More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0550 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0550  NADH dehydrogenase subunit M  100 
 
 
562 aa  1088    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.291589 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6082  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  80.28 
 
 
519 aa  817    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.596347  normal  0.0617522 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4451  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  56.68 
 
 
510 aa  592  1e-168  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0655371 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4053  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  57.22 
 
 
510 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.596762 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0596  NADH dehydrogenase (quinone)  57.81 
 
 
509 aa  574  1.0000000000000001e-162  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.815561  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7679  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  56.53 
 
 
526 aa  558  1e-158  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6670  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  55.72 
 
 
520 aa  544  1e-153  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4546  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  58.42 
 
 
545 aa  543  1e-153  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.814127  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1286  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase chain M  51.53 
 
 
509 aa  535  1e-151  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.763724  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4406  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  53.3 
 
 
516 aa  529  1e-149  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0293  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit M  57.25 
 
 
502 aa  528  1e-148  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2683  NADH dehydrogenase subunit M  52.39 
 
 
521 aa  515  1.0000000000000001e-145  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0279  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  52.98 
 
 
507 aa  512  1e-144  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.716259  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1873  NADH dehydrogenase subunit M  49.82 
 
 
526 aa  509  1e-143  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13178  NADH dehydrogenase subunit M  49.47 
 
 
553 aa  506  9.999999999999999e-143  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.146902  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1589  NADH dehydrogenase subunit M  50.45 
 
 
518 aa  508  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1565  NADH dehydrogenase subunit M  50.45 
 
 
517 aa  507  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1535  NADH dehydrogenase subunit M  50.27 
 
 
519 aa  504  1e-141  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.486598  normal  0.50499 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0390  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  51.43 
 
 
535 aa  489  1e-137  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4493  NADH dehydrogenase subunit M  48.81 
 
 
511 aa  471  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.803352  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03280  NADH dehydrogenase subunit M  48.7 
 
 
534 aa  465  1e-129  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.992511 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2704  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  50.18 
 
 
514 aa  461  9.999999999999999e-129  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0986  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  51.31 
 
 
588 aa  456  1e-127  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5065  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  49.57 
 
 
555 aa  458  1e-127  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0532  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  46.71 
 
 
509 aa  443  1e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0551  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  46.69 
 
 
507 aa  431  1e-119  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.253401  normal  0.781277 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4232  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  39.67 
 
 
525 aa  412  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0177133  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0350  NADH dehydrogenase I, M subunit  40.07 
 
 
522 aa  411  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3623  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  40.11 
 
 
497 aa  404  1e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0933316 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3343  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  38.81 
 
 
519 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3914  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  39.67 
 
 
535 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0719914  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3217  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  47.86 
 
 
507 aa  401  9.999999999999999e-111  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.141162  normal  0.0503138 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07500  NADH dehydrogenase subunit M  50.09 
 
 
567 aa  398  1e-109  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0225564 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3998  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  40.04 
 
 
535 aa  393  1e-108  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000144113 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3180  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  48.34 
 
 
491 aa  390  1e-107  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3126  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  39.09 
 
 
535 aa  379  1e-104  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1992  NADH dehydrogenase subunit M  38.43 
 
 
513 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1875  NADH dehydrogenase subunit M  38.76 
 
 
502 aa  371  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.123353  normal  0.162516 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1304  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.73 
 
 
521 aa  371  1e-101  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.278041  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1728  NADH dehydrogenase subunit M  38.81 
 
 
512 aa  368  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.694351  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0443  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.46 
 
 
542 aa  365  1e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0442  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.46 
 
 
542 aa  365  2e-99  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.990094  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0414  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.46 
 
 
542 aa  363  3e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0481  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  43.92 
 
 
527 aa  362  1e-98  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2411  NADH dehydrogenase subunit M  38.93 
 
 
502 aa  361  2e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0139684  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0814  NADH dehydrogenase subunit M  39.36 
 
 
502 aa  360  3e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.669912  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1328  NADH dehydrogenase subunit M  38.14 
 
 
515 aa  360  3e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0365587 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1195  NADH dehydrogenase subunit M  36.62 
 
 
514 aa  360  4e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2529  NADH dehydrogenase subunit M  37.05 
 
 
513 aa  359  6e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0432269  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3286  NADH dehydrogenase subunit M  39.8 
 
 
505 aa  359  7e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.573256  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1929  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  40.26 
 
 
585 aa  358  9.999999999999999e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.341288  normal  0.991992 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0809  NADH dehydrogenase subunit M  39.16 
 
 
502 aa  358  9.999999999999999e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1248  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.36 
 
 
534 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.130648  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1034  NADH dehydrogenase subunit M  39.35 
 
 
501 aa  358  9.999999999999999e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1190  NADH dehydrogenase subunit M  37.05 
 
 
513 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.602239  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4621  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.95 
 
 
503 aa  358  1.9999999999999998e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0225414 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2208  NADH dehydrogenase subunit M  39.6 
 
 
502 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1365  NADH dehydrogenase subunit M  40.12 
 
 
503 aa  355  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.288443  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2232  NADH dehydrogenase subunit M  36.46 
 
 
513 aa  355  1e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0790  NADH dehydrogenase subunit M  37.93 
 
 
489 aa  355  1e-96  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0146664  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1273  NADH dehydrogenase subunit M  40.25 
 
 
503 aa  353  4e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.218995  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2386  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.38 
 
 
507 aa  353  5.9999999999999994e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0446554  normal  0.771852 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1567  NADH dehydrogenase subunit M  36.45 
 
 
510 aa  352  7e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0314  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.07 
 
 
493 aa  352  1e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0902  NADH dehydrogenase subunit M  39.29 
 
 
503 aa  351  2e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.485511  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4549  NADH dehydrogenase subunit M  37.62 
 
 
502 aa  351  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.899725  normal  0.177769 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2873  NADH dehydrogenase subunit M  37.87 
 
 
505 aa  351  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.593537  normal  0.190787 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2930  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.55 
 
 
503 aa  348  1e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2586  NADH dehydrogenase subunit M  38.6 
 
 
505 aa  348  1e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.277846  normal  0.933861 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4155  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.61 
 
 
534 aa  349  1e-94  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0166298 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3214  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.96 
 
 
514 aa  347  4e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0759  NADH dehydrogenase subunit M  37.04 
 
 
521 aa  347  5e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4138  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.28 
 
 
506 aa  346  7e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.68162  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1297  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.35 
 
 
517 aa  346  7e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.310609  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4402  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.67 
 
 
506 aa  346  8e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2820  NADH dehydrogenase subunit M  36.67 
 
 
494 aa  345  1e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3212  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.87 
 
 
517 aa  344  2e-93  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1007  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.2 
 
 
527 aa  344  2e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.244989  normal  0.172272 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2416  NADH dehydrogenase subunit M  38.8 
 
 
506 aa  345  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185861  hitchhiker  0.00201163 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1037  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  40.6 
 
 
525 aa  342  7e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.260264  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1295  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  39.49 
 
 
559 aa  342  1e-92  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1202  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.89 
 
 
527 aa  341  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1073  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.89 
 
 
527 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.397792  normal  0.614174 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0193  NADH dehydrogenase subunit M  39.26 
 
 
507 aa  339  7e-92  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0754  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.03 
 
 
501 aa  338  9.999999999999999e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2288  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  36.84 
 
 
516 aa  339  9.999999999999999e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1302  NADH dehydrogenase subunit M  35.95 
 
 
496 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1817  NADH dehydrogenase subunit M  35.95 
 
 
496 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0425  NADH dehydrogenase subunit M  35.95 
 
 
496 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.271774  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1311  NADH dehydrogenase subunit M  35.95 
 
 
496 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1448  NADH dehydrogenase subunit M  35.95 
 
 
496 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2997  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  38.39 
 
 
508 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1073  NADH dehydrogenase subunit M  35.95 
 
 
496 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0725  NADH dehydrogenase subunit M  35.95 
 
 
496 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10971  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1142  NADH dehydrogenase subunit M  35.95 
 
 
496 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.400671  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3625  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  38.58 
 
 
491 aa  335  1e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1367  NADH dehydrogenase subunit M  35.75 
 
 
504 aa  333  4e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.73718  normal  0.0186615 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2154  NADH dehydrogenase subunit M  35.58 
 
 
496 aa  333  6e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.575239  normal  0.457666 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2275  NADH dehydrogenase subunit M  35.58 
 
 
496 aa  333  7.000000000000001e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.229712  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3202  NADH dehydrogenase subunit M  35.51 
 
 
496 aa  332  8e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.422188  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>