125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0665 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0665  urease accessory protein UreF  100 
 
 		 224 aa  432  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.675417  normal  0.0233838 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4452  urease accessory protein UreF  74.11 
 
 		 224 aa  317  1e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0562  urease accessory protein UreF  75.89 
 
 		 224 aa  315  3e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4910  urease accessory protein UreF  72.32 
 
 		 224 aa  306  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09390  Urease accessory protein UreF  75.89 
 
 		 224 aa  298  7e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2878  urease accessory protein UreF  60.71 
 
 		 224 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5615  urease accessory protein UreF  66.52 
 
 		 223 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64660  urease accessory protein UreF  66.07 
 
 		 223 aa  229  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0385936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1425  urease accessory protein UreF  41.59 
 
 		 228 aa  151  8.999999999999999e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1765  urease accessory protein UreF  40.37 
 
 		 227 aa  148  7e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.858852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0997  urease accessory protein UreF  44.84 
 
 		 230 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.371175  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3941  Urease accessory protein UreF  45.66 
 
 		 259 aa  144  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.552118  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1243  urease accessory protein UreF  41.31 
 
 		 226 aa  142  3e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0223  urease accessory protein UreF  38.99 
 
 		 221 aa  142  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1494  urease accessory protein UreF  46.85 
 
 		 236 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.36478  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1191  urease accessory protein UreF  42.15 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.424033  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0963  urease accessory protein UreF  42.6 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0374203 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4004  urease accessory protein UreF  45.66 
 
 		 226 aa  137  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.471956 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3696  putative urease accessory protein UreF  45.21 
 
 		 226 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.378168 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2186  urease accessory protein UreF  46.12 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2555  urease accessory protein UreF  46.12 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3078  urease accessory protein UreF  46.12 
 
 		 236 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3114  urease accessory protein UreF  46.12 
 
 		 236 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.720901  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3137  urease accessory protein  46.12 
 
 		 236 aa  135  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0721  urease accessory protein UreF  46.12 
 
 		 236 aa  135  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2059  urease accessory protein UreF  46.12 
 
 		 236 aa  135  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.917688  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0788  urease accessory protein UreF  43.84 
 
 		 226 aa  135  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2303  urease accessory protein UreF  44.29 
 
 		 230 aa  135  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0419  urease accessory protein UreF  46.85 
 
 		 226 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.885315  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0898  urease accessory protein UreF  46.85 
 
 		 226 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4737  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2492  urease accessory protein UreF  46.85 
 
 		 226 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0868  urease accessory protein UreF  46.61 
 
 		 226 aa  132  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.947799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0777  urease accessory protein UreF  44.29 
 
 		 226 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0958  urease accessory protein UreF  37.62 
 
 		 230 aa  130  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0884  urease accessory protein UreF  41.63 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.782823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2182  Urease accessory protein UreF  40.54 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.349664  normal  0.124246 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2439  urease accessory protein UreF  36.94 
 
 		 227 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.280457  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0926  Urease accessory protein UreF  45.66 
 
 		 226 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2262  urease accessory protein UreF  45.66 
 
 		 226 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.998709 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1859  Urease accessory protein UreF  43.05 
 
 		 229 aa  123  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.148323 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3407  urease accessory protein UreF  39.45 
 
 		 225 aa  122  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1180  urease accessory protein UreF  44.3 
 
 		 238 aa  121  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4635  urease accessory protein UreF  38.36 
 
 		 229 aa  120  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00483851  normal  0.066113 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0972  urease accessory protein UreF  39.21 
 
 		 232 aa  119  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0186  urease accessory protein UreF  39.29 
 
 		 228 aa  118  6e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1348  urease accessory protein UreF  37.89 
 
 		 233 aa  118  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2991  urease accessory protein UreF  38.6 
 
 		 231 aa  118  9e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.901747  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2030  urease accessory protein UreF  42.36 
 
 		 229 aa  116  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.859598  normal  0.139287 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3106  Urease accessory protein UreF  36.24 
 
 		 253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0984  urease accessory protein UreF  36.03 
 
 		 269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.341569  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4247  Urease accessory protein UreF  38.36 
 
 		 223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3532  urease accessory protein UreF  37.89 
 
 		 251 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.510813  normal  0.516432 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1325  UreF  38.18 
 
 		 224 aa  111  9e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2267  Urease accessory protein UreF  41.04 
 
 		 227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00891  Urease accessory protein UreF  32.69 
 
 		 208 aa  108  5e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.42714  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7006  urease accessory protein UreF  33.8 
 
 		 240 aa  106  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.891807 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29761  urease accessory protein UreF  34.5 
 
 		 227 aa  106  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2252  urease accessory protein F  36.68 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2841  urease accessory protein UreF  37.61 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2420  urease accessory protein UreF  36.24 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2848  urease accessory protein UreF  38.46 
 
 		 224 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2996  urease accessory protein UreF  34.68 
 
 		 232 aa  103  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4159  urease accessory protein UreF  34.25 
 
 		 309 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1070  urease accessory protein UreF  36.4 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0664  urease accessory protein  39.55 
 
 		 237 aa  98.2  8e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1724  urease accessory protein UreF  33.21 
 
 		 288 aa  97.8  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.616016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2622  urease accessory protein F  34.63 
 
 		 223 aa  95.9  4e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0673782  normal  0.796864 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4833  urease accessory protein UreF  28.57 
 
 		 228 aa  95.9  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2932  urease accessory protein UreF  38.46 
 
 		 224 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.617644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1868  urease accessory protein UreF  31.46 
 
 		 237 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.113809  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2866  urease accessory protein UreF  34.91 
 
 		 229 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.669452  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3014  urease accessory protein UreF  32.88 
 
 		 244 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.347135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1476  Urease accessory protein UreF  32.58 
 
 		 228 aa  91.7  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0566307  normal  0.716543 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08901  urease accessory protein UreF  26.34 
 
 		 228 aa  91.3  1e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.460278  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0831  urease accessory protein UreF  25.45 
 
 		 228 aa  90.5  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3690  urease accessory protein UreF  31.48 
 
 		 241 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1814  urease accessory protein UreF  26.64 
 
 		 240 aa  90.1  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08881  urease accessory protein UreF  25.89 
 
 		 228 aa  89.4  4e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.751902  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3239  Urease accessory protein UreF  31.96 
 
 		 238 aa  88.6  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.525319 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1092  Urease accessory protein UreF  34.25 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.827823  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2120  urease accessory protein UreF  33.79 
 
 		 250 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.481302  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1029  urease accessory protein UreF  34.65 
 
 		 231 aa  87  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.185094 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3497  urease accessory protein UreF  30.99 
 
 		 288 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.977341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3203  Urease accessory protein UreF  32.41 
 
 		 224 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0991  urease accessory protein UreF  32.39 
 
 		 210 aa  84.7  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1702  Urease accessory protein UreF  32.71 
 
 		 225 aa  84.3  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000278425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4179  Urease accessory protein UreF  32.6 
 
 		 240 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3468  urease accessory protein UreF  32.42 
 
 		 224 aa  83.6  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000115011  normal  0.208076 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0394  Urease accessory protein UreF  32.89 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2009  Urease accessory protein UreF  34.58 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0245  urease accessory protein UreF  31.28 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0381  urease accessory protein UreF  32.86 
 
 		 214 aa  79.3  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0722  Urease accessory protein UreF  27.39 
 
 		 240 aa  79.3  0.00000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3260  urease accessory protein UreF  32.27 
 
 		 228 aa  79.3  0.00000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1947  urease accessory protein UreF  30.52 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0303  urease accessory protein UreF  30.52 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19211  urease accessory protein UreF  28.82 
 
 		 223 aa  77  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2362  putative urease accessory protein  30.99 
 
 		 210 aa  74.7  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.875021 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1050  urease accessory protein ureF  28.19 
 
 		 223 aa  73.6  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.713958  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0327  urease accessory protein  25.56 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>