79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3976 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3731  PUCC protein  92.45 
 
 		 477 aa  808    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.532821  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1318  PUCC protein  82.39 
 
 		 477 aa  730    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153345  normal  0.172961 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3976  LhaA protein  100 
 
 		 477 aa  917    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.197279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1735  PUCC protein  87 
 
 		 477 aa  770    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6412  photosynthetic complex (LH1) assembly protein LhaA  69.31 
 
 		 477 aa  619  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0618  PUCC protein  65.42 
 
 		 480 aa  594  1e-168  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.328427  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4811  PUCC protein  62.03 
 
 		 481 aa  508  1e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5356  PUCC protein  63.34 
 
 		 481 aa  511  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2037  PUCC protein  62.45 
 
 		 476 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3787  PUCC protein  63.01 
 
 		 483 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3083  chlorophyll major facilitator superfamily (MFS) exporter PucC  62.39 
 
 		 475 aa  504  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5278  PUCC protein  62.77 
 
 		 481 aa  487  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3723  PUCC protein  61.89 
 
 		 476 aa  478  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0690908 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1240  PUCC protein  61.34 
 
 		 484 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000359132  unclonable  0.0000000283623 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2398  PUCC protein  60.26 
 
 		 475 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.6432  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3785  PUCC protein  60.04 
 
 		 475 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0284698 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3539  PUCC protein  57.29 
 
 		 481 aa  468  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1843  PUCC protein  63.6 
 
 		 475 aa  463  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.085296 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1680  PUCC protein  57.86 
 
 		 478 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4031  PucC protein, chlorophyll MFS exporter  58.33 
 
 		 473 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.344544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4446  PucC chlorophyll MFS exporter  58.76 
 
 		 473 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1933  PUCC protein  58.41 
 
 		 479 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0290  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  58.19 
 
 		 479 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1005  PUCC protein  57.23 
 
 		 479 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.516888 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0979  PUCC protein  55.11 
 
 		 459 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0156  PUCC protein  55.79 
 
 		 478 aa  418  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2898  pucC  56.19 
 
 		 467 aa  416  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0315  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  53.13 
 
 		 459 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1960  PUCC protein  53.13 
 
 		 459 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.77527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1583  PUCC protein  55.6 
 
 		 465 aa  414  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1632  PUCC protein  50.44 
 
 		 475 aa  414  1e-114  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.369944  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2807  PUCC protein  37.79 
 
 		 472 aa  232  1e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2893  PUCC protein  33.11 
 
 		 474 aa  202  9.999999999999999e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00562586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3165  PUCC protein  34.34 
 
 		 474 aa  199  7e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1287  PUCC protein  32.13 
 
 		 432 aa  160  3e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1903  PUCC protein  33.87 
 
 		 433 aa  157  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453505 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3432  PUCC protein  32.57 
 
 		 434 aa  153  7e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0654139 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1022  PUCC protein  32.32 
 
 		 434 aa  152  8.999999999999999e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1543  PUCC protein  33.25 
 
 		 433 aa  140  7e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000848404 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0355  PUCC protein  28.41 
 
 		 488 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.446739 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0028  PUCC protein  25.53 
 
 		 477 aa  126  1e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.30591  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1689  PUCC protein  26.57 
 
 		 487 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1707  PUCC protein  26.57 
 
 		 487 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1720  PUCC protein  28.87 
 
 		 438 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1303  PUCC protein  30.41 
 
 		 452 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3991  light harvesting pigment MFS transporter Bch2  28.26 
 
 		 447 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.772479  normal  0.25213 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0518  PUCC protein  28.92 
 
 		 449 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03411  Na+/melibiose symporter  29.23 
 
 		 472 aa  115  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3746  PUCC protein  28.8 
 
 		 447 aa  114  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00047851 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1762  hypothetical protein  28.88 
 
 		 483 aa  113  8.000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3332  PUCC protein  25.46 
 
 		 481 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0614362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1017  PUCC protein  28.4 
 
 		 427 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0658  PUCC protein  24.57 
 
 		 472 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.573961 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0459  PUCC protein  27.27 
 
 		 478 aa  105  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.222585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0990  PUCC protein  27.23 
 
 		 452 aa  105  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3529  PUCC protein  27.55 
 
 		 433 aa  103  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.513682 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1921  PUCC protein  29.24 
 
 		 427 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.824161 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0278  putative light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC  29.24 
 
 		 427 aa  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1912  PUCC protein  27.23 
 
 		 457 aa  103  8e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.199112  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1849  PUCC protein  27.46 
 
 		 448 aa  102  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1461  PucC protein  29.05 
 
 		 449 aa  101  3e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.833113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1668  PUCC protein  27.37 
 
 		 448 aa  99  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1652  light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC-like  29.36 
 
 		 459 aa  98.6  2e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5366  PUCC protein  30.17 
 
 		 455 aa  99  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.238327  normal  0.20788 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1534  PUCC protein  26.76 
 
 		 457 aa  99  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00123663  hitchhiker  0.002835 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0911  PUCC protein  27.8 
 
 		 449 aa  97.8  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.592939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1601  PUCC protein  29.81 
 
 		 447 aa  97.1  6e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3131  PUCC protein  25.4 
 
 		 452 aa  95.9  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.400987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3713  PUCC protein  31.98 
 
 		 448 aa  94.4  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368833  hitchhiker  0.000507532 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0628  PUCC protein  27.8 
 
 		 449 aa  94  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319243  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1560  PUCC protein  26.35 
 
 		 450 aa  93.6  6e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.507042  hitchhiker  0.000951091 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5288  PUCC protein  27.34 
 
 		 458 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4821  PUCC protein  27.72 
 
 		 459 aa  91.3  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.052711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6423  light harvesting pigment major facilitator family (MFS) transporter, Bch2-like protein  26.46 
 
 		 444 aa  90.1  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2062  PUCC protein  27.07 
 
 		 455 aa  88.2  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.035842 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0689  PucC protein  26.87 
 
 		 448 aa  83.6  0.000000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.85813  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1853  PUCC protein  30.39 
 
 		 512 aa  79.7  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0108975 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0707  hypothetical protein  35.03 
 
 		 463 aa  63.2  0.00000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0166  PUCC protein  24.17 
 
 		 417 aa  55.1  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>