39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4294 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4294  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 323 aa  665    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.689611 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4085  cupin 2 protein  76.36 
 
 		 324 aa  496  1e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.362082 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1112  cupin 2 protein  70.28 
 
 		 340 aa  480  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.792724  normal  0.152663 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02552  hypothetical protein  44.98 
 
 		 334 aa  259  5.0000000000000005e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5036  cupin 2 domain-containing protein  36.13 
 
 		 340 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.484902  normal  0.704388 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3139  cupin domain protein  39.77 
 
 		 376 aa  162  8.000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.557804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2945  cupin 2 protein  41.95 
 
 		 177 aa  129  8.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0664771  decreased coverage  0.00000748463 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1620  cupin 2 domain-containing protein  37.28 
 
 		 176 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.834926  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2810  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.24 
 
 		 191 aa  68.9  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.597474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0138  cupin 2 protein  31.34 
 
 		 174 aa  62.4  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0819  cupin 2, barrel  31.48 
 
 		 189 aa  59.7  0.00000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.105884  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3961  cupin 2 domain-containing protein  32.5 
 
 		 174 aa  49.7  0.00006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1107  hypothetical protein  27.41 
 
 		 175 aa  47.8  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.049501  normal  0.353862 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3572  cupin region  25 
 
 		 178 aa  47.4  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0140245  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4235  cupin 2 domain-containing protein  32.1 
 
 		 179 aa  46.6  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1334  hypothetical protein  32.5 
 
 		 175 aa  46.2  0.0007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0317  hypothetical protein  32.1 
 
 		 177 aa  46.2  0.0007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.453914  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0593  hypothetical protein  32.5 
 
 		 175 aa  46.2  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.133951  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1309  cupin domain-containing protein  32.5 
 
 		 175 aa  46.2  0.0007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3623  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1236  cupin domain-containing protein  32.5 
 
 		 175 aa  46.2  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0974  hypothetical protein  32.5 
 
 		 175 aa  46.2  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2496  hypothetical protein  32.5 
 
 		 175 aa  46.2  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4101  cupin 2 domain-containing protein  26.47 
 
 		 175 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.170919 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4566  cupin 2 domain-containing protein  26.47 
 
 		 175 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464338  hitchhiker  0.000237614 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3986  cupin 2 domain-containing protein  26.67 
 
 		 175 aa  45.4  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0531133  normal  0.0462942 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2781  cupin 2, barrel  24.51 
 
 		 338 aa  45.4  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.402218  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1499  hypothetical protein  31.25 
 
 		 175 aa  45.1  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0949  cupin 2 domain-containing protein  26.09 
 
 		 176 aa  45.1  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0177  cupin domain-containing protein  30.86 
 
 		 175 aa  45.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5593  cupin 2 domain-containing protein  35.09 
 
 		 175 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0614455 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4707  cupin 2 domain-containing protein  35.09 
 
 		 175 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324848  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3660  cupin 2, barrel  35.09 
 
 		 175 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276566  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7061  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.63 
 
 		 175 aa  44.3  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.985846 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0829  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.32 
 
 		 153 aa  43.5  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.55618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0947  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.43 
 
 		 154 aa  43.5  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.451642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3109  cupin region  27.5 
 
 		 175 aa  43.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4508  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.79 
 
 		 178 aa  43.1  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4640  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.79 
 
 		 178 aa  43.1  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.650295  normal  0.123647 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3691  cupin 2, barrel  29.82 
 
 		 178 aa  42.7  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224723  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>