150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2343 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2343  hypothetical protein  100 
 
 
319 aa  657    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.962094  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1680  hypothetical protein  80.25 
 
 
314 aa  513  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.282986  normal  0.933531 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2310  hypothetical protein  66 
 
 
320 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.102337  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2477  hypothetical protein  62.7 
 
 
309 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2969  hypothetical protein  59.16 
 
 
309 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.140697  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3474  SurA domain  61.7 
 
 
308 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3828  hypothetical protein  59.87 
 
 
312 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.068458  normal  0.0535848 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2835  putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  39.08 
 
 
303 aa  218  7.999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144949  normal  0.151219 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0653  hypothetical protein  33.33 
 
 
306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2224  hypothetical protein  31.67 
 
 
315 aa  176  5e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.228032 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1760  putative survival protein surA precursor (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA)  28.67 
 
 
312 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.172178  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2604  SurA domain-containing protein  31.38 
 
 
319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.960846  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0684  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, putative  28.92 
 
 
318 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0505  SurA domain-containing protein  26.56 
 
 
325 aa  122  8e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0676  putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  28.62 
 
 
318 aa  122  8e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.238663  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1208  putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase protein  27.03 
 
 
314 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.612075  hitchhiker  0.000180052 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1065  putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase protein  26.96 
 
 
314 aa  116  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00053562 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0762  SurA domain-containing protein  27.8 
 
 
315 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.170657 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1539  hypothetical protein  27.3 
 
 
315 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1811  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain-containing protein  30.32 
 
 
422 aa  90.1  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.201537 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2527  SurA domain-containing protein  27.88 
 
 
452 aa  83.6  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0989  SurA domain protein  24.36 
 
 
305 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.47061  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3341  SurA domain-containing protein  29.81 
 
 
443 aa  79.3  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.814478 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1476  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  28.65 
 
 
446 aa  77  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1187  SurA domain protein  25.99 
 
 
398 aa  76.3  0.0000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0614007  normal  0.705805 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0553  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  21.28 
 
 
428 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4625  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.61 
 
 
442 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0739  L-ribulokinase  20.77 
 
 
430 aa  73.2  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0899  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.54 
 
 
423 aa  70.9  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.408159  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1223  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  28.03 
 
 
435 aa  69.3  0.00000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0143633  normal  0.258985 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1118  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  31.01 
 
 
405 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.198306 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3469  SurA domain protein  23.68 
 
 
471 aa  66.2  0.0000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.955997  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4111  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.36 
 
 
471 aa  66.2  0.0000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1547  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  21.03 
 
 
435 aa  63.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2903  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  21.17 
 
 
435 aa  63.5  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0516  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  26.94 
 
 
498 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.644007  normal  0.0402395 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0434  SurA domain-containing protein  21.57 
 
 
441 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.080411  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4763  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.95 
 
 
476 aa  61.6  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1978  Peptidylprolyl isomerase  25.52 
 
 
475 aa  60.8  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0433  hypothetical protein  21.45 
 
 
271 aa  60.8  0.00000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0403  survival protein SurA  21.57 
 
 
439 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.369388  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2817  survival protein surA  23.11 
 
 
434 aa  60.5  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.705055  normal  0.656138 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4011  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.32 
 
 
430 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0437  SurA domain-containing protein  21.57 
 
 
439 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.427188  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0602  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  22.32 
 
 
454 aa  60.1  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0218368  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6037  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.99 
 
 
452 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.643718  normal  0.846294 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1275  SurA domain protein  23.75 
 
 
465 aa  59.7  0.00000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.508238  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1481  hypothetical protein  21.25 
 
 
271 aa  58.5  0.0000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.690265  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2737  SurA domain-containing protein  23.99 
 
 
452 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752292  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0888  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.42 
 
 
456 aa  58.5  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0501043  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0946  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  27.07 
 
 
424 aa  58.5  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.323241  normal  0.634482 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2098  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.99 
 
 
452 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941822  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2710  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.99 
 
 
452 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1306  hypothetical protein  21.45 
 
 
271 aa  58.5  0.0000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2628  SurA domain-containing protein  23.99 
 
 
452 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.222069  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1266  hypothetical protein  22.9 
 
 
399 aa  57.8  0.0000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.279475  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3637  survival protein surA  23.33 
 
 
434 aa  58.2  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2762  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.65 
 
 
452 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0738  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  23.57 
 
 
430 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3311  SurA domain protein  23.81 
 
 
434 aa  57.4  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000542375  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07760  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  23.21 
 
 
430 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.242603  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1053  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.16 
 
 
416 aa  57.4  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0556078  normal  0.850667 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1048  SurA domain-containing protein  23.81 
 
 
434 aa  57.4  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000188646  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1081  SurA domain-containing protein  23.81 
 
 
434 aa  57.4  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00545123  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4799  SurA domain-containing protein  21.88 
 
 
441 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597956  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5274  SurA domain protein  20.79 
 
 
469 aa  57  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0565  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  26.92 
 
 
430 aa  56.6  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.360825  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0881  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.43 
 
 
434 aa  56.6  0.0000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000301767  normal  0.688163 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0105  putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase surA  21.09 
 
 
321 aa  56.2  0.0000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.507131  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46810  Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  20.65 
 
 
432 aa  55.8  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0780873  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0287  SurA domain protein  22.16 
 
 
320 aa  56.2  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.416052 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1707  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  20.39 
 
 
316 aa  55.8  0.0000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3207  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.86 
 
 
434 aa  55.8  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00341514  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0676  SurA domain  23.21 
 
 
453 aa  55.5  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4811  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.26 
 
 
482 aa  55.8  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.769109  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0979  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.33 
 
 
434 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000166613  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0410  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.45 
 
 
446 aa  55.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.100604 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1294  hypothetical protein  21.36 
 
 
275 aa  54.7  0.000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0907  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.38 
 
 
434 aa  54.7  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00235031  normal  0.382454 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3113  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.86 
 
 
434 aa  54.7  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.980889  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3480  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  26.27 
 
 
326 aa  54.7  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.240532  normal  0.151496 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2327  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  21.77 
 
 
442 aa  55.1  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.110216  normal  0.9972 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0991  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  21.79 
 
 
434 aa  54.7  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000134867  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2077  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  20.51 
 
 
321 aa  54.7  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0589  SurA domain-containing protein  22.97 
 
 
451 aa  54.3  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5133  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  19.92 
 
 
426 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1262  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.69 
 
 
343 aa  53.5  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4524  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  20.18 
 
 
433 aa  52.4  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4335  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  21.1 
 
 
338 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.16734  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4023  putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.86 
 
 
453 aa  52.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.285362  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2625  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.97 
 
 
427 aa  52  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0726  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  21.26 
 
 
432 aa  52  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0221524  normal  0.971535 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0015  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain-containing protein  21.82 
 
 
321 aa  51.6  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.032171  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1016  SurA domain-containing protein  20.28 
 
 
434 aa  51.2  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000539949  hitchhiker  0.00270369 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2644  SurA domain  24.08 
 
 
477 aa  51.6  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3035  survival protein SurA  24.08 
 
 
436 aa  51.2  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0376  hypothetical protein  20.28 
 
 
429 aa  50.4  0.00004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21140  peptidil-prolyl cis-trans isomerase  21.8 
 
 
332 aa  50.4  0.00004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2715  SurA domain protein  20.86 
 
 
443 aa  49.7  0.00006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.109912  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0433  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.29 
 
 
444 aa  50.1  0.00006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0216179  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>