217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2642 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2642  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  100 
 
 
333 aa  665    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.809366  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2094  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  64.83 
 
 
329 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.234939  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0113  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  69.47 
 
 
332 aa  371  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.182493 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1462  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  68.29 
 
 
332 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.75413  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0399  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  60.32 
 
 
328 aa  370  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0031  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  61.03 
 
 
337 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249261 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0060  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  68.57 
 
 
332 aa  349  5e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.27983 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0582  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  49.18 
 
 
331 aa  259  4e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.576283  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0624  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  48.52 
 
 
342 aa  251  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2969  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  47.89 
 
 
327 aa  246  3e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174646  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2555  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  49.16 
 
 
337 aa  245  6.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.314091  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3195  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  47.75 
 
 
327 aa  245  9e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0542977  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3177  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  47.99 
 
 
335 aa  243  3e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.170039  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1856  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  47.16 
 
 
338 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.287805  hitchhiker  0.00236278 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1350  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  48.83 
 
 
340 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.271516  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4108  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  48.49 
 
 
338 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7565  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  49.22 
 
 
337 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0632  lipid-A-disaccharide synthase  43.98 
 
 
341 aa  233  3e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.11111 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1692  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  48.33 
 
 
345 aa  230  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3151  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  46.84 
 
 
327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.669426  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4542  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.86 
 
 
335 aa  218  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.187603 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6829  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  50 
 
 
332 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0888  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.91 
 
 
326 aa  211  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0160282 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3047  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.31 
 
 
341 aa  210  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0439  lipid-A-disaccharide synthase  41.45 
 
 
343 aa  209  7e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.422513  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4704  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  48.16 
 
 
343 aa  209  8e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.321555  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0897  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  42.24 
 
 
345 aa  206  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0196  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.46 
 
 
341 aa  204  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0216  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.46 
 
 
341 aa  204  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.716971  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0534  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.2 
 
 
347 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506816  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3121  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  46.62 
 
 
327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1481  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  44.33 
 
 
343 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0490  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.63 
 
 
357 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.11639  normal  0.0170416 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0650  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  45.34 
 
 
315 aa  191  1e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1203  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.42 
 
 
339 aa  188  9e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.603805  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0426  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.24 
 
 
346 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.44272  normal  0.951399 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2207  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.75 
 
 
331 aa  176  6e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1770  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.69 
 
 
333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1434  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.21 
 
 
331 aa  168  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.463776  normal  0.49685 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1468  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.04 
 
 
336 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2042  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.75 
 
 
333 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1018  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.49 
 
 
325 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.799043 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1050  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.49 
 
 
325 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.212598 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1099  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.49 
 
 
325 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1083  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.18 
 
 
325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.252002  normal  0.125044 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1076  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.08 
 
 
328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0122696  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2308  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.39 
 
 
337 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.949257  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0991  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.18 
 
 
325 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2681  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.77 
 
 
328 aa  162  7e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.429333 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2205  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.08 
 
 
328 aa  162  7e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0766314  normal  0.274166 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1022  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.77 
 
 
328 aa  162  7e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0136979  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1013  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.77 
 
 
328 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00336563  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00919  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.34 
 
 
328 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.226306  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2728  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.34 
 
 
328 aa  161  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00926  hypothetical protein  40.34 
 
 
328 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.241519  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2409  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.46 
 
 
328 aa  160  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.47014  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1245  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.2 
 
 
327 aa  160  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2576  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.28 
 
 
328 aa  159  9e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1960  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.28 
 
 
328 aa  159  9e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.512774 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2664  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.28 
 
 
328 aa  159  9e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01536  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  35.43 
 
 
335 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1684  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.77 
 
 
339 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2673  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.46 
 
 
335 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.112968  normal  0.034202 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1669  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.08 
 
 
339 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1399  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.08 
 
 
339 aa  154  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1706  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.46 
 
 
339 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.944594  normal  0.56744 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1820  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.52 
 
 
341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.118843  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2801  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.27 
 
 
335 aa  152  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2583  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.89 
 
 
335 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.154264 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0734  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  34.97 
 
 
335 aa  152  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2198  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.45 
 
 
331 aa  150  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2421  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.19 
 
 
335 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2491  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.19 
 
 
335 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.405986  normal  0.205359 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1727  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.8 
 
 
340 aa  149  5e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.159463  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003986  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  34.71 
 
 
335 aa  149  6e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0535  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.03 
 
 
372 aa  149  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000711701  hitchhiker  0.0000117935 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0656  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  33 
 
 
331 aa  149  7e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.137335  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1713  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.6 
 
 
326 aa  149  7e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1587  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.21 
 
 
330 aa  149  8e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1434  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.64 
 
 
325 aa  149  9e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.436451  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1771  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.31 
 
 
330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3814  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.36 
 
 
333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0872881  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0593  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.34 
 
 
366 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000558732  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2387  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.43 
 
 
335 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.624248  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1900  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.68 
 
 
334 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000723906 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3845  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.24 
 
 
331 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2825  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.61 
 
 
337 aa  146  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0571094 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1476  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  40.55 
 
 
333 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114547  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3228  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.91 
 
 
360 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0633  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.53 
 
 
336 aa  144  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.368441  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1511  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  41.24 
 
 
336 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2401  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.99 
 
 
349 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.297195  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0901  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  33.01 
 
 
320 aa  143  5e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0453092  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2347  lipid-A-disaccharide synthase  40 
 
 
355 aa  142  8e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0771  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.12 
 
 
360 aa  142  9e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3028  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  37.79 
 
 
361 aa  142  9e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1635  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  39.86 
 
 
331 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0159123  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1261  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  36.28 
 
 
357 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1284  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  38.64 
 
 
771 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.155348  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1092  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  34.85 
 
 
325 aa  140  3e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.395722  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>