84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1303 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1303  PUCC protein  100 
 
 		 452 aa  873    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1720  PUCC protein  82.59 
 
 		 438 aa  714    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3746  PUCC protein  84.82 
 
 		 447 aa  738    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00047851 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3991  light harvesting pigment MFS transporter Bch2  83.48 
 
 		 447 aa  732    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.772479  normal  0.25213 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6423  light harvesting pigment major facilitator family (MFS) transporter, Bch2-like protein  65.5 
 
 		 444 aa  494  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0628  PUCC protein  58.66 
 
 		 449 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319243  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5366  PUCC protein  56.64 
 
 		 455 aa  424  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.238327  normal  0.20788 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4821  PUCC protein  58.41 
 
 		 459 aa  409  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.052711 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5288  PUCC protein  58.18 
 
 		 458 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2062  PUCC protein  56.67 
 
 		 455 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.035842 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3713  PUCC protein  55.68 
 
 		 448 aa  387  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368833  hitchhiker  0.000507532 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1853  PUCC protein  55.81 
 
 		 512 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0108975 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3529  PUCC protein  51.84 
 
 		 433 aa  379  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.513682 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1601  PUCC protein  53.91 
 
 		 447 aa  376  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0278  putative light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC  50.71 
 
 		 427 aa  350  3e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1921  PUCC protein  50.71 
 
 		 427 aa  349  6e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.824161 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1017  PUCC protein  50.71 
 
 		 427 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0166  PUCC protein  40.55 
 
 		 417 aa  222  9e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2893  PUCC protein  29.95 
 
 		 474 aa  161  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00562586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1903  PUCC protein  31.9 
 
 		 433 aa  155  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453505 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1668  PUCC protein  29.19 
 
 		 448 aa  155  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0689  PucC protein  29.96 
 
 		 448 aa  151  2e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.85813  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3165  PUCC protein  29.36 
 
 		 474 aa  147  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1022  PUCC protein  31.45 
 
 		 434 aa  145  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1849  PUCC protein  29 
 
 		 448 aa  144  4e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1543  PUCC protein  33.41 
 
 		 433 aa  143  7e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000848404 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1534  PUCC protein  31.9 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00123663  hitchhiker  0.002835 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3432  PUCC protein  30.48 
 
 		 434 aa  141  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0654139 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1461  PucC protein  30 
 
 		 449 aa  141  3e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.833113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0911  PUCC protein  27.81 
 
 		 449 aa  137  5e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.592939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1912  PUCC protein  30.71 
 
 		 457 aa  136  7.000000000000001e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.199112  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0618  PUCC protein  31.26 
 
 		 480 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.328427  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3539  PUCC protein  29.26 
 
 		 481 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0459  PUCC protein  27.49 
 
 		 478 aa  133  5e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.222585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0990  PUCC protein  28.6 
 
 		 452 aa  134  5e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6412  photosynthetic complex (LH1) assembly protein LhaA  30.6 
 
 		 477 aa  133  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0355  PUCC protein  29.16 
 
 		 488 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.446739 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3332  PUCC protein  29.19 
 
 		 481 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0614362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0979  PUCC protein  28.1 
 
 		 459 aa  131  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0518  PUCC protein  30.42 
 
 		 449 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1560  PUCC protein  28.13 
 
 		 450 aa  128  3e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.507042  hitchhiker  0.000951091 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0658  PUCC protein  27.18 
 
 		 472 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.573961 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1287  PUCC protein  27.83 
 
 		 432 aa  127  5e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3785  PUCC protein  30.62 
 
 		 475 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0284698 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0290  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  32.06 
 
 		 479 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1735  PUCC protein  29.77 
 
 		 477 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0315  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  28.54 
 
 		 459 aa  124  5e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1960  PUCC protein  28.54 
 
 		 459 aa  124  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.77527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1583  PUCC protein  30.39 
 
 		 465 aa  122  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2398  PUCC protein  30.38 
 
 		 475 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.6432  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3787  PUCC protein  29.89 
 
 		 483 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1933  PUCC protein  31.71 
 
 		 479 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1240  PUCC protein  31.05 
 
 		 484 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000359132  unclonable  0.0000000283623 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2898  pucC  28.54 
 
 		 467 aa  121  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4446  PucC chlorophyll MFS exporter  30.7 
 
 		 473 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4031  PucC protein, chlorophyll MFS exporter  30.79 
 
 		 473 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.344544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2807  PUCC protein  27.7 
 
 		 472 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3131  PUCC protein  27.08 
 
 		 452 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.400987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1632  PUCC protein  29.11 
 
 		 475 aa  120  4.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.369944  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0028  PUCC protein  27.08 
 
 		 477 aa  120  6e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.30591  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3976  LhaA protein  30.86 
 
 		 477 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.197279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1680  PUCC protein  29.21 
 
 		 478 aa  117  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3083  chlorophyll major facilitator superfamily (MFS) exporter PucC  28.92 
 
 		 475 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0156  PUCC protein  31.07 
 
 		 478 aa  114  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1707  PUCC protein  25.53 
 
 		 487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1689  PUCC protein  25.53 
 
 		 487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3731  PUCC protein  28.5 
 
 		 477 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.532821  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1318  PUCC protein  30.82 
 
 		 477 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153345  normal  0.172961 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1762  hypothetical protein  29.18 
 
 		 483 aa  110  4.0000000000000004e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5356  PUCC protein  31.03 
 
 		 481 aa  107  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3723  PUCC protein  30.58 
 
 		 476 aa  107  6e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0690908 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1005  PUCC protein  29.39 
 
 		 479 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.516888 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4811  PUCC protein  30 
 
 		 481 aa  100  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2037  PUCC protein  29.27 
 
 		 476 aa  98.6  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5278  PUCC protein  30.26 
 
 		 481 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03411  Na+/melibiose symporter  25.38 
 
 		 472 aa  94.4  4e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1843  PUCC protein  27.88 
 
 		 475 aa  80.9  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.085296 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1652  light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC-like  24.3 
 
 		 459 aa  76.6  0.0000000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0707  hypothetical protein  27.79 
 
 		 463 aa  48.1  0.0004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4006  glycogen branching enzyme  32.94 
 
 		 727 aa  45.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4118  glycogen branching enzyme  34.12 
 
 		 727 aa  45.8  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.595644 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0147  glycogen branching enzyme  34.12 
 
 		 727 aa  45.8  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17300  Major facilitator superfamily transporter  27.27 
 
 		 407 aa  44.3  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0454  major facilitator superfamily MFS_1  24.73 
 
 		 404 aa  43.9  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.1922  normal  0.684757 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>