More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2445 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2445  putrescine transporter  100 
 
 		 446 aa  884    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273787  normal  0.196088 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2989  putrescine transporter  71.1 
 
 		 443 aa  640    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00443871  normal  0.0573626 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3254  putrescine transporter  72.25 
 
 		 442 aa  642    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6446  amino acid permease-associated region  63.51 
 
 		 750 aa  568  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.396159 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5194  putrescine transporter  64.12 
 
 		 452 aa  563  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.330864 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0821  putrescine transporter  53.83 
 
 		 439 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.438039  normal  0.147845 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0747  putrescine transporter  53.83 
 
 		 439 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110662  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0760  putrescine transporter  53.83 
 
 		 439 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.428261  normal  0.419082 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0808  putrescine transporter  53.83 
 
 		 439 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0857  putrescine transporter  53.83 
 
 		 439 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00648  putrescine/proton symporter: putrescine/ornithine antiporter  54.06 
 
 		 439 aa  457  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.173719  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2945  arginine/ornithine antiporter  54.06 
 
 		 439 aa  457  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0717  putrescine transporter  53.83 
 
 		 439 aa  457  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000193165  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0784  putrescine transporter  54.06 
 
 		 439 aa  456  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0285849  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00640  hypothetical protein  54.06 
 
 		 439 aa  457  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.167643  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2964  putrescine transporter  54.06 
 
 		 439 aa  457  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.018093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0714  putrescine transporter  53.13 
 
 		 439 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0136028  normal  0.578449 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1204  putrescine transporter  53.01 
 
 		 437 aa  452  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.658764  decreased coverage  0.0000377329 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4054  putrescine transporter  50.45 
 
 		 439 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4085  putrescine transporter  50.45 
 
 		 439 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3680  putrescine transporter  50.58 
 
 		 439 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1574  putrescine transporter  52.67 
 
 		 436 aa  448  1.0000000000000001e-124  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3668  putrescine transporter  50.81 
 
 		 439 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0277  putrescine transporter  51.04 
 
 		 439 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3872  putrescine transporter  51.04 
 
 		 439 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0414158 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4172  putrescine transporter  50.23 
 
 		 439 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3976  putrescine transporter  50.23 
 
 		 439 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0313  putrescine transporter  50.58 
 
 		 439 aa  444  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0508  putrescine transporter  53.69 
 
 		 440 aa  442  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0180  putrescine transporter  51.47 
 
 		 439 aa  444  1e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3335  putrescine transporter  51.92 
 
 		 438 aa  444  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1067  putrescine transporter  49.54 
 
 		 439 aa  432  1e-120  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001093  putrescine/proton symporter putrescine/ornithine antiporter PotE  48.72 
 
 		 436 aa  419  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3513  putrescine transporter  51.27 
 
 		 461 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015578 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04834  putrescine transporter  48.96 
 
 		 436 aa  419  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4355  putrescine transporter  51.28 
 
 		 461 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.879219  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4011  putrescine transporter  51.28 
 
 		 461 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4344  arginine:agmatin antiporter  35.47 
 
 		 508 aa  257  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.620829  hitchhiker  0.000578907 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4860  arginine:agmatin antiporter  35.48 
 
 		 508 aa  256  6e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.086172  hitchhiker  0.00303215 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0780  arginine:agmatin antiporter  35.24 
 
 		 510 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.12332  normal  0.0754473 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3702  arginine:agmatin antiporter  34.99 
 
 		 509 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.391119 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2782  arginine:agmatin antiporter  34.72 
 
 		 444 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2861  arginine:agmatin antiporter  34.72 
 
 		 444 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0608832  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1326  arginine:agmatin antiporter  34.72 
 
 		 444 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.501085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4640  arginine:agmatin antiporter  34.88 
 
 		 445 aa  249  7e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4640  arginine:agmatin antiporter  34.88 
 
 		 445 aa  249  7e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4556  arginine:agmatin antiporter  34.88 
 
 		 445 aa  249  7e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4689  arginine:agmatin antiporter  34.88 
 
 		 445 aa  249  7e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03986  arginine:agmatin  35.37 
 
 		 445 aa  247  2e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3877  amino acid permease-associated region  35.37 
 
 		 445 aa  247  2e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5628  arginine:agmatin antiporter  35.37 
 
 		 445 aa  247  2e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03947  hypothetical protein  35.37 
 
 		 445 aa  247  2e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3912  arginine:agmatin antiporter  35.37 
 
 		 445 aa  247  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.27107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4580  arginine:agmatin antiporter  35.37 
 
 		 445 aa  247  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.721219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4669  arginine:agmatin antiporter  35.37 
 
 		 445 aa  247  2e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4355  arginine:agmatin antiporter  35.37 
 
 		 445 aa  247  3e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.705479  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4549  arginine:agmatin antiporter  34.63 
 
 		 445 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4612  arginine:agmatin antiporter  35.12 
 
 		 445 aa  244  3e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2394  arginine:agmatin antiporter  35.75 
 
 		 450 aa  230  4e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.66662  normal  0.401461 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41010  putative amino acid permease  33.33 
 
 		 451 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3476  putative amino acid permease  33.56 
 
 		 451 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002188  lysine/cadaverine antiporter membrane protein CadB  33.65 
 
 		 447 aa  211  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000189693  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00206  lysine/cadaverine antiporter  33.18 
 
 		 448 aa  210  4e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2717  lysine/cadaverine antiporter  35.2 
 
 		 443 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2821  lysine/cadaverine antiporter  35.2 
 
 		 443 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2800  lysine/cadaverine antiporter  35.2 
 
 		 443 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.1623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2759  lysine/cadaverine antiporter  35.2 
 
 		 443 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.420004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2934  lysine/cadaverine antiporter  35.2 
 
 		 443 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.252343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2492  lysine/cadaverine antiporter  33.78 
 
 		 444 aa  203  5e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3768  lysine/cadaverine antiporter  33.67 
 
 		 449 aa  201  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000519797  normal  0.028767 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1006  lysine/cadaverine antiporter  30.8 
 
 		 438 aa  200  3.9999999999999996e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000705878  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2657  lysine/cadaverine antiporter  30.99 
 
 		 445 aa  199  7.999999999999999e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04003  predicted lysine/cadaverine transporter  34.84 
 
 		 444 aa  196  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4601  lysine/cadaverine antiporter  34.84 
 
 		 444 aa  196  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000619747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4373  lysine/cadaverine antiporter  34.84 
 
 		 444 aa  196  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0915774  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5648  lysine/cadaverine antiporter  34.84 
 
 		 444 aa  196  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.742778  normal  0.745814 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3895  lysine/cadaverine antiporter  34.84 
 
 		 444 aa  196  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4687  lysine/cadaverine antiporter  34.84 
 
 		 444 aa  196  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03965  hypothetical protein  34.84 
 
 		 444 aa  196  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1307  amino acid permease-associated region  27.71 
 
 		 445 aa  176  5e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.678061 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5198  amino acid permease-associated region  29.23 
 
 		 441 aa  171  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.043341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4244  amino acid permease-associated region  30.02 
 
 		 453 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.399011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2801  amino acid permease  28.54 
 
 		 476 aa  158  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.764757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0079  putative amino acid permease  26.9 
 
 		 440 aa  153  5.9999999999999996e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0536  amino acid permease-associated region  30.24 
 
 		 435 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.555012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3167  amino acid permease-associated region  29.6 
 
 		 436 aa  145  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0957  amino acid permease family protein  27.03 
 
 		 411 aa  143  7e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.253131  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2206  amino acid permease-associated region  27.59 
 
 		 452 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.218547  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2346  amino acid permease-associated region  27.71 
 
 		 447 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3940  amino acid permease-associated region  29.23 
 
 		 460 aa  131  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447116 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1674  phospholipid binding protein  28.11 
 
 		 438 aa  123  8e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.054806  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1754  amino acid permease-associated region  27.57 
 
 		 474 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0445  amino acid permease  27.13 
 
 		 426 aa  112  1.0000000000000001e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000397922  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0683  amino acid permease-associated region  24.27 
 
 		 471 aa  108  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2166  arginine/ornithine antiporter  26.22 
 
 		 475 aa  107  5e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2315  arginine/ornithine antiporter  26.5 
 
 		 460 aa  107  5e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.222235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2025  arginine/ornithine antiporter  26.5 
 
 		 460 aa  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1791  arginine/ornithine antiporter  26.5 
 
 		 460 aa  106  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0468427  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1680  putative arginine/ornithine antiporter  26.5 
 
 		 460 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.982096  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1813  putative arginine/ornithine antiporter  26.5 
 
 		 460 aa  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00102354  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>