81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3746 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1303  PUCC protein  84.6 
 
 		 452 aa  718    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3746  PUCC protein  100 
 
 		 447 aa  864    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00047851 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1720  PUCC protein  86.35 
 
 		 438 aa  741    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3991  light harvesting pigment MFS transporter Bch2  90.6 
 
 		 447 aa  796    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.772479  normal  0.25213 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6423  light harvesting pigment major facilitator family (MFS) transporter, Bch2-like protein  64.87 
 
 		 444 aa  495  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0628  PUCC protein  61.64 
 
 		 449 aa  485  1e-136  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319243  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5366  PUCC protein  59.76 
 
 		 455 aa  431  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.238327  normal  0.20788 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4821  PUCC protein  59.95 
 
 		 459 aa  409  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.052711 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5288  PUCC protein  60.09 
 
 		 458 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2062  PUCC protein  57.07 
 
 		 455 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.035842 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3713  PUCC protein  58.96 
 
 		 448 aa  398  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368833  hitchhiker  0.000507532 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1853  PUCC protein  57.35 
 
 		 512 aa  392  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0108975 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3529  PUCC protein  53.24 
 
 		 433 aa  394  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.513682 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1601  PUCC protein  55.23 
 
 		 447 aa  393  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0278  putative light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC  49.65 
 
 		 427 aa  360  4e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1921  PUCC protein  49.65 
 
 		 427 aa  359  5e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.824161 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1017  PUCC protein  50.23 
 
 		 427 aa  342  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0166  PUCC protein  42.89 
 
 		 417 aa  231  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2893  PUCC protein  30.26 
 
 		 474 aa  160  4e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00562586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1903  PUCC protein  31 
 
 		 433 aa  155  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453505 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0689  PucC protein  30.5 
 
 		 448 aa  151  2e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.85813  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1022  PUCC protein  30.79 
 
 		 434 aa  150  5e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3165  PUCC protein  30.02 
 
 		 474 aa  149  8e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1668  PUCC protein  29.04 
 
 		 448 aa  146  9e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1543  PUCC protein  32.35 
 
 		 433 aa  142  9e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000848404 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1534  PUCC protein  30.85 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00123663  hitchhiker  0.002835 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0990  PUCC protein  29.31 
 
 		 452 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1912  PUCC protein  29.3 
 
 		 457 aa  140  4.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.199112  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1849  PUCC protein  29.26 
 
 		 448 aa  139  8.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3332  PUCC protein  29.55 
 
 		 481 aa  139  8.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0614362 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0459  PUCC protein  28.08 
 
 		 478 aa  139  1e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.222585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1461  PucC protein  29.6 
 
 		 449 aa  138  2e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.833113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3432  PUCC protein  28.6 
 
 		 434 aa  137  5e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0654139 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0658  PUCC protein  27.84 
 
 		 472 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.573961 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1560  PUCC protein  28.98 
 
 		 450 aa  133  5e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.507042  hitchhiker  0.000951091 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1287  PUCC protein  27.42 
 
 		 432 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3539  PUCC protein  29.52 
 
 		 481 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0518  PUCC protein  29.62 
 
 		 449 aa  131  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0911  PUCC protein  28.6 
 
 		 449 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.592939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0979  PUCC protein  28.64 
 
 		 459 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0355  PUCC protein  29.61 
 
 		 488 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.446739 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0618  PUCC protein  30.6 
 
 		 480 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.328427  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1762  hypothetical protein  31.45 
 
 		 483 aa  127  6e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3131  PUCC protein  26.34 
 
 		 452 aa  126  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.400987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6412  photosynthetic complex (LH1) assembly protein LhaA  30.16 
 
 		 477 aa  126  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2807  PUCC protein  29.08 
 
 		 472 aa  125  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0028  PUCC protein  27.53 
 
 		 477 aa  123  7e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.30591  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1960  PUCC protein  28.08 
 
 		 459 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.77527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1707  PUCC protein  26.5 
 
 		 487 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0315  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  28.08 
 
 		 459 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1689  PUCC protein  26.5 
 
 		 487 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3785  PUCC protein  29.97 
 
 		 475 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0284698 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1632  PUCC protein  28.2 
 
 		 475 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.369944  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1583  PUCC protein  31.01 
 
 		 465 aa  118  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2398  PUCC protein  29.97 
 
 		 475 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.6432  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4446  PucC chlorophyll MFS exporter  29.4 
 
 		 473 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4031  PucC protein, chlorophyll MFS exporter  29.26 
 
 		 473 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.344544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1240  PUCC protein  29.7 
 
 		 484 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000359132  unclonable  0.0000000283623 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3787  PUCC protein  29.18 
 
 		 483 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1680  PUCC protein  28.86 
 
 		 478 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3083  chlorophyll major facilitator superfamily (MFS) exporter PucC  27.66 
 
 		 475 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0290  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  29.76 
 
 		 479 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1933  PUCC protein  29.76 
 
 		 479 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2898  pucC  26.86 
 
 		 467 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1735  PUCC protein  31.14 
 
 		 477 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0156  PUCC protein  30.14 
 
 		 478 aa  103  7e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3976  LhaA protein  30.66 
 
 		 477 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.197279 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1318  PUCC protein  29.76 
 
 		 477 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153345  normal  0.172961 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5356  PUCC protein  29.86 
 
 		 481 aa  100  6e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03411  Na+/melibiose symporter  25.27 
 
 		 472 aa  100  7e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3731  PUCC protein  29.97 
 
 		 477 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.532821  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4811  PUCC protein  29.51 
 
 		 481 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1005  PUCC protein  29.76 
 
 		 479 aa  96.7  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.516888 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3723  PUCC protein  30.43 
 
 		 476 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0690908 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2037  PUCC protein  28.17 
 
 		 476 aa  93.6  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1652  light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC-like  26.01 
 
 		 459 aa  87.4  5e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5278  PUCC protein  28.25 
 
 		 481 aa  87  7e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1843  PUCC protein  27.55 
 
 		 475 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.085296 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0707  hypothetical protein  27.59 
 
 		 463 aa  48.5  0.0002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0448  folate/biopterin transporter  27.55 
 
 		 483 aa  47  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6524  major facilitator transporter  24.02 
 
 		 420 aa  43.1  0.01  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.39358  normal  0.732434 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>