128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3260 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_3260  urease accessory protein UreF  100 
 
 
228 aa  456  1e-127  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4159  urease accessory protein UreF  46.02 
 
 
309 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896165  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3203  Urease accessory protein UreF  46.82 
 
 
224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3239  Urease accessory protein UreF  46.36 
 
 
238 aa  172  5e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.525319 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2866  urease accessory protein UreF  45.45 
 
 
229 aa  171  5.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.669452  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3014  urease accessory protein UreF  46.82 
 
 
244 aa  168  6e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.347135  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7006  urease accessory protein UreF  42.48 
 
 
240 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.891807 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1868  urease accessory protein UreF  42.34 
 
 
237 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.113809  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0337  urease accessory protein UreF, putative  40.09 
 
 
228 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3497  urease accessory protein UreF  42.34 
 
 
288 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.977341  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4179  Urease accessory protein UreF  43.24 
 
 
240 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2120  urease accessory protein UreF  46.33 
 
 
250 aa  150  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.481302  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1092  Urease accessory protein UreF  45.41 
 
 
239 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.827823  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0272  urease accessory protein UreF, putative  43.17 
 
 
228 aa  149  3e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3690  urease accessory protein UreF  41.1 
 
 
241 aa  149  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0286  putative urease accessory protein UreF  42.73 
 
 
232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3303  Urease accessory protein UreF  41.67 
 
 
223 aa  139  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.31623 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1702  Urease accessory protein UreF  41.55 
 
 
225 aa  136  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000278425 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2378  urease accessory protein UreF  40.71 
 
 
223 aa  134  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.173139 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1029  urease accessory protein UreF  34.35 
 
 
231 aa  132  5e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.185094 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0381  urease accessory protein UreF  37.78 
 
 
214 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11359  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3047  Urease accessory protein UreF  42.61 
 
 
223 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159294  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3469  urease accessory protein  38.43 
 
 
230 aa  126  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0303  urease accessory protein UreF  38.74 
 
 
210 aa  111  9e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1947  urease accessory protein UreF  38.74 
 
 
210 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218708  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2686  urease accessory protein UreF  37.83 
 
 
223 aa  109  5e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885864  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0991  urease accessory protein UreF  36.49 
 
 
210 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2362  putative urease accessory protein  35 
 
 
210 aa  107  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.875021 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2009  Urease accessory protein UreF  37.1 
 
 
231 aa  101  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1425  urease accessory protein UreF  36.11 
 
 
228 aa  97.8  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1755  urease accessory protein UreF  35.14 
 
 
220 aa  94.7  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.10715  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1206  urease accessory protein UreF  33.64 
 
 
215 aa  87.8  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1191  urease accessory protein UreF  34.23 
 
 
230 aa  87  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.424033  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1814  urease accessory protein UreF  25.21 
 
 
240 aa  86.7  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0963  urease accessory protein UreF  34.2 
 
 
230 aa  84  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0374203 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2996  urease accessory protein UreF  29.79 
 
 
232 aa  84  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3532  urease accessory protein UreF  33.33 
 
 
251 aa  83.2  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.510813  normal  0.516432 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00891  Urease accessory protein UreF  31.1 
 
 
208 aa  82.8  0.000000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.42714  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0958  urease accessory protein UreF  29.91 
 
 
230 aa  82.8  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1325  UreF  30.05 
 
 
224 aa  82  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4635  urease accessory protein UreF  27.7 
 
 
229 aa  80.5  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00483851  normal  0.066113 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3407  urease accessory protein UreF  30.53 
 
 
225 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4247  Urease accessory protein UreF  31.44 
 
 
223 aa  79.3  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0997  urease accessory protein UreF  33.05 
 
 
230 aa  79  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.371175  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2267  Urease accessory protein UreF  28.11 
 
 
227 aa  78.6  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4452  urease accessory protein UreF  31.94 
 
 
224 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3941  Urease accessory protein UreF  34.88 
 
 
259 aa  78.6  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.552118  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2420  urease accessory protein UreF  33.33 
 
 
224 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2030  urease accessory protein UreF  35.4 
 
 
229 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.859598  normal  0.139287 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0665  urease accessory protein UreF  31.82 
 
 
224 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.675417  normal  0.0233838 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0562  urease accessory protein UreF  30.56 
 
 
224 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09390  Urease accessory protein UreF  33.33 
 
 
224 aa  76.6  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1765  urease accessory protein UreF  29.78 
 
 
227 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.858852  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2848  urease accessory protein UreF  33.33 
 
 
224 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2841  urease accessory protein UreF  33.33 
 
 
224 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2492  urease accessory protein UreF  33.47 
 
 
226 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0884  urease accessory protein UreF  30.63 
 
 
235 aa  75.1  0.0000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.782823  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3696  putative urease accessory protein UreF  32.24 
 
 
226 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.378168 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4833  urease accessory protein UreF  23.61 
 
 
228 aa  74.3  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4910  urease accessory protein UreF  31.63 
 
 
224 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0419  urease accessory protein UreF  31.49 
 
 
226 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.885315  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0898  urease accessory protein UreF  31.49 
 
 
226 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4737  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2439  urease accessory protein UreF  29.87 
 
 
227 aa  72.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.280457  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1348  urease accessory protein UreF  28.7 
 
 
233 aa  72.4  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0664  urease accessory protein  30.84 
 
 
237 aa  72  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0868  urease accessory protein UreF  31.49 
 
 
226 aa  72  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.947799  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2878  urease accessory protein UreF  27.63 
 
 
224 aa  71.2  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4004  urease accessory protein UreF  31.06 
 
 
226 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.471956 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2991  urease accessory protein UreF  29.91 
 
 
231 aa  70.1  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.901747  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3106  Urease accessory protein UreF  30.41 
 
 
253 aa  70.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1243  urease accessory protein UreF  28.18 
 
 
226 aa  69.7  0.00000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0788  urease accessory protein UreF  30.64 
 
 
226 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2182  Urease accessory protein UreF  34.53 
 
 
229 aa  68.9  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.349664  normal  0.124246 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2303  urease accessory protein UreF  30.37 
 
 
230 aa  68.9  0.00000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2932  urease accessory protein UreF  32.39 
 
 
224 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.617644  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0972  urease accessory protein UreF  30.04 
 
 
232 aa  67.8  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0685  urease accessory protein UreF  21.88 
 
 
228 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0223  urease accessory protein UreF  29.73 
 
 
221 aa  67.4  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0777  urease accessory protein UreF  30.64 
 
 
226 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1476  Urease accessory protein UreF  28.44 
 
 
228 aa  67  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0566307  normal  0.716543 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0751  urease accessory protein UreF  24.17 
 
 
232 aa  66.2  0.0000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0186  urease accessory protein UreF  28.81 
 
 
228 aa  66.2  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1859  Urease accessory protein UreF  33.33 
 
 
229 aa  65.9  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.148323 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0926  Urease accessory protein UreF  32.24 
 
 
226 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1494  urease accessory protein UreF  29.91 
 
 
236 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.36478  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1724  urease accessory protein UreF  28.52 
 
 
288 aa  63.9  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.616016  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1180  urease accessory protein UreF  34.68 
 
 
238 aa  63.9  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801104  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0722  Urease accessory protein UreF  24.22 
 
 
240 aa  63.2  0.000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3468  urease accessory protein UreF  30.91 
 
 
224 aa  62.8  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000115011  normal  0.208076 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29761  urease accessory protein UreF  27.04 
 
 
227 aa  60.8  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19211  urease accessory protein UreF  26.46 
 
 
223 aa  60.1  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2262  urease accessory protein UreF  32.24 
 
 
226 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.998709 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1050  urease accessory protein ureF  25.78 
 
 
223 aa  59.3  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.713958  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1873  urease accessory protein UreF  18.83 
 
 
229 aa  56.6  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.674114  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4416  Urease accessory protein UreF  26.15 
 
 
232 aa  56.2  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2252  urease accessory protein F  25.32 
 
 
223 aa  55.5  0.0000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2186  urease accessory protein UreF  29 
 
 
226 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3137  urease accessory protein  29 
 
 
236 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0721  urease accessory protein UreF  29 
 
 
236 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2555  urease accessory protein UreF  29 
 
 
226 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>