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1131  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.8 
 
 		 676 aa  317  6e-85  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000338326  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0652  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.02 
 
 		 707 aa  309  9e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00052858  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2918  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.44 
 
 		 710 aa  301  2e-80  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0596914  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3717  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  30.58 
 
 		 634 aa  286  1.0000000000000001e-75  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2933  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  30.73 
 
 		 623 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000257353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1166  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  31.25 
 
 		 637 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0888  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  31.4 
 
 		 629 aa  281  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.186953  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0149  carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)  31 
 
 		 680 aa  280  6e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1216  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  28.44 
 
 		 648 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.655192  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3948  hybrid cluster protein  24.09 
 
 		 551 aa  65.9  0.000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0105  acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha  36.97 
 
 		 766 aa  61.6  0.00000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0468  hybrid cluster protein  21.01 
 
 		 444 aa  60.5  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000131773  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0219  hydroxylamine reductase  24.74 
 
 		 538 aa  60.5  0.0000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003799  hydroxylamine reductase  22.98 
 
 		 553 aa  59.7  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2371  hydroxylamine reductase  26.79 
 
 		 550 aa  58.5  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2914  hydroxylamine reductase  27.18 
 
 		 554 aa  57.8  0.0000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2832  hydroxylamine reductase  27.75 
 
 		 554 aa  57.4  0.0000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.310206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3011  hydroxylamine reductase  27.18 
 
 		 554 aa  57.4  0.0000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1173  hydroxylamine reductase  22.02 
 
 		 549 aa  57.4  0.0000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000032867  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1363  hydroxylamine reductase  28.72 
 
 		 554 aa  57  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0479  hydroxylamine reductase  23.17 
 
 		 540 aa  55.8  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2909  hydroxylamine reductase  23.79 
 
 		 547 aa  56.2  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2587  hydroxylamine reductase  23.79 
 
 		 547 aa  56.6  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000431874  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0977  hydroxylamine reductase  22.89 
 
 		 555 aa  56.2  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.349617 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0036  hydroxylamine reductase  24.57 
 
 		 542 aa  55.5  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1174  hydroxylamine reductase  26.09 
 
 		 554 aa  55.5  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0529148  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0895  hydroxylamine reductase  24.33 
 
 		 554 aa  55.1  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0981  hydroxylamine reductase  24.43 
 
 		 557 aa  55.1  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00091795 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1599  hybrid cluster protein  22.46 
 
 		 549 aa  53.9  0.000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000102791  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1634  hydroxylamine reductase  26.99 
 
 		 538 aa  53.5  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.228305  normal  0.622946 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2271  hydroxylamine reductase  24.26 
 
 		 550 aa  53.5  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663099  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3609  hydroxylamine reductase  24.51 
 
 		 552 aa  53.1  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.918432  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1326  hydroxylamine reductase  22.89 
 
 		 545 aa  52.4  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.611962  normal  0.884501 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1577  hydroxylamine reductase  20.97 
 
 		 431 aa  52.8  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1377  hydroxylamine reductase  21.09 
 
 		 441 aa  52.8  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3576  hydroxylamine reductase  24.33 
 
 		 531 aa  52.4  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2242  hydroxylamine reductase  29.6 
 
 		 541 aa  52.4  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.675401  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1165  hydroxylamine reductase  23.96 
 
 		 552 aa  52  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1260  hydroxylamine reductase  23.77 
 
 		 552 aa  52  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.181543  hitchhiker  0.000316349 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0466  hydroxylamine reductase  23.33 
 
 		 542 aa  52  0.00004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1424  hydroxylamine reductase  25.09 
 
 		 522 aa  51.6  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.013462  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2190  hydroxylamine reductase  25.65 
 
 		 526 aa  51.2  0.00006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.317395  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0585  hydroxylamine reductase  23.43 
 
 		 533 aa  51.2  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000760383  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2647  hydroxylamine reductase  23.43 
 
 		 533 aa  51.2  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.654819  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2542  hydroxylamine reductase  21.69 
 
 		 435 aa  50.8  0.00007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0330494  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1069  hydroxylamine reductase  23.98 
 
 		 554 aa  50.8  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1260  hydroxylamine reductase  25.24 
 
 		 554 aa  50.4  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1055  hydroxylamine reductase  24.02 
 
 		 554 aa  50.4  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18290  hydroxylamine reductase  21.56 
 
 		 555 aa  50.4  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000343984  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3097  hydroxylamine reductase  25.24 
 
 		 554 aa  50.4  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0213297  normal  0.133055 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0475  acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha  29.52 
 
 		 768 aa  49.3  0.0002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.908557  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2617  hydroxylamine reductase  25 
 
 		 550 aa  49.7  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1293  hydroxylamine reductase  24.76 
 
 		 554 aa  49.7  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.86267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1591  hydroxylamine reductase  25 
 
 		 550 aa  49.7  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2701  hydroxylamine reductase  25 
 
 		 550 aa  49.7  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2872  hydroxylamine reductase  23.82 
 
 		 553 aa  48.5  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000295577  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2189  hydroxylamine reductase  25.25 
 
 		 538 aa  48.9  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00125687  normal  0.781035 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1540  hydroxylamine reductase  21.43 
 
 		 442 aa  48.9  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0742  hydroxylamine reductase  21.71 
 
 		 531 aa  48.9  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.483638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0858  acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha  23.72 
 
 		 802 aa  48.5  0.0004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.00000000764937  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1201  hydroxylamine reductase  26.87 
 
 		 531 aa  48.5  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1216  hydroxylamine reductase  25.82 
 
 		 554 aa  48.1  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.453579  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>