More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0342 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0342  inner-membrane translocator  100 
 
 		 310 aa  591  1e-168  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.85222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2038  inner-membrane translocator  76.77 
 
 		 309 aa  394  1e-109  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.865574  normal  0.871737 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1083  inner-membrane translocator  63.06 
 
 		 312 aa  317  2e-85  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.913177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5685  inner-membrane translocator  57.91 
 
 		 316 aa  285  5.999999999999999e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5538  inner-membrane translocator  51.74 
 
 		 320 aa  271  1e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2957  leucine/isoleucine/valine transport system permease protein  49.37 
 
 		 322 aa  261  1e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2858  inner-membrane translocator  48.44 
 
 		 320 aa  260  2e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0782878  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1470  inner-membrane translocator  52.83 
 
 		 322 aa  259  3e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3059  inner-membrane translocator  52.47 
 
 		 345 aa  254  9e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00456062  hitchhiker  0.000874495 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3773  inner-membrane translocator  49.2 
 
 		 320 aa  248  1e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0402926  hitchhiker  0.00264869 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  47.2 
 
 		 316 aa  245  6e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  47.2 
 
 		 316 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  47.2 
 
 		 316 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  47.2 
 
 		 316 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  46.89 
 
 		 316 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  46.89 
 
 		 316 aa  241  9e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  46.89 
 
 		 316 aa  241  9e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  46.58 
 
 		 316 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20610  branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  50.93 
 
 		 348 aa  237  2e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  46.15 
 
 		 316 aa  236  4e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  45.65 
 
 		 316 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  45.65 
 
 		 316 aa  235  6e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  45.65 
 
 		 316 aa  235  7e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  45.65 
 
 		 316 aa  235  7e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  45.65 
 
 		 316 aa  235  8e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  45.43 
 
 		 311 aa  232  6e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4757  inner-membrane translocator  45.09 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3376  inner-membrane translocator  50.48 
 
 		 324 aa  231  1e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0297907 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3149  inner-membrane translocator  50.8 
 
 		 324 aa  230  2e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.766269  normal  0.537762 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2708  inner-membrane translocator  46.37 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.489693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2318  inner-membrane translocator  46.37 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249302  hitchhiker  0.00247249 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0822  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  46.77 
 
 		 316 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6412  inner-membrane translocator  45.54 
 
 		 316 aa  227  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2866  inner-membrane translocator  45.74 
 
 		 311 aa  226  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.631221  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.23 
 
 		 291 aa  224  1e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2440  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  45.43 
 
 		 311 aa  223  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  44.3 
 
 		 309 aa  223  4e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  41.23 
 
 		 301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  44.95 
 
 		 301 aa  222  8e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2493  inner-membrane translocator  46.96 
 
 		 320 aa  219  3.9999999999999997e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.440826  normal  0.0682574 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  43.89 
 
 		 338 aa  219  3.9999999999999997e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3144  inner-membrane translocator  45.23 
 
 		 316 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00376696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  43.26 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  44.3 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.14 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.3 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.3 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  43.26 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  43.14 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  44.38 
 
 		 319 aa  217  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  43.14 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  42.81 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  44.38 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  42.81 
 
 		 319 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  42.81 
 
 		 319 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  43.79 
 
 		 308 aa  216  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  43.97 
 
 		 308 aa  215  7e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  44.3 
 
 		 335 aa  215  8e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  43.38 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  44.41 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  43.23 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  43.71 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  43.09 
 
 		 290 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  43.31 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  42.45 
 
 		 309 aa  213  4.9999999999999996e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  43.48 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.95 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  40.2 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  40.2 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  45.1 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  45.33 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.85 
 
 		 291 aa  210  2e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1622  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.332368  normal  0.937087 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  43.73 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0759  inner-membrane translocator  43.83 
 
 		 311 aa  210  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000754526 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  42.76 
 
 		 294 aa  209  4e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  43.35 
 
 		 309 aa  209  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  43.05 
 
 		 292 aa  209  5e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1112  inner-membrane translocator  41.78 
 
 		 302 aa  209  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  42.32 
 
 		 309 aa  208  8e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  42.32 
 
 		 309 aa  208  9e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2976  inner-membrane translocator  47.06 
 
 		 393 aa  208  1e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  42.9 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1893  inner-membrane translocator  47.06 
 
 		 393 aa  208  1e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.229898  normal  0.0495469 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0586  inner-membrane translocator  43.41 
 
 		 307 aa  207  1e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  41.83 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  41.72 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5323  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  43.04 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.446123 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  42.05 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.45 
 
 		 302 aa  207  3e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2472  inner-membrane translocator  44.62 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1871  inner-membrane translocator  42.48 
 
 		 308 aa  206  3e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.384431  normal  0.0224958 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3573  inner-membrane translocator  49.85 
 
 		 336 aa  206  3e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.552593  normal  0.0123888 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2209  branched chain amino acid ABC transporter permease  41.88 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.396823  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.45 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  42 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2031  inner-membrane translocator  41.75 
 
 		 321 aa  204  1e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2842  inner-membrane translocator  50.31 
 
 		 336 aa  203  3e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.11864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3034  inner-membrane translocator  48.45 
 
 		 345 aa  202  4e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.458916  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3065  inner-membrane translocator  48.45 
 
 		 345 aa  202  4e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.995907 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>