54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3109 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3109  cupin region  100 
 
 		 175 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0819  cupin 2, barrel  42.58 
 
 		 189 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.105884  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3961  cupin 2 domain-containing protein  40.4 
 
 		 174 aa  104  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3986  cupin 2 domain-containing protein  41.56 
 
 		 175 aa  103  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0531133  normal  0.0462942 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5593  cupin 2 domain-containing protein  40.91 
 
 		 175 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0614455 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4707  cupin 2 domain-containing protein  40.91 
 
 		 175 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324848  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3660  cupin 2, barrel  40.91 
 
 		 175 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276566  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1107  hypothetical protein  40.91 
 
 		 175 aa  102  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.049501  normal  0.353862 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4566  cupin 2 domain-containing protein  40.91 
 
 		 175 aa  101  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464338  hitchhiker  0.000237614 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4101  cupin 2 domain-containing protein  41.06 
 
 		 175 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.170919 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0138  cupin 2 protein  38.22 
 
 		 174 aa  99  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3171  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.66 
 
 		 182 aa  97.8  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.480255  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3572  cupin region  37.09 
 
 		 178 aa  96.7  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0140245  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4235  cupin 2 domain-containing protein  38.12 
 
 		 179 aa  95.1  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1499  hypothetical protein  39.22 
 
 		 175 aa  95.1  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3691  cupin 2, barrel  39.07 
 
 		 178 aa  95.1  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2496  hypothetical protein  38.56 
 
 		 175 aa  94  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0317  hypothetical protein  38.56 
 
 		 177 aa  94  9e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.453914  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1236  cupin domain-containing protein  38.56 
 
 		 175 aa  94  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1309  cupin domain-containing protein  38.56 
 
 		 175 aa  94  9e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3623  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7061  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.82 
 
 		 175 aa  94  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.985846 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4508  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.09 
 
 		 178 aa  93.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4640  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.09 
 
 		 178 aa  93.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.650295  normal  0.123647 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0974  hypothetical protein  38.56 
 
 		 175 aa  94  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0593  hypothetical protein  38.56 
 
 		 175 aa  94  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.133951  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1334  hypothetical protein  38.56 
 
 		 175 aa  94  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0177  cupin domain-containing protein  38.41 
 
 		 175 aa  92.8  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0949  cupin 2 domain-containing protein  37.75 
 
 		 176 aa  92.8  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4109  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.91 
 
 		 172 aa  89.4  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1620  cupin 2 domain-containing protein  34.04 
 
 		 176 aa  69.7  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.834926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2945  cupin 2 protein  29.58 
 
 		 177 aa  60.8  0.000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0664771  decreased coverage  0.00000748463 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5854  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 137 aa  49.7  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.154077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4993  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.95 
 
 		 137 aa  49.7  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.391501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4085  cupin 2 protein  30.4 
 
 		 324 aa  47.4  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.362082 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2810  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.08 
 
 		 191 aa  46.2  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.597474  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0947  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.05 
 
 		 154 aa  45.4  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.451642  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1181  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.02 
 
 		 192 aa  45.4  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.229288 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4297  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 144 aa  44.3  0.0008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0595  cupin 2 domain-containing protein  33.75 
 
 		 165 aa  44.3  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1112  cupin 2 protein  28.69 
 
 		 340 aa  43.5  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.792724  normal  0.152663 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3988  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.76 
 
 		 146 aa  43.1  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.507618  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4294  cupin 2 domain-containing protein  27.5 
 
 		 323 aa  43.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.689611 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2969  cupin 2  36.23 
 
 		 171 aa  43.1  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0837  cupin 2 domain-containing protein  30.34 
 
 		 125 aa  42.4  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168826 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0829  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.57 
 
 		 153 aa  42.4  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.55618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0604  cupin 2, barrel  32.5 
 
 		 165 aa  42.4  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.398371  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0617  cupin 2 domain-containing protein  32.5 
 
 		 165 aa  42.4  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.546436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3139  cupin domain protein  24 
 
 		 376 aa  42  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.557804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5435  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.76 
 
 		 149 aa  41.6  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.657648 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4108  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.61 
 
 		 165 aa  41.6  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0262  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.63 
 
 		 121 aa  41.2  0.007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.11735 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02445  3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase  34.67 
 
 		 179 aa  41.2  0.008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1041  cupin 2 domain-containing protein  35.06 
 
 		 311 aa  41.2  0.008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.421449  normal  0.0580221 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3737  cupin 2 domain-containing protein  42.31 
 
 		 135 aa  40.8  0.01  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.107824  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>