44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4508 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4640  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 178 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.650295  normal  0.123647 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4508  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 178 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3572  cupin region  85.39 
 
 		 178 aa  335  1.9999999999999998e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0140245  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3691  cupin 2, barrel  87.08 
 
 		 178 aa  335  2.9999999999999997e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0949  cupin 2 domain-containing protein  88.3 
 
 		 176 aa  327  4e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3171  Cupin 2 conserved barrel domain protein  81.32 
 
 		 182 aa  320  5e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.480255  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5593  cupin 2 domain-containing protein  76.79 
 
 		 175 aa  290  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0614455 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3660  cupin 2, barrel  76.79 
 
 		 175 aa  290  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276566  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4707  cupin 2 domain-containing protein  76.79 
 
 		 175 aa  290  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324848  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4566  cupin 2 domain-containing protein  76.79 
 
 		 175 aa  288  3e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464338  hitchhiker  0.000237614 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1107  hypothetical protein  76.19 
 
 		 175 aa  287  5.0000000000000004e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.049501  normal  0.353862 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4101  cupin 2 domain-containing protein  73.14 
 
 		 175 aa  287  7e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.170919 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3986  cupin 2 domain-containing protein  75.6 
 
 		 175 aa  286  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0531133  normal  0.0462942 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4235  cupin 2 domain-containing protein  76.19 
 
 		 179 aa  284  5e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1499  hypothetical protein  75 
 
 		 175 aa  283  7e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1309  cupin domain-containing protein  74.4 
 
 		 175 aa  281  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3623  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1236  cupin domain-containing protein  74.4 
 
 		 175 aa  281  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0317  hypothetical protein  74.4 
 
 		 177 aa  282  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.453914  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2496  hypothetical protein  74.4 
 
 		 175 aa  281  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0593  hypothetical protein  74.4 
 
 		 175 aa  281  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.133951  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0974  hypothetical protein  74.4 
 
 		 175 aa  281  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1334  hypothetical protein  74.4 
 
 		 175 aa  281  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0177  cupin domain-containing protein  73.81 
 
 		 175 aa  278  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7061  Cupin 2 conserved barrel domain protein  73.21 
 
 		 175 aa  276  8e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.985846 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0138  cupin 2 protein  68.26 
 
 		 174 aa  248  2e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3961  cupin 2 domain-containing protein  61.24 
 
 		 174 aa  235  3e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0819  cupin 2, barrel  66.26 
 
 		 189 aa  232  2.0000000000000002e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.105884  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4109  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.06 
 
 		 172 aa  139  1.9999999999999998e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3109  cupin region  37.09 
 
 		 175 aa  93.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2810  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30 
 
 		 191 aa  57  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.597474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1620  cupin 2 domain-containing protein  32.17 
 
 		 176 aa  51.2  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.834926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2945  cupin 2 protein  27.86 
 
 		 177 aa  49.7  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0664771  decreased coverage  0.00000748463 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1589  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.77 
 
 		 132 aa  47.4  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.908983 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1112  cupin 2 protein  26.8 
 
 		 340 aa  46.2  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.792724  normal  0.152663 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25.26 
 
 		 131 aa  44.7  0.0008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997303  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5793  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.36 
 
 		 141 aa  44.3  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0814644 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3387  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.63 
 
 		 157 aa  43.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.895408  normal  0.219685 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3115  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.63 
 
 		 157 aa  43.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.768633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4294  cupin 2 domain-containing protein  28.79 
 
 		 323 aa  43.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.689611 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4085  cupin 2 protein  29.82 
 
 		 324 aa  42.7  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.362082 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2141  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.77 
 
 		 159 aa  42.4  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4895  cupin 2 domain-containing protein  28.97 
 
 		 167 aa  41.6  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.664893 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5003  cupin 2 domain-containing protein  35.94 
 
 		 168 aa  41.2  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0018  acireductone dioxygenase, ARD  29.91 
 
 		 180 aa  41.2  0.008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>