117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0652 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_0652  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  100 
 
 
707 aa  1478    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00052858  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0860  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  70.31 
 
 
695 aa  1028    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.199727  normal  0.922779 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2918  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  72.21 
 
 
710 aa  1033    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0596914  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3717  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  41.4 
 
 
634 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1216  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  39.03 
 
 
648 aa  468  9.999999999999999e-131  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.655192  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1166  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  38.98 
 
 
637 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2933  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  37.79 
 
 
623 aa  399  1e-109  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000257353  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0888  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  36.63 
 
 
629 aa  389  1e-106  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.186953  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2875  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  36.79 
 
 
626 aa  360  4e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.843098  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0382  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.23 
 
 
631 aa  355  2e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.72739  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0884  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.65 
 
 
653 aa  351  2e-95  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.17634  normal  0.977834 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1341  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  34.97 
 
 
623 aa  350  6e-95  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3525  carbon monoxide dehydrogenase  33.23 
 
 
624 aa  347  4e-94  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1234  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  32.48 
 
 
629 aa  347  5e-94  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0405701  normal  0.377093 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2327  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.91 
 
 
621 aa  345  2e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00453727  normal  0.0261188 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3028  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.44 
 
 
625 aa  343  7e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2098  carbon monoxide dehydrogenase subunit  32.57 
 
 
640 aa  335  2e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0882  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.02 
 
 
635 aa  334  4e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3792  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  34 
 
 
635 aa  332  2e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.117932  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0618  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  32.71 
 
 
641 aa  331  4e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0057  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.49 
 
 
645 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.612526  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2233  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.86 
 
 
629 aa  328  3e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0934  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  31.85 
 
 
627 aa  326  1e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.502316  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1272  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  32.22 
 
 
628 aa  322  9.999999999999999e-87  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.142133  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1133  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  32.8 
 
 
629 aa  315  1.9999999999999998e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.394682  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0842  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  32.06 
 
 
629 aa  313  4.999999999999999e-84  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.183197  normal  0.106762 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04490  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  31.7 
 
 
632 aa  313  6.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0236  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  31.49 
 
 
679 aa  309  1.0000000000000001e-82  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0072  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.23 
 
 
635 aa  309  1.0000000000000001e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4498  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  32.76 
 
 
663 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.325797 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1427  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  32.3 
 
 
639 aa  298  2e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0335  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.75 
 
 
642 aa  298  2e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2801  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  32.44 
 
 
670 aa  297  5e-79  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000137875  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1270  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  29.63 
 
 
673 aa  294  5e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00748773  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1203  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  29.44 
 
 
674 aa  291  2e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1902  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  31.58 
 
 
669 aa  291  3e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000268472  hitchhiker  0.000000000000110792 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3780  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  30.41 
 
 
674 aa  291  3e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.288316  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3185  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  31.1 
 
 
679 aa  290  8e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.579976  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1972  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  31.71 
 
 
655 aa  288  2e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000154748  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1736  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  31.13 
 
 
666 aa  288  2e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.306274  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0870  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.44 
 
 
628 aa  287  4e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.404437  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2566  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  32.11 
 
 
663 aa  285  2.0000000000000002e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1131  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  29.46 
 
 
676 aa  282  2e-74  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000338326  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2798  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  28.66 
 
 
672 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0438  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  29.78 
 
 
663 aa  276  1.0000000000000001e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000530778  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1461  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  30.94 
 
 
656 aa  266  1e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000668721  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0149  carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)  29.62 
 
 
680 aa  252  1e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0754  hydroxylamine reductase  26.77 
 
 
552 aa  62.4  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1168  hydroxylamine reductase  24.91 
 
 
552 aa  61.2  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0977  hydroxylamine reductase  25.53 
 
 
555 aa  59.3  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.349617 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3125  hydroxylamine reductase  24.16 
 
 
551 aa  55.5  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0893  hydroxylamine reductase  28 
 
 
546 aa  54.7  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1424  hydroxylamine reductase  23.57 
 
 
522 aa  55.1  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.013462  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1326  hydroxylamine reductase  28.82 
 
 
545 aa  54.3  0.000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.611962  normal  0.884501 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0974  hydroxylamine reductase  24.45 
 
 
546 aa  53.1  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00100558  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3188  hydroxylamine reductase  28.89 
 
 
544 aa  52  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0212462 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2458  hydroxylamine reductase  25.95 
 
 
550 aa  52.4  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1173  hydroxylamine reductase  23.51 
 
 
549 aa  52.4  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000032867  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1750  hybrid cluster protein  27.47 
 
 
532 aa  52  0.00004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.531638  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0946  hydroxylamine reductase  26.22 
 
 
550 aa  51.6  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.869117  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0902  hydroxylamine reductase  26.22 
 
 
550 aa  51.6  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.800969 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1034  hydroxylamine reductase  26.22 
 
 
550 aa  51.6  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0219  hydroxylamine reductase  29.82 
 
 
538 aa  51.6  0.00005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003799  hydroxylamine reductase  24.13 
 
 
553 aa  51.2  0.00006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2189  hydroxylamine reductase  25.98 
 
 
538 aa  51.2  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00125687  normal  0.781035 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00878  hydroxylamine reductase  25.95 
 
 
550 aa  50.4  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2769  hybrid cluster protein  25.95 
 
 
550 aa  50.4  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0137  hydroxylamine reductase  28.18 
 
 
427 aa  50.1  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000271526  normal  0.86078 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3609  hydroxylamine reductase  23.65 
 
 
552 aa  50.4  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.918432  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2386  hydroxylamine reductase  27.87 
 
 
566 aa  50.1  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00790044  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0977  hydroxylamine reductase  25.95 
 
 
550 aa  50.4  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2723  hydroxylamine reductase  25.95 
 
 
550 aa  50.4  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.18873  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1054  hydroxylamine reductase  25.74 
 
 
550 aa  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0468  hybrid cluster protein  27.32 
 
 
444 aa  50.1  0.0001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000131773  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00884  hypothetical protein  25.95 
 
 
550 aa  50.4  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0972  hydroxylamine reductase  25.74 
 
 
550 aa  49.7  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1035  hydroxylamine reductase  25.74 
 
 
550 aa  49.7  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0937  hydroxylamine reductase  25.74 
 
 
550 aa  49.7  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.697919  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1004  hydroxylamine reductase  25.74 
 
 
550 aa  50.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97662  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4165  hydroxylamine reductase  28.81 
 
 
549 aa  49.7  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0845  hydroxylamine reductase  24.52 
 
 
545 aa  49.3  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.633582  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3228  hydroxylamine reductase  24.63 
 
 
568 aa  48.9  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0816  hydroxylamine reductase  24.81 
 
 
545 aa  48.5  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1163  hydroxylamine reductase  24.52 
 
 
543 aa  48.5  0.0005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0981  hydroxylamine reductase  29.09 
 
 
557 aa  48.1  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00091795 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1390  hydroxylamine reductase  24.35 
 
 
550 aa  48.1  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2190  hydroxylamine reductase  24.47 
 
 
526 aa  47.8  0.0007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.317395  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1905  hydroxylamine reductase  29.56 
 
 
427 aa  47.8  0.0007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00412747  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2641  hydroxylamine reductase  27.13 
 
 
537 aa  47.4  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.897837  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0406  hybrid cluster protein  26.51 
 
 
554 aa  47  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1490  hydroxylamine reductase  23.45 
 
 
540 aa  46.2  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000660036  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1816  hydroxylamine reductase  28.57 
 
 
453 aa  46.2  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0688399  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0895  hydroxylamine reductase  25.82 
 
 
554 aa  46.2  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1377  hydroxylamine reductase  22.34 
 
 
441 aa  46.2  0.002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1165  hydroxylamine reductase  22.74 
 
 
552 aa  45.8  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0164  hydroxylamine reductase  25.19 
 
 
546 aa  46.6  0.002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.930451  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0988  hydroxylamine reductase  29.19 
 
 
539 aa  46.2  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.160693 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3446  hydroxylamine reductase  27.04 
 
 
542 aa  45.4  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000118604 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1174  hydroxylamine reductase  26.29 
 
 
554 aa  45.4  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0529148  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0663  hydroxylamine reductase  25.08 
 
 
541 aa  45.4  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.430546  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>