145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0946 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0946  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  100 
 
 
424 aa  848    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.323241  normal  0.634482 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2903  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  40.38 
 
 
435 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1547  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  40.38 
 
 
435 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1187  SurA domain protein  40.39 
 
 
398 aa  246  6e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0614007  normal  0.705805 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1811  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain-containing protein  37.74 
 
 
422 aa  229  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.201537 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1118  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  39.47 
 
 
405 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.198306 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0899  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  37.71 
 
 
423 aa  209  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.408159  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1476  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.63 
 
 
446 aa  97.8  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3341  SurA domain-containing protein  22.71 
 
 
443 aa  94.7  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.814478 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0433  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.31 
 
 
444 aa  89.7  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0216179  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3043  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.64 
 
 
452 aa  87.8  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.398352 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2527  SurA domain-containing protein  25.6 
 
 
452 aa  82.8  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0410  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.24 
 
 
446 aa  77.8  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.100604 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1223  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.81 
 
 
435 aa  77.4  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0143633  normal  0.258985 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0888  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.9 
 
 
456 aa  76.3  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0501043  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0520  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  27.37 
 
 
440 aa  74.7  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0602  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  21.41 
 
 
454 aa  72.8  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0218368  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0684  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, putative  32.21 
 
 
318 aa  72  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3035  survival protein SurA  25.06 
 
 
436 aa  69.3  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2644  SurA domain  25.06 
 
 
477 aa  69.3  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0676  putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  31.54 
 
 
318 aa  69.3  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.238663  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4011  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.95 
 
 
430 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0738  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  24.61 
 
 
430 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1275  SurA domain protein  24.03 
 
 
465 aa  68.6  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.508238  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07760  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  24.17 
 
 
430 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.242603  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2310  hypothetical protein  25.85 
 
 
320 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.102337  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5133  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.04 
 
 
426 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3442  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  26.17 
 
 
434 aa  64.3  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000041378  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0770  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  26.17 
 
 
434 aa  64.3  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00524485  normal  0.0902851 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3571  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  26.17 
 
 
434 aa  64.3  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.287067  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0403  survival protein SurA  24.48 
 
 
439 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.369388  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0434  SurA domain-containing protein  23.57 
 
 
441 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.080411  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0437  SurA domain-containing protein  24.48 
 
 
439 aa  63.5  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.427188  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2835  putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  25.67 
 
 
303 aa  63.2  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144949  normal  0.151219 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2625  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.92 
 
 
427 aa  62.4  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4799  SurA domain-containing protein  24.2 
 
 
441 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.597956  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0516  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  29.57 
 
 
498 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.644007  normal  0.0402395 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2604  SurA domain-containing protein  26.87 
 
 
319 aa  61.6  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.960846  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4625  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.41 
 
 
442 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0553  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  23.85 
 
 
428 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1539  hypothetical protein  29.51 
 
 
315 aa  60.5  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3828  hypothetical protein  29.86 
 
 
312 aa  60.8  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.068458  normal  0.0535848 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1760  putative survival protein surA precursor (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA)  27.08 
 
 
312 aa  60.5  0.00000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.172178  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46810  Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  25.23 
 
 
432 aa  59.3  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0780873  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2477  hypothetical protein  23.92 
 
 
309 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2011  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.21 
 
 
468 aa  58.5  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0047  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  22.28 
 
 
428 aa  58.2  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000013551  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1935  SurA domain-containing protein  23.48 
 
 
463 aa  58.2  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0739  L-ribulokinase  22.71 
 
 
430 aa  57  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0407  SurA domain protein  26.32 
 
 
500 aa  56.6  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0392  SurA domain  26.32 
 
 
500 aa  56.6  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1680  hypothetical protein  26.25 
 
 
314 aa  55.8  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.282986  normal  0.933531 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2969  hypothetical protein  24.86 
 
 
309 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.140697  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2327  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.74 
 
 
442 aa  54.7  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.110216  normal  0.9972 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0505  SurA domain-containing protein  26.13 
 
 
325 aa  54.7  0.000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04643  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.91 
 
 
463 aa  54.3  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00057  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (PPIase)  22.01 
 
 
428 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0213586  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3546  SurA domain protein  22.01 
 
 
428 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00416172  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0059  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  22.01 
 
 
428 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0538241  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0059  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  22.01 
 
 
428 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000468252  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0057  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  22.01 
 
 
428 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000704292  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00056  hypothetical protein  22.01 
 
 
428 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0286102  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3602  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  22.01 
 
 
428 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0202628  hitchhiker  0.000135274 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0057  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  22.01 
 
 
428 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0283729  normal  0.558643 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0397  SurA domain-containing protein  25.23 
 
 
463 aa  53.5  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.223084 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1455  SurA domain protein  24.43 
 
 
438 aa  53.5  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.882987  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0199  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.15 
 
 
317 aa  53.1  0.000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000517343 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0918  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.22 
 
 
435 aa  53.5  0.000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00205446  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2343  hypothetical protein  26.88 
 
 
319 aa  53.5  0.000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.962094  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0098  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  21.1 
 
 
428 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0096  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  21.1 
 
 
428 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.632638 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0103  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  21.1 
 
 
428 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.308469  normal  0.913442 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0101  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  21.1 
 
 
428 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.002065  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1049  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.71 
 
 
439 aa  52.8  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.352808  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0097  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  21.1 
 
 
428 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0531154  normal  0.145307 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0693  putative survival protein SurA  28.42 
 
 
450 aa  53.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0707  putative survival protein SurA  28.42 
 
 
450 aa  53.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0209  survival protein SurA, putative  28.78 
 
 
448 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0872  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  28.78 
 
 
448 aa  51.6  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2736  putative survival protein SurA  28.78 
 
 
448 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2342  putative survival protein SurA  28.78 
 
 
448 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2422  putative survival protein SurA  28.78 
 
 
448 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.30012  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0602  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  23.47 
 
 
428 aa  52.4  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00440274  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1723  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  21.75 
 
 
426 aa  51.2  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0216  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25 
 
 
317 aa  51.6  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000196807  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4874  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.59 
 
 
349 aa  50.8  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.165645  normal  0.245962 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1065  putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase protein  25.75 
 
 
314 aa  50.4  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00053562 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0351  hypothetical protein  23.14 
 
 
429 aa  50.4  0.00006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0604  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  26.47 
 
 
433 aa  50.4  0.00006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0670  SurA domain  24.65 
 
 
447 aa  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4023  putative peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.75 
 
 
453 aa  50.4  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.285362  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3474  SurA domain  22.87 
 
 
308 aa  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1690  SurA domain protein  35.94 
 
 
311 aa  50.1  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0553768 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4524  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA  23.15 
 
 
433 aa  49.3  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3658  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.25 
 
 
438 aa  49.3  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.486041  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0576  survival protein SurA, putative  28.15 
 
 
448 aa  49.7  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.566553  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3419  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  22.22 
 
 
431 aa  49.3  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0567862  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0794  hypothetical protein  25.85 
 
 
399 aa  48.5  0.0002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2762  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  26.35 
 
 
452 aa  48.5  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3509  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.56 
 
 
447 aa  48.9  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>