135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2310 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_2310  hypothetical protein  100 
 
 
320 aa  655    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.102337  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2477  hypothetical protein  70.61 
 
 
309 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2969  hypothetical protein  66.98 
 
 
309 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.140697  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2343  hypothetical protein  66 
 
 
319 aa  403  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.962094  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3828  hypothetical protein  62.17 
 
 
312 aa  384  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.068458  normal  0.0535848 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3474  SurA domain  67.97 
 
 
308 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1680  hypothetical protein  62.33 
 
 
314 aa  367  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.282986  normal  0.933531 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2835  putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  37.5 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144949  normal  0.151219 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0653  hypothetical protein  30.6 
 
 
306 aa  169  6e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2224  hypothetical protein  31.65 
 
 
315 aa  168  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.228032 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2604  SurA domain-containing protein  28.35 
 
 
319 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.960846  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0684  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, putative  28.31 
 
 
318 aa  124  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0676  putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  28 
 
 
318 aa  121  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.238663  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0505  SurA domain-containing protein  26.33 
 
 
325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1065  putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase protein  26.37 
 
 
314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00053562 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1760  putative survival protein surA precursor (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA)  25 
 
 
312 aa  110  5e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.172178  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1208  putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase protein  26.71 
 
 
314 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.612075  hitchhiker  0.000180052 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1539  hypothetical protein  26.48 
 
 
315 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0762  SurA domain-containing protein  25.8 
 
 
315 aa  90.9  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.170657 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1187  SurA domain protein  30.47 
 
 
398 aa  82.4  0.000000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0614007  normal  0.705805 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1223  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  26.55 
 
 
435 aa  77  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0143633  normal  0.258985 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1811  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain-containing protein  29.53 
 
 
422 aa  75.1  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.201537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0553  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  23.86 
 
 
428 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1118  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  28.06 
 
 
405 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.198306 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3341  SurA domain-containing protein  27.74 
 
 
443 aa  68.6  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.814478 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1476  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.91 
 
 
446 aa  67.8  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2527  SurA domain-containing protein  25.71 
 
 
452 aa  67.4  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3658  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.1 
 
 
438 aa  66.2  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.486041  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4625  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.53 
 
 
442 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0739  L-ribulokinase  20.07 
 
 
430 aa  65.5  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0989  SurA domain protein  21.82 
 
 
305 aa  64.7  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.47061  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2903  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  27.34 
 
 
435 aa  63.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0888  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.81 
 
 
456 aa  63.2  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0501043  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1547  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  27.34 
 
 
435 aa  63.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0899  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  27.5 
 
 
423 aa  63.2  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.408159  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2628  SurA domain-containing protein  26.58 
 
 
452 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.222069  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2762  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.75 
 
 
452 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0433  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  28 
 
 
444 aa  61.6  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0216179  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3469  SurA domain protein  23.29 
 
 
471 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.955997  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0946  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  27.06 
 
 
424 aa  60.5  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.323241  normal  0.634482 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6037  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.25 
 
 
452 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.643718  normal  0.846294 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4111  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.95 
 
 
471 aa  59.3  0.00000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1266  hypothetical protein  25.81 
 
 
399 aa  58.9  0.0000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.279475  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0376  hypothetical protein  23.53 
 
 
429 aa  58.9  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0351  hypothetical protein  23.53 
 
 
429 aa  58.5  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0589  SurA domain-containing protein  23.57 
 
 
451 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0142  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  21.7 
 
 
345 aa  56.2  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000825635  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0410  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.38 
 
 
446 aa  56.6  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.100604 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1294  hypothetical protein  23.18 
 
 
275 aa  56.6  0.0000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4763  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.82 
 
 
476 aa  56.2  0.0000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0738  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  24.15 
 
 
430 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0209  survival protein SurA, putative  22.59 
 
 
448 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0872  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.59 
 
 
448 aa  55.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2098  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.58 
 
 
452 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941822  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2710  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.58 
 
 
452 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2737  SurA domain-containing protein  24.58 
 
 
452 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752292  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2736  putative survival protein SurA  22.59 
 
 
448 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2342  putative survival protein SurA  22.59 
 
 
448 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0693  putative survival protein SurA  22.22 
 
 
450 aa  55.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0707  putative survival protein SurA  22.22 
 
 
450 aa  55.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2422  putative survival protein SurA  22.59 
 
 
448 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.30012  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07760  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  23.67 
 
 
430 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.242603  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0676  SurA domain  22.52 
 
 
453 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1275  SurA domain protein  21.23 
 
 
465 aa  55.1  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.508238  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0726  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  24.29 
 
 
432 aa  53.5  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0221524  normal  0.971535 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0576  survival protein SurA, putative  22.32 
 
 
448 aa  53.1  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.566553  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1707  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  18.58 
 
 
316 aa  52.8  0.000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2077  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  19.18 
 
 
321 aa  52.4  0.000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0516  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  29.1 
 
 
498 aa  52.4  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.644007  normal  0.0402395 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1053  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  20.11 
 
 
416 aa  52  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0556078  normal  0.850667 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0105  putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase surA  19.18 
 
 
321 aa  52.4  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.507131  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1455  SurA domain protein  23.36 
 
 
438 aa  51.6  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.882987  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3589  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.64 
 
 
321 aa  51.2  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000412854  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3830  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  25.66 
 
 
431 aa  51.2  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1978  Peptidylprolyl isomerase  21.15 
 
 
475 aa  51.6  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0595  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  29.21 
 
 
297 aa  51.2  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.880292  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5133  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.71 
 
 
426 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4075  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  21.29 
 
 
469 aa  50.1  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4811  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.77 
 
 
482 aa  49.3  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.769109  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4524  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  23.08 
 
 
433 aa  48.9  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46810  Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  21.05 
 
 
432 aa  48.9  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0780873  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0097  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25 
 
 
459 aa  48.9  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0287  SurA domain protein  21.05 
 
 
320 aa  48.9  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.416052 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2817  survival protein surA  21.78 
 
 
434 aa  48.9  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.705055  normal  0.656138 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3633  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  25 
 
 
431 aa  48.9  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.94916  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3912  SurA domain-containing protein  20.68 
 
 
464 aa  48.5  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0794  hypothetical protein  22.15 
 
 
399 aa  47.8  0.0002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3549  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  21.3 
 
 
333 aa  47.8  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000983589  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2327  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.56 
 
 
442 aa  47.8  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.110216  normal  0.9972 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2625  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25 
 
 
427 aa  48.1  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0434  SurA domain-containing protein  21.65 
 
 
441 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.080411  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0403  survival protein SurA  21.65 
 
 
439 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.369388  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0918  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  17.5 
 
 
435 aa  47.8  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00205446  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3207  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  19.52 
 
 
434 aa  47.4  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00341514  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0437  SurA domain-containing protein  21.65 
 
 
439 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.427188  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2644  SurA domain  22.78 
 
 
477 aa  47.8  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3035  survival protein SurA  22.78 
 
 
436 aa  47.4  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3637  survival protein surA  20 
 
 
434 aa  47  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2037  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain-containing protein  21.28 
 
 
329 aa  47  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147855  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0991  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  20.63 
 
 
434 aa  47.4  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000134867  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>