More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1307 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1307  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 445 aa  891    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.678061 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41010  putative amino acid permease  41.71 
 
 		 451 aa  332  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3476  putative amino acid permease  41.24 
 
 		 451 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4244  amino acid permease-associated region  42.23 
 
 		 453 aa  315  9e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.399011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5198  amino acid permease-associated region  37.84 
 
 		 441 aa  298  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.043341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2801  amino acid permease  36.95 
 
 		 476 aa  293  3e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.764757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3940  amino acid permease-associated region  38.05 
 
 		 460 aa  275  9e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447116 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0536  amino acid permease-associated region  36.36 
 
 		 435 aa  267  2.9999999999999995e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.555012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2206  amino acid permease-associated region  33.86 
 
 		 452 aa  265  1e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.218547  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2346  amino acid permease-associated region  34.32 
 
 		 447 aa  262  8e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0147  amino acid permease-associated region  38.32 
 
 		 448 aa  261  2e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03986  arginine:agmatin  34.19 
 
 		 445 aa  249  5e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3877  amino acid permease-associated region  34.19 
 
 		 445 aa  249  5e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4355  arginine:agmatin antiporter  34.19 
 
 		 445 aa  249  5e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.705479  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4669  arginine:agmatin antiporter  34.19 
 
 		 445 aa  249  5e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3912  arginine:agmatin antiporter  34.19 
 
 		 445 aa  249  5e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.27107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4580  arginine:agmatin antiporter  34.19 
 
 		 445 aa  249  5e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.721219  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03947  hypothetical protein  34.19 
 
 		 445 aa  249  5e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5628  arginine:agmatin antiporter  34.19 
 
 		 445 aa  249  5e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4556  arginine:agmatin antiporter  33.49 
 
 		 445 aa  249  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4640  arginine:agmatin antiporter  33.49 
 
 		 445 aa  249  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4640  arginine:agmatin antiporter  33.49 
 
 		 445 aa  249  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4689  arginine:agmatin antiporter  33.49 
 
 		 445 aa  249  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4549  arginine:agmatin antiporter  33.26 
 
 		 445 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4612  arginine:agmatin antiporter  33.96 
 
 		 445 aa  246  6e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2861  arginine:agmatin antiporter  33.25 
 
 		 444 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0608832  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2782  arginine:agmatin antiporter  33.25 
 
 		 444 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1326  arginine:agmatin antiporter  33.25 
 
 		 444 aa  244  3e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.501085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3167  amino acid permease-associated region  34.79 
 
 		 436 aa  239  5e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0079  putative amino acid permease  32.8 
 
 		 440 aa  235  1.0000000000000001e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0780  arginine:agmatin antiporter  35.47 
 
 		 510 aa  233  6e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.12332  normal  0.0754473 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3702  arginine:agmatin antiporter  35.47 
 
 		 509 aa  232  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.391119 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4860  arginine:agmatin antiporter  35.47 
 
 		 508 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.086172  hitchhiker  0.00303215 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4344  arginine:agmatin antiporter  35.22 
 
 		 508 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.620829  hitchhiker  0.000578907 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2394  arginine:agmatin antiporter  35.39 
 
 		 450 aa  229  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.66662  normal  0.401461 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1674  phospholipid binding protein  32.8 
 
 		 438 aa  225  2e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.054806  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4672  amino acid permease family protein  31.18 
 
 		 465 aa  206  5e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.1139e-21 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0540  arginine/ornithine antiporter protein  31.43 
 
 		 465 aa  206  7e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0540  arginine/ornithine antiporter protein  31.43 
 
 		 465 aa  206  9e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00650316  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0697  amino acid permease family protein  31.21 
 
 		 465 aa  205  1e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0684  amino acid permease family protein  31.43 
 
 		 465 aa  205  1e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0596  amino acid permease family protein  31.43 
 
 		 465 aa  205  1e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0758  amino acid permease family protein  31.21 
 
 		 465 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0957  amino acid permease family protein  31.08 
 
 		 411 aa  205  2e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.253131  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0629  amino acid permease family protein  31.21 
 
 		 465 aa  202  7e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0665  amino acid permease family protein  30.97 
 
 		 465 aa  202  8e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0542  amino acid permease-associated region  30.77 
 
 		 465 aa  200  3e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1067  putrescine transporter  27.11 
 
 		 439 aa  193  6e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5194  putrescine transporter  28.94 
 
 		 452 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.330864 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3254  putrescine transporter  28.03 
 
 		 442 aa  189  9e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1458  arginine/ornithine antiporter  29.49 
 
 		 472 aa  189  1e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0071658  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3335  putrescine transporter  29.82 
 
 		 438 aa  187  4e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00206  lysine/cadaverine antiporter  30.55 
 
 		 448 aa  186  5e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06670  arginine/ornithine antiporter  30.99 
 
 		 480 aa  186  6e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.477443  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6446  amino acid permease-associated region  27.66 
 
 		 750 aa  186  9e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.396159 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0163  arginine/ornithine antiporter  30.77 
 
 		 478 aa  186  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2934  lysine/cadaverine antiporter  33.68 
 
 		 443 aa  185  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.252343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2800  lysine/cadaverine antiporter  33.68 
 
 		 443 aa  185  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.1623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2821  lysine/cadaverine antiporter  33.68 
 
 		 443 aa  185  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2717  lysine/cadaverine antiporter  33.68 
 
 		 443 aa  185  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0159  arginine/ornithine antiporter  30.18 
 
 		 478 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2759  lysine/cadaverine antiporter  33.68 
 
 		 443 aa  185  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.420004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2445  putrescine transporter  27.71 
 
 		 446 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273787  normal  0.196088 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002188  lysine/cadaverine antiporter membrane protein CadB  31.69 
 
 		 447 aa  184  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000189693  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2247  arginine/ornithine antiporter  30.13 
 
 		 467 aa  182  9.000000000000001e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3668  putrescine transporter  28.67 
 
 		 439 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2851  arginine/ornithine antiporter  30.65 
 
 		 468 aa  182  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000722534  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3768  lysine/cadaverine antiporter  34.05 
 
 		 449 aa  182  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000519797  normal  0.028767 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2989  putrescine transporter  27.29 
 
 		 443 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00443871  normal  0.0573626 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1002  arginine/ornithine antiporter  33.18 
 
 		 475 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4536  arginine/ornithine antiporter  32.16 
 
 		 484 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.266081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4384  arginine/ornithine antiporter  33.41 
 
 		 475 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.669533  normal  0.104569 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0180  putrescine transporter  29.16 
 
 		 439 aa  182  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3872  putrescine transporter  28.67 
 
 		 439 aa  181  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0414158 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0916  arginine/ornithine antiporter  34.38 
 
 		 486 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.387482  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1144  arginine/ornithine antiporter  34.38 
 
 		 486 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.333389  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2129  arginine/ornithine antiporter  34.38 
 
 		 506 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.768095  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2492  lysine/cadaverine antiporter  33.25 
 
 		 444 aa  181  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4054  putrescine transporter  28.09 
 
 		 439 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04834  putrescine transporter  26.88 
 
 		 436 aa  181  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1574  putrescine transporter  28.64 
 
 		 436 aa  181  2.9999999999999997e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3976  putrescine transporter  28.09 
 
 		 439 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4172  putrescine transporter  28.09 
 
 		 439 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1584  arginine/ornithine antiporter  34.38 
 
 		 506 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0243  arginine/ornithine antiporter  34.38 
 
 		 486 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.852071  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4085  putrescine transporter  28.09 
 
 		 439 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1969  arginine/ornithine antiporter  34.38 
 
 		 486 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1988  arginine/ornithine antiporter  34.38 
 
 		 486 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0313  putrescine transporter  28.3 
 
 		 439 aa  180  4e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2906  amino acid permease-associated region  30 
 
 		 500 aa  180  4.999999999999999e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1039  arginine/ornithine antiporter  33.18 
 
 		 475 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.808656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0714  putrescine transporter  27.97 
 
 		 439 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0136028  normal  0.578449 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4222  arginine/ornithine antiporter  32.74 
 
 		 475 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001093  putrescine/proton symporter putrescine/ornithine antiporter PotE  27.11 
 
 		 436 aa  179  8e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1754  amino acid permease-associated region  30.88 
 
 		 474 aa  179  9e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3680  putrescine transporter  28.07 
 
 		 439 aa  179  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1006  lysine/cadaverine antiporter  30.61 
 
 		 438 aa  178  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000705878  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0277  putrescine transporter  28.2 
 
 		 439 aa  179  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0941  amino acid permease family protein  29.18 
 
 		 474 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000289126 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1001  arginine/ornithine antiporter  32.44 
 
 		 475 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>