217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4704 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4704  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  100 
 
 
343 aa  666    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.321555  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2555  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  67.07 
 
 
337 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.314091  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3177  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  67.66 
 
 
335 aa  412  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.170039  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1856  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  64.2 
 
 
338 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.287805  hitchhiker  0.00236278 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1350  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  65.87 
 
 
340 aa  401  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.271516  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1692  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  62.94 
 
 
345 aa  391  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4108  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  64.69 
 
 
338 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7565  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  54.55 
 
 
337 aa  300  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2969  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  52.76 
 
 
327 aa  300  2e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174646  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3195  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  52.92 
 
 
327 aa  300  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0542977  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3151  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  53.29 
 
 
327 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.669426  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1481  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  48.84 
 
 
343 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0888  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  55.56 
 
 
326 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0160282 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6829  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  54.86 
 
 
332 aa  250  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0196  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.18 
 
 
341 aa  246  4e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0216  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.18 
 
 
341 aa  246  6e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.716971  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0582  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  46.84 
 
 
331 aa  238  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.576283  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0490  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.4 
 
 
357 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.11639  normal  0.0170416 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0534  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  45.39 
 
 
347 aa  236  6e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506816  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2094  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  46.77 
 
 
329 aa  235  9e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.234939  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0399  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  43.92 
 
 
328 aa  233  3e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0439  lipid-A-disaccharide synthase  43.37 
 
 
343 aa  233  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.422513  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2642  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  48.16 
 
 
333 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.809366  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0897  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.41 
 
 
345 aa  233  5e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3047  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.09 
 
 
341 aa  227  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0426  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.77 
 
 
346 aa  226  6e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.44272  normal  0.951399 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0624  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  47.27 
 
 
342 aa  223  4e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1203  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.05 
 
 
339 aa  223  4e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.603805  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1462  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  47.21 
 
 
332 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.75413  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0113  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  46.92 
 
 
332 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.182493 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0031  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  48.18 
 
 
337 aa  206  5e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249261 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0060  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  45.85 
 
 
332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.27983 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4542  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.79 
 
 
335 aa  197  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.187603 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3121  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  46.38 
 
 
327 aa  192  8e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0632  lipid-A-disaccharide synthase  41.23 
 
 
341 aa  189  8e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.11111 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0650  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  45.09 
 
 
315 aa  186  6e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2801  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.38 
 
 
335 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1706  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.58 
 
 
339 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.944594  normal  0.56744 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1669  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.58 
 
 
339 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2673  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.58 
 
 
335 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.112968  normal  0.034202 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1684  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.58 
 
 
339 aa  159  9e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2583  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.89 
 
 
335 aa  155  8e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.154264 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3208  lipid-A-disaccharide synthase  40.58 
 
 
333 aa  155  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000403525  normal  0.19888 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2421  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.04 
 
 
335 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1771  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.62 
 
 
330 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2198  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.42 
 
 
331 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2491  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.04 
 
 
335 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.405986  normal  0.205359 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2825  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40 
 
 
337 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0571094 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1558  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.39 
 
 
337 aa  153  5e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.88408  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1655  tetraacyldisaccharide-1-P 4'-kinase  36.31 
 
 
355 aa  152  8.999999999999999e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.703326  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1820  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  34.69 
 
 
341 aa  151  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.118843  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1284  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.39 
 
 
771 aa  151  2e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.155348  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1338  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.58 
 
 
349 aa  150  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.82976 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1770  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.5 
 
 
333 aa  149  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1434  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.92 
 
 
331 aa  148  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.463776  normal  0.49685 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3228  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.36 
 
 
360 aa  147  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2387  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  34.04 
 
 
335 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.624248  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2042  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.79 
 
 
333 aa  146  5e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1245  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.29 
 
 
327 aa  146  5e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2347  lipid-A-disaccharide synthase  40.89 
 
 
355 aa  144  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2555  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.85 
 
 
348 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193449 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0535  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.75 
 
 
372 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000711701  hitchhiker  0.0000117935 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1092  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  34.17 
 
 
325 aa  141  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.395722  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1468  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  34.22 
 
 
336 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2207  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.07 
 
 
331 aa  140  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003986  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  31.31 
 
 
335 aa  140  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1740  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.8 
 
 
353 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0923  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  33.86 
 
 
325 aa  140  3e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.657361  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1639  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.79 
 
 
338 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0633  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.7 
 
 
336 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.368441  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0169  tetraacyldisaccharide-1-P 4'-kinase  31.94 
 
 
371 aa  139  8.999999999999999e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1587  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.95 
 
 
330 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1727  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.93 
 
 
340 aa  138  1e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.159463  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0645  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  32.06 
 
 
355 aa  137  2e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000349199  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01536  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  31.74 
 
 
335 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0526  lipid-A-disaccharide synthase  32.71 
 
 
355 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1373  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.9 
 
 
331 aa  136  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.324921  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0593  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.38 
 
 
366 aa  136  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000558732  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0463  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.19 
 
 
350 aa  135  9e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2485  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.53 
 
 
358 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.151241  normal  0.716859 
 
 
-
 
NC_002620  TC0682  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  33.89 
 
 
369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.00304258  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2308  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.2 
 
 
337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.949257  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1713  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.54 
 
 
326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2949  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.13 
 
 
338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0734  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  30.56 
 
 
335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2089  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.26 
 
 
335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000632162  normal  0.521337 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1076  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.43 
 
 
328 aa  133  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0122696  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1013  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.43 
 
 
328 aa  133  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00336563  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0594  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.35 
 
 
341 aa  133  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0823349 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2401  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.63 
 
 
349 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.297195  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2681  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.43 
 
 
328 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.429333 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1022  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.43 
 
 
328 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0136979  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00919  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.43 
 
 
328 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.226306  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2728  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.43 
 
 
328 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00926  hypothetical protein  35.43 
 
 
328 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.241519  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1508  lipid-A-disaccharide synthase  38.19 
 
 
329 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.1102  normal  0.298775 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1394  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  33.44 
 
 
375 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000899686 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2664  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.7 
 
 
328 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2576  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.7 
 
 
328 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0656  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  33.01 
 
 
331 aa  130  3e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.137335  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>