More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2357 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2357  Rhodanese domain protein  100 
 
 		 230 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0207947  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1861  Rhodanese domain protein  90.87 
 
 		 454 aa  428  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0930  sulfur transferase, putative, selenocysteine-containing  37.66 
 
 		 423 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2058  Rhodanese domain protein  36.41 
 
 		 388 aa  104  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2516  rhodanese-like domain-containing protein  30.14 
 
 		 247 aa  101  9e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.890802  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2538  rhodanese domain-containing protein  29.9 
 
 		 252 aa  94.4  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0413586  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2892  rhodanese-like protein  30.58 
 
 		 377 aa  88.2  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.351885 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0679  rhodanese-like protein  28.57 
 
 		 363 aa  79  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.117873  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1354  metallo-beta-lactamase superfamily protein  29.23 
 
 		 472 aa  77.8  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.47654  normal  0.245215 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2272  Rhodanese domain protein  27.89 
 
 		 406 aa  76.3  0.0000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0828  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase, class I  36 
 
 		 554 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0919827  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0670  NADH dehydrogenase  34.21 
 
 		 554 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3119  beta-lactamase domain protein  30.48 
 
 		 463 aa  73.9  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0935  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase, class I  36 
 
 		 554 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000203969  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2937  beta-lactamase domain-containing protein  30.26 
 
 		 452 aa  73.6  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.142956  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2916  CoA-disulfide reductase  33 
 
 		 547 aa  72.8  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0736  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase, class I  35 
 
 		 554 aa  73.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0684  NADH dehydrogenase  35 
 
 		 554 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0774  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase, class I  35 
 
 		 554 aa  73.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0868  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase, class I  35 
 
 		 554 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000120121 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05707  hypothetical protein  44.32 
 
 		 567 aa  72  0.000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000099  putative pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  40.86 
 
 		 567 aa  70.9  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.251231  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0729  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  44.78 
 
 		 566 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000675699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2967  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  38.27 
 
 		 817 aa  69.7  0.00000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2326  beta-lactamase domain-containing protein  28.11 
 
 		 467 aa  69.3  0.00000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0191  thiosulfate sulfurtransferase  27.95 
 
 		 270 aa  69.3  0.00000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5751  beta-lactamase domain-containing protein  30.1 
 
 		 459 aa  68.6  0.00000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.469011  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2631  Rhodanese domain protein  35.29 
 
 		 480 aa  68.2  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1167  beta-lactamase domain protein  27.03 
 
 		 470 aa  67  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.705193  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6932  beta-lactamase domain protein  28.8 
 
 		 470 aa  67.4  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2849  beta-lactamase domain-containing protein  33.84 
 
 		 480 aa  67  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0585  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  45.33 
 
 		 569 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0588  putative NADH oxidase  45.59 
 
 		 567 aa  65.9  0.0000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4330  rhodanese domain-containing protein  29.38 
 
 		 569 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433624  normal  0.0780843 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3631  rhodanese-like protein  27.66 
 
 		 353 aa  65.1  0.0000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.161268  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3257  rhodanese domain-containing protein  27.62 
 
 		 541 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5172  beta-lactamase domain protein  26.94 
 
 		 466 aa  64.7  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3684  rhodanese domain-containing protein  28.91 
 
 		 555 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0253  Rhodanese domain protein  26.42 
 
 		 265 aa  63.5  0.000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5594  beta-lactamase domain protein  27.36 
 
 		 470 aa  63.9  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00681465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3085  rhodanese-like protein  28.27 
 
 		 459 aa  64.3  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4157  rhodanese domain-containing protein  28.91 
 
 		 541 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.759508 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3752  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  37.65 
 
 		 551 aa  63.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2763  Rhodanese domain protein  45.78 
 
 		 105 aa  64.3  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0148242  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4077  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  40.74 
 
 		 548 aa  64.3  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000142725  normal  0.651918 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4106  rhodanese-like protein  27.14 
 
 		 568 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.222358  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4260  rhodanese domain-containing protein  27.14 
 
 		 568 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0054703  normal  0.340284 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49253  predicted protein  40.48 
 
 		 566 aa  64.3  0.000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.836677  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1430  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  45.21 
 
 		 569 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3957  beta-lactamase domain-containing protein  28.17 
 
 		 489 aa  63.5  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381216 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02400  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  40 
 
 		 831 aa  63.2  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1394  rhodanese domain-containing protein  45.21 
 
 		 136 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1215  beta-lactamase domain-containing protein  28.57 
 
 		 460 aa  63.2  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0173274 
 
 
-
 
NC_002950  PG1570  rhodanese-like domain-containing protein  39.74 
 
 		 127 aa  63.2  0.000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1144  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  44.78 
 
 		 817 aa  62.8  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000586256  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2851  Rhodanese domain-containing protein  28.8 
 
 		 220 aa  62.8  0.000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3727  NADH dehydrogenase  41.18 
 
 		 550 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0490783  normal  0.104577 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3847  Rhodanese domain protein  35.63 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.323646  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1523  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  45.31 
 
 		 550 aa  62.8  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.861068  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1561  rhodanese domain-containing protein  40.3 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.229111 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3004  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  36.05 
 
 		 560 aa  62  0.000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2047  rhodanese-like protein  24.5 
 
 		 294 aa  62  0.000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000810205  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0688  beta-lactamase domain-containing protein  24.88 
 
 		 450 aa  62  0.000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.715713  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3629  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  37.04 
 
 		 557 aa  62  0.000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3122  rhodanese-like protein  36.78 
 
 		 127 aa  61.6  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2578  beta-lactamase domain protein  28.57 
 
 		 471 aa  61.2  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0010585  decreased coverage  0.0000461867 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1697  rhodanese domain-containing protein  26.22 
 
 		 258 aa  61.6  0.00000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.347959 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6177  beta-lactamase domain protein  27.81 
 
 		 470 aa  61.2  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.670762  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3148  putative phage shock protein E  38.1 
 
 		 133 aa  60.8  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0587  rhodanese domain-containing protein  25.79 
 
 		 251 aa  60.8  0.00000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.287178  normal  0.0572789 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2614  rhodanese domain-containing protein  29.41 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.155894 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30960  Rhodanese-like protein  26.6 
 
 		 527 aa  60.5  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.621734  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1826  beta-lactamase-like protein  27.23 
 
 		 457 aa  60.5  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4224  rhodanese domain-containing protein  37.97 
 
 		 125 aa  60.8  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1246  Rhodanese domain protein  41.25 
 
 		 130 aa  60.8  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000851542  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0836  fused NAD(FAD)-dependent dehydrogenase/rhodanese domain-containing protein  37.04 
 
 		 547 aa  60.8  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0734172  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2900  rhodanese domain-containing protein  34.07 
 
 		 127 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.423457  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0153  coenzyme A disulfide reductase, putative  44.12 
 
 		 565 aa  60.1  0.00000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3176  beta-lactamase domain protein  30.77 
 
 		 461 aa  60.1  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00491395  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1751  rhodanese-like protein  27.14 
 
 		 569 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14689  normal  0.128287 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0296  hypothetical protein  31.03 
 
 		 377 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3170  Rhodanese domain protein  27.88 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.212738 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1643  beta-lactamase domain-containing protein  31.03 
 
 		 464 aa  60.1  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1792  rhodanese-like domain protein  26.5 
 
 		 527 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0093  Rhodanese domain protein  36.99 
 
 		 112 aa  59.3  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2096  Rhodanese domain protein  28.38 
 
 		 258 aa  59.3  0.00000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1897  thiosulfate sulfurtransferase  26.23 
 
 		 273 aa  59.7  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.060194  normal  0.211414 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2852  Rhodanese domain-containing protein  39.19 
 
 		 113 aa  59.3  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1310  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  42.65 
 
 		 548 aa  59.3  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0058857  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1421  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  42.65 
 
 		 548 aa  59.3  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.14461  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2756  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  42.65 
 
 		 548 aa  59.3  0.00000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000394023  normal  0.393296 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3931  Rhodanese domain protein  30.84 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0175301 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0543  beta-lactamase domain protein  26.2 
 
 		 471 aa  58.9  0.00000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000327684 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4704  Rhodanese domain protein  30.61 
 
 		 114 aa  58.9  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.930099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4850  rhodanese-like protein  27.54 
 
 		 300 aa  58.9  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.146616 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2551  rhodanese domain-containing protein  28.32 
 
 		 380 aa  58.9  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.378324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1505  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  40.26 
 
 		 581 aa  58.9  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.184185  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0728  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  41.79 
 
 		 566 aa  58.9  0.00000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0715  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  41.79 
 
 		 566 aa  58.9  0.00000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3531  UBA/THIF-type NAD/FAD binding protein  35.44 
 
 		 377 aa  58.9  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.522613  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>