80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1668 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008639  Cpha266_1849  PUCC protein  91.01 
 
 
448 aa  792    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1461  PucC protein  71.59 
 
 
449 aa  652    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.833113  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0689  PucC protein  78.73 
 
 
448 aa  686    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.85813  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0990  PUCC protein  72.32 
 
 
452 aa  665    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1560  PUCC protein  73.54 
 
 
450 aa  676    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.507042  hitchhiker  0.000951091 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0911  PUCC protein  73.48 
 
 
449 aa  683    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.592939  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1668  PUCC protein  100 
 
 
448 aa  890    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3432  PUCC protein  30.22 
 
 
434 aa  202  9.999999999999999e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0654139 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1903  PUCC protein  32.72 
 
 
433 aa  196  6e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453505 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1022  PUCC protein  30.44 
 
 
434 aa  196  6e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1287  PUCC protein  31.44 
 
 
432 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1543  PUCC protein  32.66 
 
 
433 aa  181  2e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000848404 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1534  PUCC protein  28.57 
 
 
457 aa  173  6.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00123663  hitchhiker  0.002835 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3332  PUCC protein  29.74 
 
 
481 aa  168  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0614362 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0658  PUCC protein  29.85 
 
 
472 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.573961 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2893  PUCC protein  30.8 
 
 
474 aa  167  4e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00562586  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1912  PUCC protein  28.6 
 
 
457 aa  166  6.9999999999999995e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.199112  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0355  PUCC protein  26.19 
 
 
488 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.446739 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3165  PUCC protein  29.4 
 
 
474 aa  156  6e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360392  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03411  Na+/melibiose symporter  30.09 
 
 
472 aa  154  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1762  hypothetical protein  26.81 
 
 
483 aa  153  8e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0459  PUCC protein  28.29 
 
 
478 aa  150  3e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.222585  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0028  PUCC protein  27.17 
 
 
477 aa  146  6e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.30591  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3746  PUCC protein  28.85 
 
 
447 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00047851 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3131  PUCC protein  30.57 
 
 
452 aa  145  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.400987  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3991  light harvesting pigment MFS transporter Bch2  30.33 
 
 
447 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.772479  normal  0.25213 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1720  PUCC protein  28.57 
 
 
438 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1707  PUCC protein  25.79 
 
 
487 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1689  PUCC protein  25.79 
 
 
487 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1303  PUCC protein  28.98 
 
 
452 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2807  PUCC protein  30.41 
 
 
472 aa  143  5e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0628  PUCC protein  27.23 
 
 
449 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319243  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2898  pucC  29.59 
 
 
467 aa  141  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0518  PUCC protein  28.03 
 
 
449 aa  134  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5366  PUCC protein  27.4 
 
 
455 aa  124  5e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.238327  normal  0.20788 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6423  light harvesting pigment major facilitator family (MFS) transporter, Bch2-like protein  26.53 
 
 
444 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1601  PUCC protein  26.92 
 
 
447 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2062  PUCC protein  29.1 
 
 
455 aa  121  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.035842 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1853  PUCC protein  28.54 
 
 
512 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0108975 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0979  PUCC protein  27.17 
 
 
459 aa  117  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0618  PUCC protein  28.65 
 
 
480 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.328427  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3539  PUCC protein  27.42 
 
 
481 aa  114  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1017  PUCC protein  26.56 
 
 
427 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6412  photosynthetic complex (LH1) assembly protein LhaA  26.26 
 
 
477 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4821  PUCC protein  28.5 
 
 
459 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.052711 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1921  PUCC protein  27.88 
 
 
427 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.824161 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0278  putative light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC  28.05 
 
 
427 aa  111  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4446  PucC chlorophyll MFS exporter  28.54 
 
 
473 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4031  PucC protein, chlorophyll MFS exporter  28.29 
 
 
473 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.344544  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3083  chlorophyll major facilitator superfamily (MFS) exporter PucC  25.4 
 
 
475 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1318  PUCC protein  28.33 
 
 
477 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153345  normal  0.172961 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0315  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  27.88 
 
 
459 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1960  PUCC protein  27.88 
 
 
459 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.77527  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1583  PUCC protein  27.51 
 
 
465 aa  103  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652092  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1632  PUCC protein  27.03 
 
 
475 aa  102  9e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.369944  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5288  PUCC protein  27.55 
 
 
458 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212977  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3529  PUCC protein  25.12 
 
 
433 aa  102  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.513682 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3785  PUCC protein  27.79 
 
 
475 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0284698 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2398  PUCC protein  27.79 
 
 
475 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.6432  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3787  PUCC protein  26.59 
 
 
483 aa  100  8e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1652  light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC-like  22.53 
 
 
459 aa  99.4  1e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1680  PUCC protein  26.81 
 
 
478 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0290  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  27.14 
 
 
479 aa  97.1  6e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1933  PUCC protein  27.14 
 
 
479 aa  96.7  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0156  PUCC protein  25.27 
 
 
478 aa  94.4  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1735  PUCC protein  27.99 
 
 
477 aa  93.6  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3731  PUCC protein  29.75 
 
 
477 aa  92.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.532821  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3713  PUCC protein  26.44 
 
 
448 aa  92  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368833  hitchhiker  0.000507532 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1240  PUCC protein  26.79 
 
 
484 aa  89.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000359132  unclonable  0.0000000283623 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1005  PUCC protein  27.05 
 
 
479 aa  87.8  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.516888 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2037  PUCC protein  26.94 
 
 
476 aa  87.4  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4811  PUCC protein  28.78 
 
 
481 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3976  LhaA protein  28.52 
 
 
477 aa  87  6e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.197279 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5356  PUCC protein  28.49 
 
 
481 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3723  PUCC protein  27.99 
 
 
476 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0690908 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0166  PUCC protein  26.98 
 
 
417 aa  80.5  0.00000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5278  PUCC protein  28.49 
 
 
481 aa  76.6  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0707  hypothetical protein  24.88 
 
 
463 aa  75.9  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1843  PUCC protein  26.6 
 
 
475 aa  73.2  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.085296 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2885  major facilitator transporter  21.02 
 
 
432 aa  44.3  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00035649  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>