87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3383 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3383  cytochrome c class I  100 
 
 		 120 aa  243  4.9999999999999997e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  47.12 
 
 		 293 aa  103  8e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3893  cytochrome c class I  52.17 
 
 		 165 aa  103  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.894591  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0092  hypothetical protein  50.62 
 
 		 134 aa  90.1  8e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5240  putative cytochrome c class I protein  41.73 
 
 		 140 aa  89  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.114895  normal  0.361505 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2986  hypothetical protein  47.62 
 
 		 132 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.338294  normal  0.0850747 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2352  hypothetical protein  43.75 
 
 		 133 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188456  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1994  putative cytochrome c  42.71 
 
 		 132 aa  80.1  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0572463  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  43.82 
 
 		 311 aa  77.4  0.00000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5829  putative cytochrome c protein, class I  44.57 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  43.37 
 
 		 352 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6146  cytochrome c oxidase, subunit II  42.17 
 
 		 353 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.870856  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  41.57 
 
 		 354 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  41.57 
 
 		 434 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  41.05 
 
 		 372 aa  67  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  41.05 
 
 		 372 aa  67  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  41.05 
 
 		 381 aa  67  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5502  cytochrome c oxidase, subunit II  42.17 
 
 		 370 aa  66.6  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.535121  normal  0.0572426 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  40.48 
 
 		 352 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  41.03 
 
 		 342 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  39.77 
 
 		 330 aa  64.3  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  36.56 
 
 		 326 aa  63.5  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  40.45 
 
 		 322 aa  63.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  38.46 
 
 		 371 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2072  cytochrome c oxidase, subunit II  36.45 
 
 		 425 aa  62.4  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54281 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  41.77 
 
 		 338 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  38.78 
 
 		 352 aa  60.5  0.000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  35.16 
 
 		 354 aa  57.8  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  38.2 
 
 		 327 aa  57.4  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  37.78 
 
 		 351 aa  57  0.00000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  37.18 
 
 		 353 aa  56.2  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  37.97 
 
 		 355 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2266  cytochrome c, monohaem  47.56 
 
 		 336 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.380948  normal  0.0167103 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0983  cytochrome c oxidase, subunit II  30.85 
 
 		 356 aa  54.7  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6354  cytochrome c oxidase subunit II  35.56 
 
 		 334 aa  54.3  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2646  cytochrome c oxidase subunit II  32.32 
 
 		 349 aa  54.7  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0991495  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  37.5 
 
 		 318 aa  54.3  0.0000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1193  cytochrome c oxidase, subunit II  31.31 
 
 		 349 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4046  cytochrome c oxidase, subunit II  31.31 
 
 		 349 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4154  cytochrome c oxidase subunit II  31.31 
 
 		 349 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3704  cytochrome c oxidase, subunit II  31.31 
 
 		 349 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.136015  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3856  cytochrome c oxidase subunit II  31.31 
 
 		 349 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.15254  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  33.67 
 
 		 330 aa  53.1  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0096  cytochrome c oxidase, subunit II  35.87 
 
 		 334 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  31.31 
 
 		 349 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4062  cytochrome c oxidase, subunit II  31.31 
 
 		 349 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3959  cytochrome c oxidase, subunit II  31.31 
 
 		 349 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3687  cytochrome c oxidase, subunit II  31.31 
 
 		 349 aa  53.5  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2347  cytochrome c oxidase, subunit II  38.78 
 
 		 334 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2026  cytochrome c oxidase, subunit II  45.76 
 
 		 346 aa  51.6  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000905775 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3770  cytochrome c oxidase subunit II  31.31 
 
 		 349 aa  51.6  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  37.76 
 
 		 338 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1855  cytochrome c oxidase, subunit II  32.39 
 
 		 356 aa  50.4  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1438  hypothetical protein  35.8 
 
 		 828 aa  49.7  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.45862  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1993  cytochrome c oxidase, subunit II  32.98 
 
 		 314 aa  48.9  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1584  cytochrome c, class I  28.68 
 
 		 126 aa  48.9  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0893762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0709  cytochrome c oxidase subunit II  36.84 
 
 		 355 aa  48.5  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.669005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  32.18 
 
 		 370 aa  48.5  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1449  cytochrome c oxidase, subunit II  39.24 
 
 		 346 aa  48.1  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.015711 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1581  PA14 domain protein  29.07 
 
 		 969 aa  47  0.00009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  32.18 
 
 		 367 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2076  cytochrome c class I  33.7 
 
 		 140 aa  46.2  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2450  cytochrome c family protein  33.7 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11170  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit II  38.54 
 
 		 315 aa  46.2  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.761021  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0118  cytochrome c oxidase, subunit IIC  34.83 
 
 		 324 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134505  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1705  cytochrome c, monohaem  34.02 
 
 		 324 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.829367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  30.56 
 
 		 123 aa  45.1  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4022  hypothetical protein  29.63 
 
 		 274 aa  43.5  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5786  hypothetical protein  30.1 
 
 		 202 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3480  cytochrome c, class I  29.67 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0541  hypothetical protein  29.35 
 
 		 187 aa  42.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3892  cytochrome c oxidase subunit II  29.52 
 
 		 345 aa  42.7  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.740774  normal  0.178097 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0200  cytochrome c class I  23.4 
 
 		 743 aa  42.4  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  26.15 
 
 		 131 aa  42  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2930  cytochrome c family protein  31.71 
 
 		 205 aa  42  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1754  cytochrome c, monohaem  31.46 
 
 		 324 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6323  cytochrome c class I  33.71 
 
 		 130 aa  42  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  26.15 
 
 		 131 aa  42  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  31.43 
 
 		 199 aa  42  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0460  hypothetical protein  30 
 
 		 260 aa  41.6  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0651  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  29.91 
 
 		 308 aa  41.2  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1946  cytochrome c, class I  29.93 
 
 		 151 aa  41.2  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  34.07 
 
 		 125 aa  40.8  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1676  cytochrome c oxidase, subunit II  30.69 
 
 		 337 aa  40.4  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1600  cytochrome c oxidase, subunit II  30.69 
 
 		 337 aa  40.8  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3033  cytochrome c class I  28.87 
 
 		 238 aa  40.4  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2275  cytochrome c oxidase, subunit II  29.7 
 
 		 337 aa  40  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.869151  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>