217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1508 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1508  lipid-A-disaccharide synthase  100 
 
 
329 aa  644    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.1102  normal  0.298775 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2089  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  45.12 
 
 
335 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000632162  normal  0.521337 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2676  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  43.4 
 
 
338 aa  238  1e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.270569  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2042  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.65 
 
 
333 aa  233  5e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1770  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.65 
 
 
333 aa  231  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1558  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.86 
 
 
337 aa  229  4e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.88408  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4175  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.38 
 
 
336 aa  229  6e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0829517  normal  0.555265 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2207  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.58 
 
 
331 aa  229  6e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1684  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  45.1 
 
 
339 aa  229  6e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1373  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.34 
 
 
331 aa  228  7e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.324921  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2673  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.84 
 
 
335 aa  228  8e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.112968  normal  0.034202 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2421  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.73 
 
 
335 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2491  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.73 
 
 
335 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.405986  normal  0.205359 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1669  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.84 
 
 
339 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1706  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.54 
 
 
339 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.944594  normal  0.56744 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3215  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  45.45 
 
 
335 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.820352  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1434  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.88 
 
 
331 aa  224  1e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.463776  normal  0.49685 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1587  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.73 
 
 
330 aa  224  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25510  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.55 
 
 
332 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.30645  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00919  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.46 
 
 
328 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.226306  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2728  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.46 
 
 
328 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2180  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.6 
 
 
332 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00926  hypothetical protein  42.46 
 
 
328 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.241519  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1076  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.46 
 
 
328 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0122696  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2198  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.61 
 
 
331 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2681  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.46 
 
 
328 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.429333 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2583  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.12 
 
 
335 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.154264 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1013  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.46 
 
 
328 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00336563  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1022  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.46 
 
 
328 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0136979  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2801  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.12 
 
 
335 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1018  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  45.11 
 
 
325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.799043 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2409  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.15 
 
 
328 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.47014  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1083  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  45.11 
 
 
325 aa  219  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.252002  normal  0.125044 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0901  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.23 
 
 
320 aa  219  6e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0453092  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1050  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  45.11 
 
 
325 aa  218  7.999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.212598 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0991  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  45.11 
 
 
325 aa  218  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2205  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.15 
 
 
328 aa  218  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0766314  normal  0.274166 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1099  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.48 
 
 
325 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1771  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.99 
 
 
330 aa  216  4e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0633  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  45.64 
 
 
336 aa  216  5e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.368441  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2401  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.07 
 
 
349 aa  215  9e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.297195  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2387  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.18 
 
 
335 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.624248  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1781  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.8 
 
 
305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.168745  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0593  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.05 
 
 
366 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000558732  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1511  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.49 
 
 
336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2308  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.66 
 
 
337 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.949257  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0923  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.58 
 
 
325 aa  212  4.9999999999999996e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.657361  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3814  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.9 
 
 
333 aa  212  9e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0872881  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1092  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.27 
 
 
325 aa  211  1e-53  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.395722  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1639  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.37 
 
 
338 aa  211  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1614  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.28 
 
 
333 aa  210  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.188244 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3208  lipid-A-disaccharide synthase  44.21 
 
 
333 aa  210  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000403525  normal  0.19888 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1820  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  43.87 
 
 
341 aa  209  4e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.118843  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1468  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.38 
 
 
336 aa  209  4e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1635  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.99 
 
 
331 aa  209  5e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0159123  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1713  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.44 
 
 
326 aa  209  6e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1476  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.24 
 
 
333 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114547  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1900  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.98 
 
 
334 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000723906 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3570  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.55 
 
 
338 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  hitchhiker  0.00823889 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0538  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  48.24 
 
 
338 aa  207  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.483609  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2949  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.16 
 
 
338 aa  206  3e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3845  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.34 
 
 
331 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0535  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.63 
 
 
372 aa  206  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000711701  hitchhiker  0.0000117935 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0656  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.34 
 
 
331 aa  202  6e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.137335  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003986  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.32 
 
 
335 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2825  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.39 
 
 
337 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0571094 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1740  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.11 
 
 
353 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1781  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.62 
 
 
323 aa  200  3e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2555  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  43.79 
 
 
348 aa  200  3.9999999999999996e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193449 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2152  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.91 
 
 
345 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.101356  normal  0.391691 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1245  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.48 
 
 
327 aa  199  5e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1434  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  43.94 
 
 
325 aa  199  6e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.436451  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2305  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.07 
 
 
338 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0958647  normal  0.15261 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0569  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  49.21 
 
 
376 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00131505  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1046  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  49.21 
 
 
376 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000972392  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0927  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  49.21 
 
 
376 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0370825  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0930  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  49.21 
 
 
376 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.918202  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2151  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  49.21 
 
 
376 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.183774  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1554  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  43.77 
 
 
338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.385209  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0742  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  48.89 
 
 
346 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2576  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.76 
 
 
328 aa  197  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1960  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.76 
 
 
328 aa  197  3e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.512774 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1338  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.11 
 
 
349 aa  197  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.82976 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2664  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.76 
 
 
328 aa  197  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1399  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  43.94 
 
 
339 aa  196  4.0000000000000005e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1782  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.69 
 
 
323 aa  196  5.000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1083  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  48.89 
 
 
416 aa  196  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0140838  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2641  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  45.78 
 
 
346 aa  195  9e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.324237  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0354  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.68 
 
 
339 aa  194  2e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.82798  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2059  lipid-A-disaccharide synthase  40.63 
 
 
361 aa  194  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.46452 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2569  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  48.43 
 
 
342 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.367774  normal  0.336927 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01536  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.19 
 
 
335 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2807  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.38 
 
 
349 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0758869  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1933  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  49.06 
 
 
342 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.313008  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2545  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  49.06 
 
 
342 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0393556  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2485  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.69 
 
 
358 aa  192  7e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.151241  normal  0.716859 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14760  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.62 
 
 
333 aa  192  9e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3196  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  48.4 
 
 
338 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.161376 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1923  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  45.32 
 
 
343 aa  191  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.29623  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0390  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.36 
 
 
339 aa  191  2e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>