125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0072 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1427  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  63.81 
 
 
639 aa  840    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4498  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  65.08 
 
 
663 aa  874    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.325797 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0072  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  100 
 
 
635 aa  1290    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0882  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  54.83 
 
 
635 aa  679    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3792  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  67.24 
 
 
635 aa  911    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.117932  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1203  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  49.13 
 
 
674 aa  621  1e-177  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2798  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  48.42 
 
 
672 aa  623  1e-177  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1270  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  44.8 
 
 
673 aa  578  1e-164  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00748773  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3525  carbon monoxide dehydrogenase  47.71 
 
 
624 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2098  carbon monoxide dehydrogenase subunit  46.82 
 
 
640 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0618  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  47.14 
 
 
641 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2327  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  47.24 
 
 
621 aa  563  1.0000000000000001e-159  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00453727  normal  0.0261188 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04490  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  47.6 
 
 
632 aa  562  1.0000000000000001e-159  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0057  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  47.6 
 
 
645 aa  554  1e-156  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.612526  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1341  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  48.21 
 
 
623 aa  554  1e-156  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3780  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  43.99 
 
 
674 aa  552  1e-156  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.288316  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2875  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  45.08 
 
 
626 aa  523  1e-147  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.843098  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0842  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  44.6 
 
 
629 aa  525  1e-147  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.183197  normal  0.106762 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1234  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  43.24 
 
 
629 aa  506  9.999999999999999e-143  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0405701  normal  0.377093 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0382  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  44.2 
 
 
631 aa  503  1e-141  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.72739  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3028  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  44.11 
 
 
625 aa  495  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2233  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  44.52 
 
 
629 aa  495  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1272  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  43.37 
 
 
628 aa  487  1e-136  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.142133  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1133  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  44.52 
 
 
629 aa  488  1e-136  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.394682  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0934  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  41.17 
 
 
627 aa  480  1e-134  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.502316  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3185  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  42.01 
 
 
679 aa  471  1.0000000000000001e-131  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.579976  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0884  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  41.26 
 
 
653 aa  462  1e-129  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.17634  normal  0.977834 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0335  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  41.94 
 
 
642 aa  449  1.0000000000000001e-124  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0870  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  41.88 
 
 
628 aa  430  1e-119  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.404437  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2566  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  38.38 
 
 
663 aa  399  9.999999999999999e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1461  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  38.32 
 
 
656 aa  394  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000668721  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1972  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  35.1 
 
 
655 aa  363  6e-99  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000154748  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2801  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  36.05 
 
 
670 aa  359  9.999999999999999e-98  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000137875  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0438  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  34.42 
 
 
663 aa  355  2e-96  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000530778  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1736  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  35.37 
 
 
666 aa  351  2e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.306274  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1902  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  35.21 
 
 
669 aa  346  6e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000268472  hitchhiker  0.000000000000110792 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0860  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.69 
 
 
695 aa  337  2.9999999999999997e-91  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.199727  normal  0.922779 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0236  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  35.36 
 
 
679 aa  333  7.000000000000001e-90  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1131  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  34.59 
 
 
676 aa  318  1e-85  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000338326  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0652  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  33.23 
 
 
707 aa  308  1.0000000000000001e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00052858  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2918  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  32.25 
 
 
710 aa  299  1e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0596914  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3717  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  31.08 
 
 
634 aa  287  4e-76  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2933  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  32.4 
 
 
623 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000257353  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1216  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  30.28 
 
 
648 aa  280  6e-74  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.655192  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0149  carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)  30.23 
 
 
680 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1166  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  30.88 
 
 
637 aa  274  5.000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0888  carbon-monoxide dehydrogenase, catalytic subunit  32.03 
 
 
629 aa  271  4e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.186953  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0468  hybrid cluster protein  23.48 
 
 
444 aa  65.5  0.000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000131773  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003799  hydroxylamine reductase  21.8 
 
 
553 aa  60.1  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2271  hydroxylamine reductase  24.92 
 
 
550 aa  57  0.0000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663099  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0858  acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha  24.72 
 
 
802 aa  56.6  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.00000000764937  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0895  hydroxylamine reductase  24.88 
 
 
554 aa  56.6  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2371  hydroxylamine reductase  23.39 
 
 
550 aa  55.5  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2832  hydroxylamine reductase  25.07 
 
 
554 aa  55.1  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.310206  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3609  hydroxylamine reductase  24.31 
 
 
552 aa  55.1  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.918432  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1168  hydroxylamine reductase  22.96 
 
 
552 aa  54.7  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2542  hydroxylamine reductase  21.52 
 
 
435 aa  54.3  0.000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0330494  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2914  hydroxylamine reductase  26.4 
 
 
554 aa  54.7  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3011  hydroxylamine reductase  26.4 
 
 
554 aa  54.3  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1174  hydroxylamine reductase  25.25 
 
 
554 aa  54.3  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0529148  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1363  hydroxylamine reductase  26.15 
 
 
554 aa  53.5  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3188  hydroxylamine reductase  23.75 
 
 
544 aa  53.1  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0212462 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0406  hybrid cluster protein  26.74 
 
 
554 aa  53.1  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3446  hydroxylamine reductase  23.1 
 
 
542 aa  53.5  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000118604 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_12416  predicted protein  24.67 
 
 
551 aa  53.9  0.00001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1707  hydroxylamine reductase  22.67 
 
 
550 aa  52.8  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3576  hydroxylamine reductase  23.36 
 
 
531 aa  52.4  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1260  hydroxylamine reductase  24.93 
 
 
554 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1165  hydroxylamine reductase  26.97 
 
 
552 aa  53.1  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1260  hydroxylamine reductase  26.4 
 
 
552 aa  52.4  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.181543  hitchhiker  0.000316349 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1905  hydroxylamine reductase  22.84 
 
 
427 aa  52.8  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00412747  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1216  hydroxylamine reductase  24.67 
 
 
554 aa  52  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.453579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3097  hydroxylamine reductase  24.93 
 
 
554 aa  52.4  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0213297  normal  0.133055 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2759  hydroxylamine reductase  26.21 
 
 
549 aa  51.6  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1293  hydroxylamine reductase  24.62 
 
 
554 aa  51.6  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.86267  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0981  hydroxylamine reductase  24.02 
 
 
557 aa  50.8  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00091795 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2701  hydroxylamine reductase  23.06 
 
 
550 aa  50.8  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0219  hydroxylamine reductase  25.41 
 
 
538 aa  50.8  0.00008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3125  hydroxylamine reductase  24.24 
 
 
551 aa  50.4  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1069  hydroxylamine reductase  25.28 
 
 
554 aa  50.1  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2938  hydroxylamine reductase  23.1 
 
 
461 aa  50.1  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000065218  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0447  hydroxylamine reductase  22.95 
 
 
454 aa  49.7  0.0001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0105  acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha  29.45 
 
 
766 aa  50.4  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2909  hydroxylamine reductase  24.4 
 
 
547 aa  49.3  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2587  hydroxylamine reductase  24.4 
 
 
547 aa  49.3  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000431874  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1973  hydroxylamine reductase  23.32 
 
 
550 aa  49.7  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2617  hydroxylamine reductase  22.79 
 
 
550 aa  49.7  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1591  hydroxylamine reductase  22.79 
 
 
550 aa  49.7  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1666  hydroxylamine reductase  25.58 
 
 
565 aa  48.9  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.372025  normal  0.875893 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1540  hydroxylamine reductase  22.28 
 
 
442 aa  48.5  0.0004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1055  hydroxylamine reductase  22.13 
 
 
554 aa  48.5  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1424  hydroxylamine reductase  29.81 
 
 
522 aa  48.5  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.013462  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1173  hydroxylamine reductase  21.37 
 
 
549 aa  48.1  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000032867  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2242  hydroxylamine reductase  28.8 
 
 
541 aa  48.1  0.0005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.675401  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1355  hydroxylamine reductase  24.76 
 
 
557 aa  48.1  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1657  hydroxylamine reductase  24.76 
 
 
556 aa  48.1  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.922648  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0690  acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha  20.83 
 
 
787 aa  47.8  0.0006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.676741  normal  0.475894 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0036  hydroxylamine reductase  24.21 
 
 
542 aa  47.8  0.0006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0141  hybrid cluster protein  27.67 
 
 
553 aa  47.8  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.409118 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0845  hydroxylamine reductase  21.43 
 
 
545 aa  47.4  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.633582  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>