125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2009 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2009  Urease accessory protein UreF  100 
 
 		 231 aa  454  1e-127  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1868  urease accessory protein UreF  49.12 
 
 		 237 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.113809  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3497  urease accessory protein UreF  49.08 
 
 		 288 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.977341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1702  Urease accessory protein UreF  52.89 
 
 		 225 aa  174  9e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000278425 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3690  urease accessory protein UreF  45.87 
 
 		 241 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7006  urease accessory protein UreF  45.21 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.891807 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4179  Urease accessory protein UreF  46.33 
 
 		 240 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4159  urease accessory protein UreF  47.3 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3203  Urease accessory protein UreF  46.79 
 
 		 224 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3014  urease accessory protein UreF  46.55 
 
 		 244 aa  158  9e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.347135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3239  Urease accessory protein UreF  46.55 
 
 		 238 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.525319 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2866  urease accessory protein UreF  45.87 
 
 		 229 aa  148  9e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.669452  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0381  urease accessory protein UreF  43.58 
 
 		 214 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1092  Urease accessory protein UreF  46.58 
 
 		 239 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.827823  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0337  urease accessory protein UreF, putative  38.53 
 
 		 228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2120  urease accessory protein UreF  45.66 
 
 		 250 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.481302  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_004310  BR0272  urease accessory protein UreF, putative  40.83 
 
 		 228 aa  137  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0991  urease accessory protein UreF  42.86 
 
 		 210 aa  135  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0286  putative urease accessory protein UreF  40.37 
 
 		 232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1029  urease accessory protein UreF  41.92 
 
 		 231 aa  135  7.000000000000001e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.185094 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0303  urease accessory protein UreF  41.28 
 
 		 210 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1947  urease accessory protein UreF  41.74 
 
 		 210 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3303  Urease accessory protein UreF  42.42 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.31623 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3047  Urease accessory protein UreF  42.08 
 
 		 223 aa  121  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2378  urease accessory protein UreF  40.37 
 
 		 223 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.173139 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3469  urease accessory protein  38.67 
 
 		 230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2362  putative urease accessory protein  38.53 
 
 		 210 aa  114  8.999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.875021 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1243  urease accessory protein UreF  36.7 
 
 		 226 aa  107  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3260  urease accessory protein UreF  37.1 
 
 		 228 aa  106  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4635  urease accessory protein UreF  35.85 
 
 		 229 aa  101  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00483851  normal  0.066113 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3407  urease accessory protein UreF  36.24 
 
 		 225 aa  100  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4247  Urease accessory protein UreF  35.71 
 
 		 223 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1765  urease accessory protein UreF  34.86 
 
 		 227 aa  99.4  4e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.858852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3106  Urease accessory protein UreF  38.25 
 
 		 253 aa  99.8  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2686  urease accessory protein UreF  37.07 
 
 		 223 aa  99  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885864  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2439  urease accessory protein UreF  35.44 
 
 		 227 aa  96.7  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.280457  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2267  Urease accessory protein UreF  31.9 
 
 		 227 aa  95.1  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1425  urease accessory protein UreF  34.11 
 
 		 228 aa  93.6  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0223  urease accessory protein UreF  31.08 
 
 		 221 aa  92.8  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3532  urease accessory protein UreF  37.5 
 
 		 251 aa  92.4  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.510813  normal  0.516432 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1206  urease accessory protein UreF  38.36 
 
 		 215 aa  92.4  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1476  Urease accessory protein UreF  31.11 
 
 		 228 aa  90.5  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0566307  normal  0.716543 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1348  urease accessory protein UreF  35.24 
 
 		 233 aa  88.2  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0884  urease accessory protein UreF  31.19 
 
 		 235 aa  88.2  1e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.782823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1755  urease accessory protein UreF  35.78 
 
 		 220 aa  86.3  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.10715  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0958  urease accessory protein UreF  28.77 
 
 		 230 aa  85.9  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0722  Urease accessory protein UreF  26.41 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0665  urease accessory protein UreF  34.58 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.675417  normal  0.0233838 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2420  urease accessory protein UreF  32.87 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1494  urease accessory protein UreF  35.59 
 
 		 236 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.36478  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4833  urease accessory protein UreF  27.93 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2841  urease accessory protein UreF  33.94 
 
 		 224 aa  81.6  0.000000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3941  Urease accessory protein UreF  34.86 
 
 		 259 aa  81.3  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.552118  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2878  urease accessory protein UreF  30.88 
 
 		 224 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1325  UreF  32.27 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2848  urease accessory protein UreF  33.49 
 
 		 224 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0972  urease accessory protein UreF  32.77 
 
 		 232 aa  80.5  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4910  urease accessory protein UreF  33.8 
 
 		 224 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4452  urease accessory protein UreF  33.8 
 
 		 224 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1724  urease accessory protein UreF  32.06 
 
 		 288 aa  80.1  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.616016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0788  urease accessory protein UreF  34.23 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3696  putative urease accessory protein UreF  31.7 
 
 		 226 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.378168 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0868  urease accessory protein UreF  34.07 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.947799  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3660  urease accessory protein UreF  23.11 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.098957  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0419  urease accessory protein UreF  34.08 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.885315  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0777  urease accessory protein UreF  33.48 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0898  urease accessory protein UreF  34.08 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4737  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2991  urease accessory protein UreF  30.18 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.901747  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2492  urease accessory protein UreF  34.82 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0186  urease accessory protein UreF  32.74 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4004  urease accessory protein UreF  33.63 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.471956 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1070  urease accessory protein UreF  31.38 
 
 		 250 aa  75.9  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0751  urease accessory protein UreF  26.29 
 
 		 232 aa  75.5  0.0000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0664  urease accessory protein  34.6 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1191  urease accessory protein UreF  31.36 
 
 		 230 aa  74.7  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.424033  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2932  urease accessory protein UreF  33.49 
 
 		 224 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.617644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2262  urease accessory protein UreF  31.88 
 
 		 226 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.998709 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1859  Urease accessory protein UreF  32.91 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.148323 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09390  Urease accessory protein UreF  33.05 
 
 		 224 aa  72.4  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2186  urease accessory protein UreF  33.63 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0562  urease accessory protein UreF  32.71 
 
 		 224 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2555  urease accessory protein UreF  33.63 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0926  Urease accessory protein UreF  32.14 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3137  urease accessory protein  33.63 
 
 		 236 aa  72  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0721  urease accessory protein UreF  33.63 
 
 		 236 aa  72  0.000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3078  urease accessory protein UreF  33.63 
 
 		 236 aa  72  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3114  urease accessory protein UreF  33.63 
 
 		 236 aa  72  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.720901  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2059  urease accessory protein UreF  33.63 
 
 		 236 aa  72  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.917688  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2303  urease accessory protein UreF  30.28 
 
 		 230 aa  71.2  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2996  urease accessory protein UreF  27.48 
 
 		 232 aa  71.2  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0997  urease accessory protein UreF  31.84 
 
 		 230 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.371175  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2182  Urease accessory protein UreF  31.33 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.349664  normal  0.124246 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2030  urease accessory protein UreF  32.2 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.859598  normal  0.139287 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1814  urease accessory protein UreF  24.11 
 
 		 240 aa  68.6  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0963  urease accessory protein UreF  33.06 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0374203 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0685  urease accessory protein UreF  26.67 
 
 		 228 aa  67.8  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00891  Urease accessory protein UreF  27.14 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.42714  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4416  Urease accessory protein UreF  28.63 
 
 		 232 aa  64.3  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3468  urease accessory protein UreF  30.56 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000115011  normal  0.208076 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29761  urease accessory protein UreF  30.34 
 
 		 227 aa  61.2  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>