80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3787 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2398  PUCC protein  82.33 
 
 		 475 aa  696    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.6432  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1680  PUCC protein  79.57 
 
 		 478 aa  693    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3083  chlorophyll major facilitator superfamily (MFS) exporter PucC  77.73 
 
 		 475 aa  669    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3785  PUCC protein  82.11 
 
 		 475 aa  696    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0284698 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3787  PUCC protein  100 
 
 		 483 aa  942    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1240  PUCC protein  83.23 
 
 		 484 aa  733    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000359132  unclonable  0.0000000283623 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4446  PucC chlorophyll MFS exporter  80.6 
 
 		 473 aa  679    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4031  PucC protein, chlorophyll MFS exporter  80.39 
 
 		 473 aa  676    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.344544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2037  PUCC protein  60.83 
 
 		 476 aa  509  1e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0618  PUCC protein  58.16 
 
 		 480 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.328427  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1318  PUCC protein  61.72 
 
 		 477 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153345  normal  0.172961 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2898  pucC  61.61 
 
 		 467 aa  496  1e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6412  photosynthetic complex (LH1) assembly protein LhaA  58.58 
 
 		 477 aa  496  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0979  PUCC protein  56.86 
 
 		 459 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3731  PUCC protein  62.42 
 
 		 477 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.532821  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1735  PUCC protein  62.15 
 
 		 477 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3976  LhaA protein  63.01 
 
 		 477 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.197279 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4811  PUCC protein  60.33 
 
 		 481 aa  481  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1583  PUCC protein  61.59 
 
 		 465 aa  475  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3723  PUCC protein  60.97 
 
 		 476 aa  478  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0690908 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1960  PUCC protein  56.11 
 
 		 459 aa  475  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.77527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0315  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  56.11 
 
 		 459 aa  475  1e-133  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5356  PUCC protein  59.09 
 
 		 481 aa  473  1e-132  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5278  PUCC protein  61.47 
 
 		 481 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1843  PUCC protein  62.22 
 
 		 475 aa  457  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.085296 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3539  PUCC protein  55.95 
 
 		 481 aa  423  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0156  PUCC protein  55.68 
 
 		 478 aa  399  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1005  PUCC protein  58.3 
 
 		 479 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.516888 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1933  PUCC protein  57.62 
 
 		 479 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0290  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  57.4 
 
 		 479 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1632  PUCC protein  49.77 
 
 		 475 aa  382  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.369944  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2893  PUCC protein  36.55 
 
 		 474 aa  224  4e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00562586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2807  PUCC protein  36.08 
 
 		 472 aa  221  3e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3165  PUCC protein  35.52 
 
 		 474 aa  205  1e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1903  PUCC protein  31.46 
 
 		 433 aa  159  9e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453505 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1287  PUCC protein  30.52 
 
 		 432 aa  155  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3432  PUCC protein  29.73 
 
 		 434 aa  150  6e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0654139 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1022  PUCC protein  30.65 
 
 		 434 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0355  PUCC protein  28.42 
 
 		 488 aa  140  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.446739 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0028  PUCC protein  26.76 
 
 		 477 aa  137  4e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.30591  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1543  PUCC protein  31.49 
 
 		 433 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000848404 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3991  light harvesting pigment MFS transporter Bch2  29.48 
 
 		 447 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.772479  normal  0.25213 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0990  PUCC protein  27.44 
 
 		 452 aa  127  5e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1720  PUCC protein  31.2 
 
 		 438 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1689  PUCC protein  24.71 
 
 		 487 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1707  PUCC protein  24.71 
 
 		 487 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0459  PUCC protein  27.17 
 
 		 478 aa  122  1.9999999999999998e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.222585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1762  hypothetical protein  29.4 
 
 		 483 aa  120  4.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03411  Na+/melibiose symporter  29.79 
 
 		 472 aa  120  6e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3332  PUCC protein  25.87 
 
 		 481 aa  118  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0614362 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1921  PUCC protein  30.92 
 
 		 427 aa  117  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.824161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3746  PUCC protein  28.76 
 
 		 447 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00047851 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0278  putative light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC  30.42 
 
 		 427 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0658  PUCC protein  25.28 
 
 		 472 aa  115  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.573961 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1303  PUCC protein  29.85 
 
 		 452 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1601  PUCC protein  28.38 
 
 		 447 aa  113  7.000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1461  PucC protein  29.3 
 
 		 449 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.833113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0911  PUCC protein  28.44 
 
 		 449 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.592939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0518  PUCC protein  25.51 
 
 		 449 aa  110  6e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1668  PUCC protein  27.29 
 
 		 448 aa  108  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1017  PUCC protein  29.15 
 
 		 427 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1652  light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC-like  29.84 
 
 		 459 aa  107  4e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6423  light harvesting pigment major facilitator family (MFS) transporter, Bch2-like protein  27.61 
 
 		 444 aa  107  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1912  PUCC protein  27.46 
 
 		 457 aa  106  9e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.199112  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0628  PUCC protein  28.19 
 
 		 449 aa  105  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319243  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3529  PUCC protein  28.29 
 
 		 433 aa  103  8e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.513682 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1560  PUCC protein  27.83 
 
 		 450 aa  102  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.507042  hitchhiker  0.000951091 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0689  PucC protein  26.99 
 
 		 448 aa  100  6e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.85813  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5366  PUCC protein  26.07 
 
 		 455 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.238327  normal  0.20788 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1849  PUCC protein  26.77 
 
 		 448 aa  99  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1534  PUCC protein  27.69 
 
 		 457 aa  96.7  9e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00123663  hitchhiker  0.002835 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2062  PUCC protein  28.11 
 
 		 455 aa  95.1  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.035842 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5288  PUCC protein  28.78 
 
 		 458 aa  93.2  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4821  PUCC protein  27.27 
 
 		 459 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.052711 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3713  PUCC protein  30.26 
 
 		 448 aa  90.1  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368833  hitchhiker  0.000507532 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1853  PUCC protein  28.12 
 
 		 512 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0108975 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0166  PUCC protein  30.22 
 
 		 417 aa  84  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3131  PUCC protein  25.62 
 
 		 452 aa  82  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.400987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0707  hypothetical protein  29.94 
 
 		 463 aa  50.4  0.00006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4177  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.37 
 
 		 522 aa  47  0.0007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>