More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4977 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4977  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  100 
 
 
295 aa  613  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4850  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  99.29 
 
 
281 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0546784 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5026  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  97.15 
 
 
281 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0488  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  97.15 
 
 
281 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5281  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  87.19 
 
 
281 aa  528  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0459  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  86.12 
 
 
281 aa  524  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5069  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  86.12 
 
 
281 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0448  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  86.48 
 
 
281 aa  518  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0530  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  83.69 
 
 
282 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03550  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  83.63 
 
 
281 aa  503  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05590  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  81.82 
 
 
290 aa  502  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3044  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  72.1 
 
 
289 aa  422  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.208666  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2896  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  65.58 
 
 
286 aa  399  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0396  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  69.37 
 
 
282 aa  389  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2517  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase (FADH)  64.13 
 
 
276 aa  369  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.507851 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2264  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  62.18 
 
 
289 aa  368  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0215  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  62.09 
 
 
276 aa  362  4e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.474341  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3335  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  61.73 
 
 
276 aa  360  1e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3658  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  61.37 
 
 
276 aa  360  2e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0091  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase oxidoreductase protein  61.73 
 
 
276 aa  358  8e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2539  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  61.17 
 
 
281 aa  357  9.999999999999999e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0456939  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2680  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.78 
 
 
297 aa  353  2e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.883975  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2393  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  57.14 
 
 
284 aa  352  5e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.235833  normal  0.350806 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0172  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  60.87 
 
 
276 aa  352  5e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.010717  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0137  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  57.82 
 
 
289 aa  350  1e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.455806  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0183  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  62.22 
 
 
274 aa  350  1e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.562647  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3377  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  60.74 
 
 
276 aa  346  3e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3844  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  61.4 
 
 
277 aa  346  3e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0188  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.93 
 
 
276 aa  345  5e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1822  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  56.57 
 
 
285 aa  345  6e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00652514  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0201  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.93 
 
 
276 aa  345  6e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0182  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.93 
 
 
276 aa  343  2e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.344153  normal  0.0379106 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0191  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.57 
 
 
280 aa  343  2e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000698863 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0256  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.56 
 
 
276 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2833  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.56 
 
 
276 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.355135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0274  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.56 
 
 
276 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.320742  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3163  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  60.66 
 
 
276 aa  340  2e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0599  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  61.4 
 
 
279 aa  338  5e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2916  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  61.48 
 
 
276 aa  338  5e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0654  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  61.11 
 
 
283 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0620  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  61.4 
 
 
279 aa  338  5.9999999999999996e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3136  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.93 
 
 
276 aa  338  7e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3917  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.93 
 
 
276 aa  338  7e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3836  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.93 
 
 
276 aa  338  7e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.139843  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2840  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.93 
 
 
276 aa  338  7e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.223296  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0055  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.93 
 
 
276 aa  338  7e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1703  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.93 
 
 
276 aa  338  7e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.708829  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3415  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.93 
 
 
276 aa  338  7e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5917  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  61.4 
 
 
275 aa  338  8e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0180  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  60.29 
 
 
276 aa  338  9e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4681  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  61.11 
 
 
274 aa  335  3.9999999999999995e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.328175  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3756  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.93 
 
 
276 aa  335  7e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0491  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  60 
 
 
276 aa  332  5e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0614  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  56.09 
 
 
275 aa  332  6e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.502015  normal  0.460878 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2001  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  58.18 
 
 
276 aa  330  1e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0406  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  58.15 
 
 
275 aa  330  1e-89  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0415  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  56.78 
 
 
283 aa  328  8e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4130  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  58.3 
 
 
277 aa  327  1.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.912547 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1449  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase (FADH)  55.6 
 
 
282 aa  327  1.0000000000000001e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4058  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.19 
 
 
282 aa  327  1.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.450215  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0117  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  59.93 
 
 
279 aa  325  5e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.08621 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0967  methylenetetrahydrofolate reductase  55.6 
 
 
281 aa  324  9e-88  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.421092  normal  0.18446 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1674  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  54.71 
 
 
304 aa  324  9e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.302516  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1717  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  57.82 
 
 
276 aa  324  1e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.449372  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0468  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase (FADH)  56.32 
 
 
297 aa  324  1e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.301615  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04353  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  56.67 
 
 
275 aa  323  2e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0654  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  58.09 
 
 
283 aa  322  4e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.127166 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0466  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  57.78 
 
 
275 aa  316  4e-85  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0914  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  55.4 
 
 
287 aa  315  5e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3288  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase (FADH)  54.38 
 
 
286 aa  315  8e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.16886  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0036  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  52.4 
 
 
290 aa  308  5.9999999999999995e-83  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2143  methylenetetrahydrofolate reductase  52.03 
 
 
290 aa  308  1.0000000000000001e-82  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.450301  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0692  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  48.34 
 
 
272 aa  272  6e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000194482  unclonable  0.000000000127629 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0535  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  48.34 
 
 
272 aa  272  6e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.64764  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0674  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.73 
 
 
294 aa  249  5e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.363262  normal  0.312205 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0482  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.88 
 
 
291 aa  245  8e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.971858  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2667  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  46.74 
 
 
300 aa  240  2e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.167357  normal  0.059667 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1572  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.06 
 
 
315 aa  239  4e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.510874 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3083  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.64 
 
 
296 aa  233  3e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0275518  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1389  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  40.7 
 
 
298 aa  230  2e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.695264  hitchhiker  0.000418344 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3547  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.07 
 
 
294 aa  230  2e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2401  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  45.29 
 
 
314 aa  230  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.424699 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1530  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.91 
 
 
319 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3169  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.7 
 
 
296 aa  228  1e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5126  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.11 
 
 
291 aa  227  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.170004  normal  0.0750337 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0624  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.07 
 
 
296 aa  227  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4039  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.7 
 
 
296 aa  225  6e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0642  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.59 
 
 
298 aa  225  8e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2862  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  44.2 
 
 
300 aa  225  9e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.662344  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4033  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  41.11 
 
 
296 aa  224  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.231217 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2769  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.84 
 
 
300 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.921353  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0618  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.59 
 
 
295 aa  223  3e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2438  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.12 
 
 
302 aa  223  3e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.24213  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0538  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.59 
 
 
295 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3437  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.59 
 
 
297 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0514  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.59 
 
 
297 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3612  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.59 
 
 
297 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4054  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.59 
 
 
297 aa  222  7e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0562  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  42.22 
 
 
296 aa  221  8e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3955  5,10-methylenetetrahydrofolate reductase  43.17 
 
 
294 aa  221  8e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>