More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1236 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1236  anchored repeat-type ABC transporter, permease subunit  100 
 
 		 287 aa  559  1e-158  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000156655 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2036  ABC-3 protein  66.9 
 
 		 312 aa  356  1.9999999999999998e-97  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.292587  normal  0.523327 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2617  ABC-3 protein  69.06 
 
 		 312 aa  347  2e-94  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.60645 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4771  ABC-3 protein  59.29 
 
 		 287 aa  322  5e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.129211  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2382  ABC-3 protein  60.15 
 
 		 280 aa  281  6.000000000000001e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.376168  normal  0.01145 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2066  metal ABC transporter, permease protein  42.86 
 
 		 288 aa  222  6e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0037  manganese ABC transporter, permease  42.49 
 
 		 288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000275951  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2965  ABC transporter permease  42.86 
 
 		 288 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000539845  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3190  ABC transporter permease  42.86 
 
 		 288 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2066  ABC-3 protein  42.97 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2804  ABC-3 protein  42.11 
 
 		 289 aa  206  3e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0952  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport systems, permease component  38.57 
 
 		 280 aa  206  4e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.139683  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1531  manganese ABC transporter, permease protein  38.02 
 
 		 277 aa  195  6e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0231944  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3635  ABC-3 protein  40.66 
 
 		 288 aa  193  3e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1599  hypothetical protein  38.83 
 
 		 281 aa  189  5e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000345254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3044  ABC-3 protein  42.69 
 
 		 289 aa  188  8e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00612109  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1589  ABC-3 protein  41.89 
 
 		 281 aa  188  8e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1043  ABC-3 protein  36.96 
 
 		 312 aa  187  1e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151088 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2550  ABC-3 protein  40.68 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1256  ABC-3 protein  41.89 
 
 		 280 aa  187  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.400724  hitchhiker  0.000923088 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1439  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system, permease component  35.27 
 
 		 279 aa  186  5e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.315206  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0039  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system permease components  37.99 
 
 		 290 aa  182  5.0000000000000004e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0892  ABC-3 protein  42.37 
 
 		 278 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0918  ABC-3 protein  42.37 
 
 		 278 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0960733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2985  chelated iron transport system membrane protein YfeC  36.7 
 
 		 286 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06591  ABC transporter  37.99 
 
 		 290 aa  178  1e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3052  chelated iron transport system membrane protein YfeC  36.7 
 
 		 286 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0185666 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3000  ABC-3 protein  36.8 
 
 		 285 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0223089  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3016  chelated iron transport system membrane protein YfeC  36.7 
 
 		 286 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.110863 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3173  chelated iron transport system membrane protein YfeC  36.7 
 
 		 286 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.304498  normal  0.876834 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3068  chelated iron transport system membrane protein YfeC  36.7 
 
 		 286 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0291612  normal  0.062215 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3405  hypothetical protein  36.6 
 
 		 285 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.555758 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0841  ABC-3 protein  37.83 
 
 		 280 aa  177  3e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06591  ABC transporter  37.13 
 
 		 290 aa  176  3e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.591644  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1013  ABC transporter  38.02 
 
 		 291 aa  176  5e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.134252  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06291  ABC transporter  37.73 
 
 		 290 aa  175  6e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1113  ABC-3 protein  36.7 
 
 		 285 aa  174  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3260  ABC-3 protein  35.9 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00406808  normal  0.279428 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3454  ABC-3 protein  35.66 
 
 		 286 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1143  hypothetical protein  40.61 
 
 		 287 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4744  ABC-3 protein  36.53 
 
 		 285 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2916  ABC-3 protein  35.58 
 
 		 285 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2209  ABC-3 protein  37.84 
 
 		 287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0138791  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3172  iron/manganese transport system inner membrane protein SitC  36.7 
 
 		 285 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.568533  normal  0.768792 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0532  hypothetical protein  42.86 
 
 		 269 aa  173  3.9999999999999995e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.344335  normal  0.741945 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2602  ABC-3 protein  38.55 
 
 		 285 aa  172  5.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1610  iron/manganese transport system inner membrane protein SitC  36.33 
 
 		 285 aa  172  6.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000189097  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10471  ABC transporter  38.24 
 
 		 289 aa  171  9e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.246572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1230  hypothetical protein  32 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1917  ABC-3 protein  37.07 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0159377  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2174  ABC-3 protein  38.1 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0082  iron/manganese transport system membrane protein SitC  35.96 
 
 		 285 aa  169  4e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000869047 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2844  ABC-3 protein  35.97 
 
 		 281 aa  169  6e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2131  ABC-3 protein  37.22 
 
 		 286 aa  168  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.241388 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2045  ABC-3 protein  39.93 
 
 		 278 aa  168  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00377513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1703  chelated iron ABC transporter, permease protein YfeC  37.45 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1813  ABC-3 protein  37.45 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00569074  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3278  ABC-3 protein  36.4 
 
 		 291 aa  166  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0906  ABC Mn+2/Fe+2 transporter, inner membrane subunit SitC  37.55 
 
 		 286 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2565  ABC-3 protein  37.55 
 
 		 286 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.601761  normal  0.950378 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1205  ABC-3 protein  35.52 
 
 		 294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.601071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2632  chelated iron transport system membrane protein  37.08 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.23136  normal  0.707377 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1485  ABC transporter  36.74 
 
 		 274 aa  164  2.0000000000000002e-39  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.122101  normal  0.297655 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06681  ABC transporter  39.23 
 
 		 290 aa  163  3e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.715303  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3404  hypothetical protein  36.78 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18711  ABC transporter  37.31 
 
 		 289 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.24081 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0247  ABC-3 protein  36.43 
 
 		 286 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2893  ABC-3 transporter component  35.5 
 
 		 286 aa  159  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3700  ABC-3 protein  36.26 
 
 		 286 aa  159  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3358  hypothetical protein  39.05 
 
 		 297 aa  158  9e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0130649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1547  ABC-3 protein  37.69 
 
 		 279 aa  157  1e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1257  ABC-3 protein  36.54 
 
 		 286 aa  158  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0803  ABC-3 protein  35.36 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.117912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0776  ABC-3 protein  35.36 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4926  ABC-3 protein  32.86 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.255252  normal  0.854448 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1889  ABC 3 transport family protein  33.59 
 
 		 266 aa  155  5.0000000000000005e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0326  chelated iron ABC transporter, permease  36.12 
 
 		 296 aa  155  9e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0155604  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1656  ABC-3 metal transporter  35.18 
 
 		 283 aa  155  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.764054  hitchhiker  0.000770166 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0670  ABC-3 protein  33.33 
 
 		 278 aa  154  1e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0026627  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0655  ABC-3 protein  33.33 
 
 		 278 aa  154  1e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00255792  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1309  iron chelate ABC transporter, permease protein AfeC  35.5 
 
 		 285 aa  154  1e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0603  ABC transporter  36.86 
 
 		 291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1017  ABC transporter, inner membrane subunit  35.2 
 
 		 275 aa  152  4e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1661  putative ABC transporter membrane protein  35.27 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.726587  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2130  ABC-3 protein  34.34 
 
 		 286 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0882717 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2858  ABC-3 protein  38.58 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1657  ABC-3 metal transporter  36.29 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.917643  hitchhiker  0.00082794 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3621  ABC-3 protein  38.13 
 
 		 441 aa  149  4e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3725  ABC-3 protein  37.77 
 
 		 441 aa  148  8e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13210  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system, permease component  36.43 
 
 		 276 aa  148  8e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0280  ABC-3 protein  33.2 
 
 		 278 aa  147  1.0000000000000001e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0347715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0928  hypothetical protein  37.31 
 
 		 267 aa  147  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0195697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07780  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system, permease component  36.53 
 
 		 298 aa  147  1.0000000000000001e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2143  ABC-3 protein  32.57 
 
 		 304 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2735  ABC-3 protein  33.2 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2208  ABC-3 protein  32.57 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.033424  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1400  ABC-3 protein  32.69 
 
 		 351 aa  146  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0212461  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2573  manganese transport system membrane protein MntB  35.61 
 
 		 276 aa  146  3e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.449069  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6286  ABC-3 protein  37 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1916  ABC-3 protein  32.95 
 
 		 285 aa  147  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0155805  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>