89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4816 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4816  LrgA family protein  100 
 
 		 122 aa  235  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4691  LrgA family protein  99.17 
 
 		 120 aa  230  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.857411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4869  LrgA family protein  97.5 
 
 		 120 aa  174  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.914348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0605  LrgA family protein  94.17 
 
 		 120 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1095  hypothetical protein  70.83 
 
 		 120 aa  150  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00291495  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0735  LrgA family protein  72.88 
 
 		 120 aa  147  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.233913  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0636  LrgA  72.5 
 
 		 120 aa  146  8e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11920  hypothetical protein  71.43 
 
 		 136 aa  140  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00345177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3809  LrgA family protein  71.19 
 
 		 119 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08300  integral membrane protein, LrgA family  73.95 
 
 		 120 aa  129  9e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0814832  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4981  LrgA  72.5 
 
 		 120 aa  124  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.257513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1939  LrgA  36.67 
 
 		 122 aa  74.3  0.0000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0714  LrgA family protein  35.59 
 
 		 118 aa  74.3  0.0000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00234079  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1793  LrgA  36.29 
 
 		 127 aa  72.4  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0425  LrgA family protein  41.96 
 
 		 116 aa  71.2  0.000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0197927 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1269  LrgA family protein  33.9 
 
 		 121 aa  71.2  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3105  LrgA  38.74 
 
 		 119 aa  68.2  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2682  putative murein hydrolase exporter LrgA(holin) like  36.13 
 
 		 119 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0129  LrgA family protein  36.75 
 
 		 121 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3767  LrgA family protein  40.57 
 
 		 124 aa  63.9  0.0000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.58563  normal  0.0600127 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1160  LrgA family protein  35.9 
 
 		 116 aa  62.8  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5838  LrgA family protein  36.59 
 
 		 123 aa  62  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.809167 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2557  LrgA family protein  32.48 
 
 		 117 aa  58.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0686612  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2930  LrgA  31.53 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3577  putative integral membrane protein  36.59 
 
 		 125 aa  58.2  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3065  LrgA family protein  35.77 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.348494  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2669  hypothetical protein  31.36 
 
 		 125 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.293278  normal  0.241183 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3750  LrgA family protein  33.63 
 
 		 113 aa  57.4  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6060  LrgA family protein  36.84 
 
 		 123 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.491092  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3599  holin-like protein  36.28 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.348579  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3766  holin-like protein  36.28 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000368627 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3885  holin-like protein  36.28 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6074  LrgA family protein  35.96 
 
 		 123 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2905  LrgA family protein  28.81 
 
 		 125 aa  53.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6134  LrgA family protein  42.68 
 
 		 123 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.713199  normal  0.599959 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6616  LrgA family protein  42.68 
 
 		 123 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.112454 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5769  LrgA  42.68 
 
 		 123 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2499  LrgA family protein  28.7 
 
 		 129 aa  52  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.694502 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7637  LrgA  42.68 
 
 		 123 aa  51.6  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.840328 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2794  LrgA  27.93 
 
 		 130 aa  51.6  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1205  LrgA  34.43 
 
 		 122 aa  51.6  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00283313  normal  0.0677491 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3282  LrgA family protein  33.9 
 
 		 124 aa  51.2  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.623303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1443  holin-like protein  33.33 
 
 		 118 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.58028  hitchhiker  0.00000036945 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2298  LrgA family protein  33.61 
 
 		 133 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5344  LrgA family protein  37.07 
 
 		 123 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.631803 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2967  hypothetical protein  32.43 
 
 		 135 aa  49.3  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.577764  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0432  LrgA  46.67 
 
 		 123 aa  49.3  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0332666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1947  lrgA family protein  28.7 
 
 		 125 aa  48.9  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0158  LrgA family protein  30.43 
 
 		 117 aa  48.5  0.00003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2542  hypothetical protein  31.53 
 
 		 136 aa  48.5  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1498  hypothetical protein  32.43 
 
 		 135 aa  48.5  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2235  lrgA family protein  28.7 
 
 		 125 aa  48.5  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.601171  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3525  holin-like protein  33.33 
 
 		 118 aa  47.4  0.00006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0887  LrgA family protein  43.48 
 
 		 123 aa  47.4  0.00006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3734  LrgA family protein  38.79 
 
 		 169 aa  47  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.249575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2447  hypothetical protein  30.09 
 
 		 138 aa  46.2  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1570  hypothetical protein  32.2 
 
 		 135 aa  46.2  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1237  LrgA family protein  36.11 
 
 		 138 aa  46.2  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.783024  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0447  LrgA  33.06 
 
 		 121 aa  46.2  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0812  putative effector of murein hydrolase LrgA  33.7 
 
 		 134 aa  45.8  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000547644  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3273  hypothetical protein  34.02 
 
 		 132 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.502581 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0411  LrgA family protein  32 
 
 		 125 aa  45.4  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.305812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2744  hypothetical protein  36.84 
 
 		 132 aa  45.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2436  hypothetical protein  34.02 
 
 		 132 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2460  hypothetical protein  32 
 
 		 135 aa  44.7  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3025  hypothetical protein  32 
 
 		 135 aa  44.7  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.318626  normal  0.0401094 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2559  hypothetical protein  32 
 
 		 135 aa  44.7  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.22344  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02070  hypothetical protein  31.68 
 
 		 132 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1517  LrgA family protein  31.68 
 
 		 132 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02029  hypothetical protein  31.68 
 
 		 132 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2275  hypothetical protein  31.68 
 
 		 132 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1507  hypothetical protein  31.68 
 
 		 132 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2288  hypothetical protein  31.68 
 
 		 132 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00796393 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0020  LrgA family protein  30.77 
 
 		 124 aa  44.3  0.0006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0830  hypothetical protein  31.68 
 
 		 132 aa  43.9  0.0007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1147  hypothetical protein  29.63 
 
 		 130 aa  43.9  0.0007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000363842  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1066  LrgA family protein  33.33 
 
 		 136 aa  43.5  0.0009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2327  hypothetical protein  37.5 
 
 		 132 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2420  hypothetical protein  37.5 
 
 		 132 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.581349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2416  hypothetical protein  37.5 
 
 		 132 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0854  hypothetical protein  34.74 
 
 		 129 aa  43.5  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2371  hypothetical protein  37.5 
 
 		 132 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2528  hypothetical protein  37.5 
 
 		 132 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2255  putative transmembrane protein  28.81 
 
 		 117 aa  42.4  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.837001  normal  0.471476 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0073  LrgA family protein  38.67 
 
 		 114 aa  42.4  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28750  putative effector of murein hydrolase LrgA  41.38 
 
 		 161 aa  41.6  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0292  LrgA family protein  45.95 
 
 		 127 aa  41.2  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2321  holin-like protein  30.34 
 
 		 121 aa  41.2  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000645302  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3645  LrgA family protein  31.45 
 
 		 128 aa  40.8  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.820486  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>