46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0175 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_0086  integrase family protein  96.14 
 
 		 440 aa  845    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.55309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0117  integrase family protein  94.55 
 
 		 440 aa  831    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0175  integrase family protein  100 
 
 		 440 aa  894    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0101  integrase family protein  97.05 
 
 		 440 aa  870    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0543  integrase family protein  37.44 
 
 		 413 aa  269  8.999999999999999e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.000277419  normal  0.0534863 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2345  putative site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.57 
 
 		 395 aa  117  3.9999999999999997e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.586373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3541  phage integrase family protein  24.22 
 
 		 452 aa  99.4  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00310  site-specific recombinase, phage integrase family protein  24.07 
 
 		 429 aa  98.2  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3198  phage integrase family protein  24 
 
 		 481 aa  95.1  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00055916  hitchhiker  0.0000000690762 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2067  phage integrase family protein  24.88 
 
 		 424 aa  94  5e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3866  phage integrase family site specific recombinase  24.59 
 
 		 368 aa  89  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0209  phage integrase family protein  36.8 
 
 		 379 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  31.15 
 
 		 300 aa  55.8  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2804  hypothetical protein  30 
 
 		 479 aa  55.8  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00492657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28491  hypothetical protein  29.78 
 
 		 505 aa  54.3  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00391  hypothetical protein  22.14 
 
 		 295 aa  53.9  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.497862 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2948  phage integrase family protein  27.32 
 
 		 380 aa  53.1  0.000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.245943 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1668  hypothetical protein  28.72 
 
 		 375 aa  50.4  0.00006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.810968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  28.42 
 
 		 297 aa  49.3  0.0001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  29.19 
 
 		 332 aa  49.7  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1820  phage integrase family protein  28.96 
 
 		 283 aa  49.3  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.111306  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1694  phage integrase family protein  20.97 
 
 		 467 aa  48.9  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  24.5 
 
 		 305 aa  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3235  Phage integrase  28.57 
 
 		 395 aa  47  0.0007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0524  integrase family protein  29.41 
 
 		 407 aa  46.2  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.236803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3505  phage integrase family protein  25.99 
 
 		 330 aa  46.2  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.431904  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.23 
 
 		 296 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.23 
 
 		 296 aa  45.1  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.23 
 
 		 296 aa  45.4  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.23 
 
 		 296 aa  45.1  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.23 
 
 		 296 aa  45.4  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.23 
 
 		 296 aa  45.1  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.23 
 
 		 296 aa  45.1  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.23 
 
 		 296 aa  45.1  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.23 
 
 		 296 aa  45.1  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  26.44 
 
 		 296 aa  44.3  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.86 
 
 		 299 aa  44.3  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.42 
 
 		 296 aa  43.9  0.006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 303 aa  43.9  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  27.91 
 
 		 278 aa  43.5  0.008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.43 
 
 		 296 aa  43.1  0.009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4324  integrase family protein  26.82 
 
 		 396 aa  43.1  0.009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0145  integrase family protein  27.33 
 
 		 363 aa  43.1  0.01  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0766756 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  25.86 
 
 		 296 aa  43.1  0.01  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1994  integrase family protein  25.24 
 
 		 315 aa  43.1  0.01  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000947418  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3587  integrase family protein  23.81 
 
 		 304 aa  43.1  0.01  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  decreased coverage  0.00000000515843  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>