More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E4612 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03986  arginine:agmatin  99.78 
 
 		 445 aa  879    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3877  amino acid permease-associated region  99.78 
 
 		 445 aa  879    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4669  arginine:agmatin antiporter  99.78 
 
 		 445 aa  879    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4556  arginine:agmatin antiporter  93.93 
 
 		 445 aa  843    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1326  arginine:agmatin antiporter  86.62 
 
 		 444 aa  775    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.501085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5628  arginine:agmatin antiporter  99.78 
 
 		 445 aa  879    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03947  hypothetical protein  99.78 
 
 		 445 aa  879    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2782  arginine:agmatin antiporter  86.85 
 
 		 444 aa  776    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4640  arginine:agmatin antiporter  93.93 
 
 		 445 aa  843    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4549  arginine:agmatin antiporter  93.71 
 
 		 445 aa  840    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4689  arginine:agmatin antiporter  93.93 
 
 		 445 aa  843    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2861  arginine:agmatin antiporter  86.85 
 
 		 444 aa  776    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0608832  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4580  arginine:agmatin antiporter  99.78 
 
 		 445 aa  879    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.721219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4355  arginine:agmatin antiporter  99.55 
 
 		 445 aa  877    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.705479  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3912  arginine:agmatin antiporter  99.78 
 
 		 445 aa  879    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.27107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4612  arginine:agmatin antiporter  100 
 
 		 445 aa  881    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4640  arginine:agmatin antiporter  93.93 
 
 		 445 aa  843    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4344  arginine:agmatin antiporter  56.88 
 
 		 508 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.620829  hitchhiker  0.000578907 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4860  arginine:agmatin antiporter  57.28 
 
 		 508 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.086172  hitchhiker  0.00303215 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3702  arginine:agmatin antiporter  57.04 
 
 		 509 aa  504  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.391119 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0780  arginine:agmatin antiporter  57.04 
 
 		 510 aa  504  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.12332  normal  0.0754473 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2394  arginine:agmatin antiporter  49.29 
 
 		 450 aa  409  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.66662  normal  0.401461 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2800  lysine/cadaverine antiporter  38.85 
 
 		 443 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.1623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2934  lysine/cadaverine antiporter  38.85 
 
 		 443 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.252343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2717  lysine/cadaverine antiporter  38.85 
 
 		 443 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2759  lysine/cadaverine antiporter  38.85 
 
 		 443 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.420004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2821  lysine/cadaverine antiporter  38.85 
 
 		 443 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3768  lysine/cadaverine antiporter  39.63 
 
 		 449 aa  305  1.0000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000519797  normal  0.028767 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002188  lysine/cadaverine antiporter membrane protein CadB  39.06 
 
 		 447 aa  303  3.0000000000000004e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000189693  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00206  lysine/cadaverine antiporter  38.37 
 
 		 448 aa  298  1e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1006  lysine/cadaverine antiporter  38.3 
 
 		 438 aa  296  6e-79  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000705878  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2657  lysine/cadaverine antiporter  38.79 
 
 		 445 aa  291  1e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04003  predicted lysine/cadaverine transporter  38.03 
 
 		 444 aa  291  2e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4687  lysine/cadaverine antiporter  38.03 
 
 		 444 aa  291  2e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03965  hypothetical protein  38.03 
 
 		 444 aa  291  2e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4373  lysine/cadaverine antiporter  38.03 
 
 		 444 aa  291  2e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0915774  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3895  lysine/cadaverine antiporter  38.03 
 
 		 444 aa  291  2e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4601  lysine/cadaverine antiporter  38.03 
 
 		 444 aa  291  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000619747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5648  lysine/cadaverine antiporter  38.03 
 
 		 444 aa  291  2e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.742778  normal  0.745814 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2492  lysine/cadaverine antiporter  38.32 
 
 		 444 aa  285  8e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41010  putative amino acid permease  38.55 
 
 		 451 aa  285  8e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3476  putative amino acid permease  39.37 
 
 		 451 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5194  putrescine transporter  34.25 
 
 		 452 aa  277  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.330864 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3254  putrescine transporter  36.45 
 
 		 442 aa  277  2e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6446  amino acid permease-associated region  36.36 
 
 		 750 aa  275  9e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.396159 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0180  putrescine transporter  36.7 
 
 		 439 aa  271  2e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3976  putrescine transporter  36.19 
 
 		 439 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0508  putrescine transporter  35.13 
 
 		 440 aa  270  2.9999999999999997e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4172  putrescine transporter  36.19 
 
 		 439 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4054  putrescine transporter  36.19 
 
 		 439 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4085  putrescine transporter  36.19 
 
 		 439 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3680  putrescine transporter  35.61 
 
 		 439 aa  267  2e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0277  putrescine transporter  36.1 
 
 		 439 aa  266  4e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3668  putrescine transporter  35.61 
 
 		 439 aa  266  7e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1574  putrescine transporter  34.52 
 
 		 436 aa  266  8e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3872  putrescine transporter  35.78 
 
 		 439 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0414158 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0313  putrescine transporter  35.37 
 
 		 439 aa  265  1e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0821  putrescine transporter  33.41 
 
 		 439 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.438039  normal  0.147845 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0808  putrescine transporter  33.41 
 
 		 439 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0747  putrescine transporter  33.41 
 
 		 439 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110662  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0760  putrescine transporter  33.41 
 
 		 439 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.428261  normal  0.419082 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1067  putrescine transporter  35.41 
 
 		 439 aa  264  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0857  putrescine transporter  33.41 
 
 		 439 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3335  putrescine transporter  35.38 
 
 		 438 aa  263  4e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1204  putrescine transporter  34.1 
 
 		 437 aa  258  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.658764  decreased coverage  0.0000377329 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0714  putrescine transporter  32.95 
 
 		 439 aa  257  3e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0136028  normal  0.578449 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00648  putrescine/proton symporter: putrescine/ornithine antiporter  32.72 
 
 		 439 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.173719  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2945  arginine/ornithine antiporter  32.72 
 
 		 439 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2989  putrescine transporter  34.64 
 
 		 443 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00443871  normal  0.0573626 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2964  putrescine transporter  32.72 
 
 		 439 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.018093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0717  putrescine transporter  32.49 
 
 		 439 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000193165  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00640  hypothetical protein  32.72 
 
 		 439 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.167643  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4355  putrescine transporter  36.1 
 
 		 461 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.879219  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4011  putrescine transporter  36.1 
 
 		 461 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3513  putrescine transporter  36.25 
 
 		 461 aa  254  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015578 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0784  putrescine transporter  32.49 
 
 		 439 aa  253  7e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0285849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001093  putrescine/proton symporter putrescine/ornithine antiporter PotE  32.54 
 
 		 436 aa  249  8e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04834  putrescine transporter  32.54 
 
 		 436 aa  249  8e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2445  putrescine transporter  35.12 
 
 		 446 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273787  normal  0.196088 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1307  amino acid permease-associated region  33.96 
 
 		 445 aa  242  7.999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.678061 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2801  amino acid permease  36.15 
 
 		 476 aa  228  1e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.764757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4244  amino acid permease-associated region  36.6 
 
 		 453 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.399011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3940  amino acid permease-associated region  33.87 
 
 		 460 aa  210  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447116 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5198  amino acid permease-associated region  32.2 
 
 		 441 aa  206  6e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.043341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0079  putative amino acid permease  32.81 
 
 		 440 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0536  amino acid permease-associated region  31.34 
 
 		 435 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.555012  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0957  amino acid permease family protein  30.73 
 
 		 411 aa  181  2e-44  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.253131  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2206  amino acid permease-associated region  28.51 
 
 		 452 aa  178  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.218547  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3167  amino acid permease-associated region  32.54 
 
 		 436 aa  179  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2346  amino acid permease-associated region  29.77 
 
 		 447 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0697  amino acid permease family protein  30.47 
 
 		 465 aa  172  1e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1458  arginine/ornithine antiporter  29.67 
 
 		 472 aa  171  4e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0071658  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4672  amino acid permease family protein  30.02 
 
 		 465 aa  169  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.1139e-21 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0540  arginine/ornithine antiporter protein  30.23 
 
 		 465 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0596  amino acid permease family protein  30.25 
 
 		 465 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0540  arginine/ornithine antiporter protein  30.23 
 
 		 465 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00650316  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0758  amino acid permease family protein  30.25 
 
 		 465 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0684  amino acid permease family protein  30.25 
 
 		 465 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0665  amino acid permease family protein  30.25 
 
 		 465 aa  167  4e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1671  arginine/ornithine antiporter  31.14 
 
 		 475 aa  166  8e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>