79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3731 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3731  PUCC protein  100 
 
 		 477 aa  914    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.532821  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1318  PUCC protein  81.97 
 
 		 477 aa  727    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153345  normal  0.172961 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3976  LhaA protein  92.45 
 
 		 477 aa  792    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.197279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1735  PUCC protein  89.94 
 
 		 477 aa  788    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6412  photosynthetic complex (LH1) assembly protein LhaA  69.94 
 
 		 477 aa  622  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0618  PUCC protein  65.62 
 
 		 480 aa  589  1e-167  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.328427  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4811  PUCC protein  63.2 
 
 		 481 aa  512  1e-144  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5356  PUCC protein  63.12 
 
 		 481 aa  511  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2037  PUCC protein  62.88 
 
 		 476 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3083  chlorophyll major facilitator superfamily (MFS) exporter PucC  61.32 
 
 		 475 aa  502  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3787  PUCC protein  62.42 
 
 		 483 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5278  PUCC protein  63.42 
 
 		 481 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2398  PUCC protein  59.03 
 
 		 475 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.6432  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1240  PUCC protein  59.83 
 
 		 484 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000359132  unclonable  0.0000000283623 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3723  PUCC protein  60.57 
 
 		 476 aa  472  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0690908 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3785  PUCC protein  58.82 
 
 		 475 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0284698 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3539  PUCC protein  57.08 
 
 		 481 aa  462  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1843  PUCC protein  63.86 
 
 		 475 aa  464  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.085296 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1680  PUCC protein  58.21 
 
 		 478 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4446  PucC chlorophyll MFS exporter  57.98 
 
 		 473 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4031  PucC protein, chlorophyll MFS exporter  57.56 
 
 		 473 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.344544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1933  PUCC protein  58.19 
 
 		 479 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0290  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  57.97 
 
 		 479 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1005  PUCC protein  57.02 
 
 		 479 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.516888 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0979  PUCC protein  54 
 
 		 459 aa  428  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1632  PUCC protein  51.2 
 
 		 475 aa  419  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.369944  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0156  PUCC protein  56 
 
 		 478 aa  415  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2898  pucC  56.08 
 
 		 467 aa  409  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0315  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  51.84 
 
 		 459 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1960  PUCC protein  51.84 
 
 		 459 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.77527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1583  PUCC protein  54.51 
 
 		 465 aa  400  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2807  PUCC protein  37.28 
 
 		 472 aa  233  7.000000000000001e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2893  PUCC protein  34 
 
 		 474 aa  202  9.999999999999999e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00562586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3165  PUCC protein  34.09 
 
 		 474 aa  195  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1287  PUCC protein  32.18 
 
 		 432 aa  162  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1903  PUCC protein  34 
 
 		 433 aa  160  5e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453505 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1022  PUCC protein  31.23 
 
 		 434 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3432  PUCC protein  31.49 
 
 		 434 aa  140  6e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0654139 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1543  PUCC protein  33.25 
 
 		 433 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000848404 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0355  PUCC protein  28.51 
 
 		 488 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.446739 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0028  PUCC protein  25.29 
 
 		 477 aa  121  1.9999999999999998e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.30591  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1707  PUCC protein  25.33 
 
 		 487 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1689  PUCC protein  25.33 
 
 		 487 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0518  PUCC protein  28.54 
 
 		 449 aa  118  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3991  light harvesting pigment MFS transporter Bch2  28.76 
 
 		 447 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.772479  normal  0.25213 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1720  PUCC protein  28.44 
 
 		 438 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3332  PUCC protein  24.88 
 
 		 481 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0614362 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03411  Na+/melibiose symporter  28.94 
 
 		 472 aa  112  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1303  PUCC protein  29.23 
 
 		 452 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3746  PUCC protein  28.11 
 
 		 447 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00047851 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1762  hypothetical protein  30.56 
 
 		 483 aa  108  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1461  PucC protein  30.56 
 
 		 449 aa  108  3e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.833113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0990  PUCC protein  28.67 
 
 		 452 aa  107  5e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1668  PUCC protein  29.75 
 
 		 448 aa  103  6e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1534  PUCC protein  26.82 
 
 		 457 aa  103  8e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00123663  hitchhiker  0.002835 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1849  PUCC protein  27.46 
 
 		 448 aa  102  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5366  PUCC protein  29.27 
 
 		 455 aa  103  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.238327  normal  0.20788 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1912  PUCC protein  27.74 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.199112  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0459  PUCC protein  27.21 
 
 		 478 aa  101  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.222585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0658  PUCC protein  23.87 
 
 		 472 aa  100  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.573961 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0911  PUCC protein  28.57 
 
 		 449 aa  100  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.592939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1560  PUCC protein  29.02 
 
 		 450 aa  99  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.507042  hitchhiker  0.000951091 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1017  PUCC protein  27.63 
 
 		 427 aa  99  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0278  putative light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC  28.74 
 
 		 427 aa  98.6  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1921  PUCC protein  28.67 
 
 		 427 aa  99  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.824161 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5288  PUCC protein  28.31 
 
 		 458 aa  96.3  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4821  PUCC protein  28.24 
 
 		 459 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.052711 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3529  PUCC protein  27.25 
 
 		 433 aa  95.1  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.513682 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1652  light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC-like  29.13 
 
 		 459 aa  95.1  2e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0628  PUCC protein  28.21 
 
 		 449 aa  94.7  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319243  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3131  PUCC protein  25.96 
 
 		 452 aa  94.7  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.400987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1601  PUCC protein  30 
 
 		 447 aa  92  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0689  PucC protein  29.31 
 
 		 448 aa  91.3  3e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.85813  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3713  PUCC protein  31.12 
 
 		 448 aa  88.2  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368833  hitchhiker  0.000507532 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2062  PUCC protein  27.02 
 
 		 455 aa  85.5  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.035842 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6423  light harvesting pigment major facilitator family (MFS) transporter, Bch2-like protein  25.38 
 
 		 444 aa  84.3  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1853  PUCC protein  31.03 
 
 		 512 aa  80.1  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0108975 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0707  hypothetical protein  34.87 
 
 		 463 aa  60.5  0.00000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0166  PUCC protein  26.33 
 
 		 417 aa  51.6  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>