217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1856 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1856  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  100 
 
 
338 aa  664    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.287805  hitchhiker  0.00236278 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4108  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  79.34 
 
 
338 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1350  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  71.01 
 
 
340 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.271516  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2555  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  63.77 
 
 
337 aa  426  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.314091  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3177  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  64.97 
 
 
335 aa  408  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.170039  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4704  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  64.2 
 
 
343 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.321555  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1692  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  59.64 
 
 
345 aa  381  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3195  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  53.61 
 
 
327 aa  322  7e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0542977  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2969  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  52.48 
 
 
327 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174646  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7565  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  55.85 
 
 
337 aa  299  5e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3151  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  51.81 
 
 
327 aa  288  9e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.669426  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1481  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  49.07 
 
 
343 aa  269  5e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0888  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  52.48 
 
 
326 aa  267  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0160282 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6829  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  53.63 
 
 
332 aa  263  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0897  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  43.45 
 
 
345 aa  246  4.9999999999999997e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2642  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  47.16 
 
 
333 aa  243  3e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.809366  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0439  lipid-A-disaccharide synthase  44.34 
 
 
343 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.422513  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0196  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.99 
 
 
341 aa  240  2.9999999999999997e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0216  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.99 
 
 
341 aa  239  4e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.716971  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0534  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.59 
 
 
347 aa  238  8e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506816  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0490  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.81 
 
 
357 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.11639  normal  0.0170416 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2094  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  48.47 
 
 
329 aa  235  8e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.234939  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3047  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.31 
 
 
341 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1203  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.7 
 
 
339 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.603805  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0582  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  45.97 
 
 
331 aa  232  9e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.576283  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0426  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.56 
 
 
346 aa  229  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.44272  normal  0.951399 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0624  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.8 
 
 
342 aa  224  2e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0399  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.44 
 
 
328 aa  222  8e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0031  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  45.71 
 
 
337 aa  219  6e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249261 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1462  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  46.67 
 
 
332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.75413  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0113  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  46.67 
 
 
332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.182493 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4542  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.57 
 
 
335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.187603 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0060  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  46.8 
 
 
332 aa  193  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.27983 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0632  lipid-A-disaccharide synthase  40.92 
 
 
341 aa  191  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.11111 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0650  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  43.69 
 
 
315 aa  183  5.0000000000000004e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3121  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  43.42 
 
 
327 aa  181  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1669  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.26 
 
 
339 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1706  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.92 
 
 
339 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.944594  normal  0.56744 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2801  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.58 
 
 
335 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1284  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.66 
 
 
771 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.155348  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2673  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.13 
 
 
335 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.112968  normal  0.034202 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1684  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.58 
 
 
339 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2198  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.37 
 
 
331 aa  153  5e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1468  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  34.46 
 
 
336 aa  151  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1434  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.42 
 
 
331 aa  151  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.463776  normal  0.49685 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1558  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.24 
 
 
337 aa  151  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.88408  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1740  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.46 
 
 
353 aa  150  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1770  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.29 
 
 
333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2825  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.43 
 
 
337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0571094 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003986  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  34.83 
 
 
335 aa  146  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1771  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.68 
 
 
330 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2347  lipid-A-disaccharide synthase  39.42 
 
 
355 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2583  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.45 
 
 
335 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.154264 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2421  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.58 
 
 
335 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2491  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.45 
 
 
335 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.405986  normal  0.205359 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0463  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.36 
 
 
350 aa  145  1e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1013  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.93 
 
 
328 aa  144  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00336563  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1076  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.93 
 
 
328 aa  144  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0122696  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1820  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  34.68 
 
 
341 aa  143  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.118843  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1639  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  34.43 
 
 
338 aa  143  4e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0633  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.37 
 
 
336 aa  143  5e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.368441  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0535  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.21 
 
 
372 aa  142  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000711701  hitchhiker  0.0000117935 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00919  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.59 
 
 
328 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.226306  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2728  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.59 
 
 
328 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2681  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.59 
 
 
328 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.429333 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00926  hypothetical protein  35.59 
 
 
328 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.241519  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1022  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.59 
 
 
328 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0136979  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1655  tetraacyldisaccharide-1-P 4'-kinase  35.11 
 
 
355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.703326  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2205  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.59 
 
 
328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0766314  normal  0.274166 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1083  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.27 
 
 
325 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.252002  normal  0.125044 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1338  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  34.1 
 
 
349 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.82976 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1018  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.27 
 
 
325 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.799043 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2401  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.51 
 
 
349 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.297195  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1050  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.27 
 
 
325 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.212598 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0991  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.27 
 
 
325 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1245  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.47 
 
 
327 aa  140  3e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3208  lipid-A-disaccharide synthase  38.1 
 
 
333 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000403525  normal  0.19888 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1261  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  34.65 
 
 
357 aa  139  4.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2042  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.47 
 
 
333 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2387  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.19 
 
 
335 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.624248  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2409  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.25 
 
 
328 aa  139  4.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.47014  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01536  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  32.47 
 
 
335 aa  139  6e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2576  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.92 
 
 
328 aa  139  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1960  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.92 
 
 
328 aa  139  6e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.512774 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2664  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.92 
 
 
328 aa  139  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0594  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.23 
 
 
341 aa  139  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0823349 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1373  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.5 
 
 
331 aa  139  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.324921  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1099  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.93 
 
 
325 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0593  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.42 
 
 
366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000558732  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2126  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.43 
 
 
343 aa  136  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0289041  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25510  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.74 
 
 
332 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.30645  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0734  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  32.31 
 
 
335 aa  135  9e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2089  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  34.87 
 
 
335 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000632162  normal  0.521337 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1587  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.84 
 
 
330 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1399  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.14 
 
 
339 aa  135  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1394  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  33.98 
 
 
375 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000899686 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3228  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.41 
 
 
360 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2949  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.33 
 
 
338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2555  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.36 
 
 
348 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193449 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1433  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  32.42 
 
 
792 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>