61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4872 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4819  Zinc finger-domain-containing protein  89.01 
 
 		 451 aa  767    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4694  Zinc finger-domain-containing protein  87.03 
 
 		 451 aa  755    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.725918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4872  Zinc finger-domain-containing protein  100 
 
 		 455 aa  915    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4609  Zinc finger-domain-containing protein  73.19 
 
 		 442 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394767  normal  0.0620133 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4403  hypothetical protein  53.1 
 
 		 440 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4863  hypothetical protein  51.77 
 
 		 453 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0616  hypothetical protein  55.44 
 
 		 422 aa  371  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.037399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5571  hypothetical protein  47.01 
 
 		 421 aa  310  5e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.518674  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64170  hypothetical protein  45.96 
 
 		 425 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.87967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06930  hypothetical protein  58.97 
 
 		 388 aa  281  2e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506905  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0711  Zinc finger-domain-containing protein  55.44 
 
 		 424 aa  256  4e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3447  Zinc finger-domain-containing protein  33.12 
 
 		 421 aa  212  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0809  hypothetical protein  45.56 
 
 		 404 aa  164  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2984  Zinc finger-domain-containing protein  40.13 
 
 		 452 aa  126  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134771  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0364  hypothetical protein  34.07 
 
 		 280 aa  82.4  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0609  hypothetical protein  29.33 
 
 		 163 aa  72.8  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115481  hitchhiker  0.0000000161678 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1048  hypothetical protein  30.63 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.101153  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02997  hypothetical protein  27.34 
 
 		 356 aa  68.9  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2782  Zinc finger-domain-containing protein  50 
 
 		 479 aa  67  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0504  Zinc finger-domain-containing protein  59.52 
 
 		 471 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0119  Zinc finger/thioredoxin putative  57.14 
 
 		 466 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0571  Zinc finger-domain-containing protein  57.14 
 
 		 460 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000224872 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0602  Zinc finger-domain-containing protein  57.14 
 
 		 466 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0528  Zinc finger-domain-containing protein  57.14 
 
 		 467 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3685  hypothetical protein  41.56 
 
 		 456 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.738999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3280  zinc finger/thioredoxin domain-containing protein  54.76 
 
 		 475 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3506  zinc finger/thioredoxin domain-containing protein  54.76 
 
 		 475 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.907391  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3636  Zinc finger-domain-containing protein  52.17 
 
 		 445 aa  61.2  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.45648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2946  MJ0042 family finger-like protein  52.17 
 
 		 445 aa  61.2  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1284  zinc finger/thioredoxin domain-containing protein  54.76 
 
 		 475 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.743095  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0425  zinc finger/thioredoxin domain-containing protein  54.76 
 
 		 475 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2504  hypothetical protein  54.76 
 
 		 475 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3503  hypothetical protein  54.76 
 
 		 475 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0529  hypothetical protein  47.17 
 
 		 434 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1102  Zinc finger/thioredoxin putative  40.86 
 
 		 363 aa  61.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0261742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2632  Zinc finger-domain-containing protein  51.16 
 
 		 575 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0179  hypothetical protein  30.2 
 
 		 359 aa  60.5  0.00000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0867857 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3429  MJ0042 family finger-like protein  45.28 
 
 		 466 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.219707  normal  0.0286835 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3350  Zinc finger/thioredoxin putative  36.26 
 
 		 313 aa  59.7  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.412655  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2868  hypothetical protein  51.16 
 
 		 591 aa  57.4  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315781  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3988  Zinc finger-domain-containing protein  52.27 
 
 		 441 aa  56.6  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000146664 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3653  hypothetical protein  28.57 
 
 		 199 aa  55.8  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.800289 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0860  Zinc finger-domain-containing protein  48.84 
 
 		 532 aa  55.8  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.237277  normal  0.0721112 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3936  hypothetical protein  60 
 
 		 357 aa  55.8  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00733105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3067  Zinc finger/thioredoxin putative  48.84 
 
 		 561 aa  54.7  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0952  MJ0042 family finger-like protein  50 
 
 		 447 aa  53.9  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1497  Zinc finger-domain-containing protein  26.71 
 
 		 475 aa  52.8  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3448  MJ0042 family finger-like protein  48.84 
 
 		 398 aa  53.1  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.230749  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0977  hypothetical protein  22.08 
 
 		 225 aa  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.489374  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3034  MJ0042 family finger-like protein  46.51 
 
 		 486 aa  51.6  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3209  hypothetical protein  46.81 
 
 		 375 aa  50.8  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.737407  normal  0.0103379 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0022  Zinc finger/thioredoxin putative  27.74 
 
 		 332 aa  50.1  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2624  hypothetical protein  25.79 
 
 		 372 aa  49.3  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.776474  normal  0.928938 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2789  hypothetical protein  44.19 
 
 		 473 aa  48.9  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.427469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3389  Zinc finger-domain-containing protein  40.98 
 
 		 329 aa  48.9  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.363159  normal  0.721643 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2750  hypothetical protein  47.62 
 
 		 293 aa  47.8  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2002  Zinc finger-domain-containing protein  40.62 
 
 		 319 aa  47.8  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.144373  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1649  Zinc finger/thioredoxin putative  41.3 
 
 		 420 aa  46.2  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.471383  hitchhiker  0.000743267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4868  Zinc finger/thioredoxin putative  37.88 
 
 		 306 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.186444  normal  0.75995 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3468  zinc finger/thioredoxin domain-containing protein  26.02 
 
 		 475 aa  44.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.841054  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1160  hypothetical protein  26.02 
 
 		 446 aa  43.9  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>