155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3028 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A3525  carbon monoxide dehydrogenase  54.75 
 
 
624 aa  681    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3028  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  100 
 
 
625 aa  1277    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0382  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  71.86 
 
 
631 aa  938    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.72739  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1272  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  51.23 
 
 
628 aa  643    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.142133  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0934  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  64.16 
 
 
627 aa  845    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.502316  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1341  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  54.7 
 
 
623 aa  646    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2875  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  56.91 
 
 
626 aa  731    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.843098  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1133  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  69.66 
 
 
629 aa  876    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.394682  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2233  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  71.22 
 
 
629 aa  908    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0842  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  54.75 
 
 
629 aa  683    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.183197  normal  0.106762 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2327  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  54.47 
 
 
621 aa  696    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00453727  normal  0.0261188 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1234  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  64.39 
 
 
629 aa  868    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0405701  normal  0.377093 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0884  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  54.32 
 
 
653 aa  676    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.17634  normal  0.977834 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0057  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  50.32 
 
 
645 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.612526  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0335  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  47.43 
 
 
642 aa  565  1e-160  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2098  carbon monoxide dehydrogenase subunit  46.52 
 
 
640 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0882  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  48.5 
 
 
635 aa  561  1.0000000000000001e-159  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0618  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  47.04 
 
 
641 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1427  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  46.97 
 
 
639 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1461  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  43.5 
 
 
656 aa  515  1e-144  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000668721  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3185  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  43.93 
 
 
679 aa  514  1e-144  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.579976  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4498  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  45.76 
 
 
663 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.325797 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2566  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  42.77 
 
 
663 aa  508  1e-143  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0870  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  46.37 
 
 
628 aa  505  9.999999999999999e-143  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.404437  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3792  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  43.19 
 
 
635 aa  491  1e-137  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.117932  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0072  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  44.11 
 
 
635 aa  482  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2798  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  42.04 
 
 
672 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1203  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  41.97 
 
 
674 aa  458  1e-127  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04490  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  40 
 
 
632 aa  435  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1270  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  38.25 
 
 
673 aa  428  1e-118  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00748773  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3780  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  38.82 
 
 
674 aa  414  1e-114  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.288316  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1736  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  38.45 
 
 
666 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.306274  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2801  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  39.03 
 
 
670 aa  386  1e-106  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000137875  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1972  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  36.67 
 
 
655 aa  384  1e-105  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000154748  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1902  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  37.64 
 
 
669 aa  371  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000268472  hitchhiker  0.000000000000110792 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0236  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  36.81 
 
 
679 aa  355  1e-96  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0860  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.49 
 
 
695 aa  350  4e-95  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.199727  normal  0.922779 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1131  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  34.85 
 
 
676 aa  343  5e-93  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000338326  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0438  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  34.47 
 
 
663 aa  342  1e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000530778  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1166  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  34.13 
 
 
637 aa  341  2.9999999999999998e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0652  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.44 
 
 
707 aa  340  4e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00052858  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1216  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.49 
 
 
648 aa  336  9e-91  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.655192  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0888  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  34.09 
 
 
629 aa  335  2e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.186953  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2918  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  32.6 
 
 
710 aa  332  2e-89  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0596914  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2933  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.6 
 
 
623 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000257353  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3717  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  31.92 
 
 
634 aa  313  5.999999999999999e-84  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0149  carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)  32.58 
 
 
680 aa  293  8e-78  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0219  hydroxylamine reductase  24.43 
 
 
538 aa  70.5  0.00000000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0596  hydroxylamine reductase  29.81 
 
 
535 aa  62.4  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3188  hydroxylamine reductase  25.91 
 
 
544 aa  60.5  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0212462 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1173  hydroxylamine reductase  22.42 
 
 
549 aa  58.2  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000032867  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2542  hydroxylamine reductase  24.63 
 
 
435 aa  58.2  0.0000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0330494  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2941  hydroxylamine reductase  23.23 
 
 
565 aa  57.4  0.0000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0663  hydroxylamine reductase  30.06 
 
 
541 aa  57.4  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.430546  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0977  hydroxylamine reductase  27.31 
 
 
555 aa  57.4  0.0000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.349617 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1599  hybrid cluster protein  21.46 
 
 
549 aa  55.8  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000102791  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2909  hydroxylamine reductase  21.76 
 
 
547 aa  55.1  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0845  hydroxylamine reductase  26.83 
 
 
545 aa  55.1  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.633582  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0816  hydroxylamine reductase  26.83 
 
 
545 aa  55.1  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3228  hydroxylamine reductase  29.52 
 
 
568 aa  54.7  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1239  hydroxylamine reductase  24.85 
 
 
549 aa  54.3  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000262121  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2641  hydroxylamine reductase  29.59 
 
 
537 aa  53.9  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.897837  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1033  hydroxylamine reductase  29.24 
 
 
568 aa  53.9  0.000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4165  hydroxylamine reductase  23.99 
 
 
549 aa  53.9  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0674  hydroxylamine reductase  29.38 
 
 
548 aa  53.1  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.09718  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1634  hydroxylamine reductase  27.45 
 
 
538 aa  53.5  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.228305  normal  0.622946 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0981  hydroxylamine reductase  25.51 
 
 
557 aa  53.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00091795 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2587  hydroxylamine reductase  21.42 
 
 
547 aa  53.5  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000431874  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0213  hydroxylamine reductase  27.46 
 
 
533 aa  53.5  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.8548  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0479  hydroxylamine reductase  25.21 
 
 
540 aa  52.8  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3038  hydroxylamine reductase  24.85 
 
 
549 aa  52.4  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3702  hydroxylamine reductase  28.9 
 
 
533 aa  53.1  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.456407  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1201  hydroxylamine reductase  28.32 
 
 
531 aa  52.4  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0406  hybrid cluster protein  27.37 
 
 
554 aa  52.4  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2189  hydroxylamine reductase  29.07 
 
 
538 aa  52  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00125687  normal  0.781035 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0805  acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha  21.21 
 
 
778 aa  52  0.00003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.471946  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1673  acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha  21.21 
 
 
778 aa  52  0.00003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0988  hydroxylamine reductase  28.92 
 
 
539 aa  52.4  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.160693 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1364  hydroxylamine reductase  27.42 
 
 
549 aa  51.6  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.453221  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1424  hydroxylamine reductase  26.92 
 
 
522 aa  51.6  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.013462  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0105  acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha  22.33 
 
 
766 aa  51.6  0.00004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1168  hydroxylamine reductase  26.59 
 
 
552 aa  51.6  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3125  hydroxylamine reductase  26.59 
 
 
551 aa  51.2  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3576  hydroxylamine reductase  27.75 
 
 
531 aa  51.2  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0036  hydroxylamine reductase  26.7 
 
 
542 aa  50.8  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0754  hydroxylamine reductase  28.22 
 
 
552 aa  50.8  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0423  hydroxylamine reductase  24.26 
 
 
435 aa  50.8  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000304226  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2940  hydroxylamine reductase  23.57 
 
 
447 aa  50.8  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00378374  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2242  hydroxylamine reductase  29.59 
 
 
541 aa  50.8  0.00008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.675401  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2834  hydroxylamine reductase  28.75 
 
 
547 aa  50.4  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000787255  hitchhiker  0.00000000000275149 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3446  hydroxylamine reductase  27.81 
 
 
542 aa  50.4  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000118604 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1053  hydroxylamine reductase  25.73 
 
 
539 aa  50.1  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1905  hydroxylamine reductase  27.85 
 
 
427 aa  50.4  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00412747  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0585  hydroxylamine reductase  27.75 
 
 
533 aa  49.7  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000760383  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2647  hydroxylamine reductase  27.75 
 
 
533 aa  49.7  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.654819  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0137  hydroxylamine reductase  27.95 
 
 
427 aa  49.3  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000271526  normal  0.86078 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0690  acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha  24.46 
 
 
787 aa  49.3  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.676741  normal  0.475894 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0895  hydroxylamine reductase  25.72 
 
 
554 aa  49.3  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1326  hydroxylamine reductase  28.57 
 
 
545 aa  48.9  0.0002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.611962  normal  0.884501 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2271  hydroxylamine reductase  24.44 
 
 
550 aa  49.7  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663099  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>