78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3893 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3893  cytochrome c class I  100 
 
 		 165 aa  330  5e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.894591  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2986  hypothetical protein  54.08 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.338294  normal  0.0850747 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2352  hypothetical protein  53.06 
 
 		 133 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188456  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5240  putative cytochrome c class I protein  38.73 
 
 		 140 aa  105  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.114895  normal  0.361505 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0092  hypothetical protein  48.94 
 
 		 134 aa  105  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3383  cytochrome c class I  52.17 
 
 		 120 aa  103  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1994  putative cytochrome c  44.44 
 
 		 132 aa  97.1  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0572463  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  45.45 
 
 		 293 aa  94.7  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5829  putative cytochrome c protein, class I  46.59 
 
 		 136 aa  90.5  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  37.9 
 
 		 311 aa  71.6  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  39.5 
 
 		 352 aa  70.5  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  36.07 
 
 		 326 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  36.52 
 
 		 372 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  36.52 
 
 		 381 aa  64.3  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  36.52 
 
 		 372 aa  64.3  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  37.39 
 
 		 355 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  33.96 
 
 		 353 aa  62  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  34.07 
 
 		 318 aa  61.6  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5502  cytochrome c oxidase, subunit II  43.59 
 
 		 370 aa  60.8  0.000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.535121  normal  0.0572426 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  37.5 
 
 		 330 aa  60.8  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1449  cytochrome c oxidase, subunit II  30.83 
 
 		 346 aa  59.7  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.015711 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  37.63 
 
 		 327 aa  59.3  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0118  cytochrome c oxidase, subunit IIC  39.33 
 
 		 324 aa  58.9  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134505  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  35.16 
 
 		 354 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  34.58 
 
 		 322 aa  58.2  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1705  cytochrome c, monohaem  32.33 
 
 		 324 aa  57.8  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.829367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  40.51 
 
 		 352 aa  57.8  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1754  cytochrome c, monohaem  39.33 
 
 		 324 aa  57  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6354  cytochrome c oxidase subunit II  34.44 
 
 		 334 aa  57  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  41.03 
 
 		 352 aa  57  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  35.56 
 
 		 330 aa  56.6  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6146  cytochrome c oxidase, subunit II  35.96 
 
 		 353 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.870856  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  39.74 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2266  cytochrome c, monohaem  47.46 
 
 		 336 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.380948  normal  0.0167103 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  38.46 
 
 		 434 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  38.46 
 
 		 354 aa  53.9  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1993  cytochrome c oxidase, subunit II  31.91 
 
 		 314 aa  53.9  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  35.44 
 
 		 371 aa  51.6  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3892  cytochrome c oxidase subunit II  32.67 
 
 		 345 aa  50.8  0.000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.740774  normal  0.178097 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  37.97 
 
 		 342 aa  50.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3770  cytochrome c oxidase subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  48.9  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  36.46 
 
 		 351 aa  48.5  0.00005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  29.41 
 
 		 370 aa  47  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  28.57 
 
 		 286 aa  47  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0541  hypothetical protein  31.63 
 
 		 187 aa  46.6  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4046  cytochrome c oxidase, subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1193  cytochrome c oxidase, subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4062  cytochrome c oxidase, subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3959  cytochrome c oxidase, subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3856  cytochrome c oxidase subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  46.2  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.15254  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3687  cytochrome c oxidase, subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  46.2  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3704  cytochrome c oxidase, subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.136015  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4154  cytochrome c oxidase subunit II  26.21 
 
 		 349 aa  46.2  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2072  cytochrome c oxidase, subunit II  28.87 
 
 		 425 aa  45.8  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54281 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0709  cytochrome c oxidase subunit II  34.44 
 
 		 355 aa  45.4  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.669005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  29.41 
 
 		 367 aa  45.1  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1897  blue (type 1) copper domain protein  36.36 
 
 		 243 aa  45.1  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2347  cytochrome c oxidase, subunit II  32.91 
 
 		 334 aa  44.7  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  32.04 
 
 		 338 aa  44.7  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2646  cytochrome c oxidase subunit II  24.83 
 
 		 349 aa  44.3  0.0007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0991495  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11170  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit II  32.69 
 
 		 315 aa  44.3  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.761021  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3430  hydroxylamine reductase  62.07 
 
 		 690 aa  43.1  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133713  decreased coverage  0.000818462 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  35.78 
 
 		 174 aa  42.7  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  30.4 
 
 		 199 aa  42.7  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1855  cytochrome c oxidase, subunit II  25.58 
 
 		 356 aa  42.7  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0096  cytochrome c oxidase, subunit II  32.91 
 
 		 334 aa  42.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2974  cytochrome c class I  37.36 
 
 		 124 aa  43.1  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.835842  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0983  cytochrome c oxidase, subunit II  22.92 
 
 		 356 aa  42.4  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1194  hypothetical protein  29.7 
 
 		 264 aa  42  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1581  PA14 domain protein  27.59 
 
 		 969 aa  41.6  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2026  cytochrome c oxidase, subunit II  32.98 
 
 		 346 aa  41.6  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000905775 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1460  hypothetical protein  29.81 
 
 		 428 aa  41.2  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1555  hypothetical protein  29.81 
 
 		 428 aa  41.2  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2403  hypothetical protein  29.81 
 
 		 428 aa  41.2  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.102339  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1249  cytochrome c class I  27.38 
 
 		 238 aa  41.2  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  34.29 
 
 		 123 aa  40.8  0.009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0243  hypothetical protein  28.3 
 
 		 409 aa  40.8  0.009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>