More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3489 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3489  CCA-adding enzyme  100 
 
 
382 aa  739    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2891  polynucleotide adenylyltransferase region  55.21 
 
 
386 aa  387  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2643  polynucleotide adenylyltransferase region  58.01 
 
 
380 aa  347  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.815822  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1205  Poly A polymerase family protein  58.53 
 
 
380 aa  344  2e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11272  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2866  polynucleotide adenylyltransferase region  59.06 
 
 
380 aa  338  8e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0081  polynucleotide adenylyltransferase protein  56.51 
 
 
379 aa  335  1e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2575  polynucleotide adenylyltransferase region  50.8 
 
 
388 aa  294  2e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0920  polynucleotide adenylyltransferase region  48.45 
 
 
417 aa  276  6e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2176  polynucleotide adenylyltransferase region  45.76 
 
 
409 aa  269  7e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1006  tRNA-nucleotidyltransferase  43.31 
 
 
417 aa  268  1e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.947871  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0729  polynucleotide adenylyltransferase region  44.14 
 
 
419 aa  261  2e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.939833 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3226  poly(A) polymerase  44.11 
 
 
420 aa  260  3e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456659  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1553  polyA polymerase family protein  43.11 
 
 
423 aa  253  3e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.36956  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1501  polyA polymerase family protein  43.11 
 
 
405 aa  252  6e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1612  polynucleotide adenylyltransferase region  53.52 
 
 
415 aa  249  5e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.919779  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2952  polynucleotide adenylyltransferase region  52.28 
 
 
406 aa  247  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.392505  normal  0.545062 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3053  Polynucleotide adenylyltransferase region  41.98 
 
 
417 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0413864 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2789  Polynucleotide adenylyltransferase region  44.22 
 
 
422 aa  243  6e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.195532 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2272  polynucleotide adenylyltransferase region  42.34 
 
 
419 aa  242  7.999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.554028 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1299  polynucleotide adenylyltransferase region  44.16 
 
 
417 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2622  polynucleotide adenylyltransferase region  45.29 
 
 
418 aa  238  1e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2275  putative poly(A) polymerase  43.91 
 
 
417 aa  237  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.302951  normal  0.321254 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3247  polynucleotide adenylyltransferase region  45.62 
 
 
418 aa  236  4e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2237  polynucleotide adenylyltransferase region  42.47 
 
 
417 aa  230  3e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1380  Polynucleotide adenylyltransferase region  45.9 
 
 
418 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26056  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4475  polynucleotide adenylyltransferase region  52.92 
 
 
418 aa  223  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  hitchhiker  0.001883 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0695  polynucleotide adenylyltransferase region  39.11 
 
 
417 aa  221  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.357967  normal  0.820843 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5176  Polynucleotide adenylyltransferase region  51.76 
 
 
417 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1021  polynucleotide adenylyltransferase region  44.13 
 
 
400 aa  221  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0790  Polynucleotide adenylyltransferase region  41.33 
 
 
419 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0439573 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1196  polynucleotide adenylyltransferase region  43.41 
 
 
418 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.689615 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2846  polynucleotide adenylyltransferase region  40.49 
 
 
417 aa  217  4e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0310585  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0109  polynucleotide adenylyltransferase region  43.62 
 
 
401 aa  215  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0125148  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1464  polynucleotide adenylyltransferase region  51.21 
 
 
424 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.443341  normal  0.113591 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1741  Polynucleotide adenylyltransferase region  50.81 
 
 
428 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.676657  normal  0.232346 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1461  Polynucleotide adenylyltransferase region  42.82 
 
 
421 aa  212  7e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.596817 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3015  Polynucleotide adenylyltransferase region  42.04 
 
 
420 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.684441  normal  0.443842 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2110  polynucleotide adenylyltransferase region  41.35 
 
 
398 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.402198  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0444  poly A polymerase family protein  34.7 
 
 
391 aa  199  7e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.19472  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2010  polynucleotide adenylyltransferase region  42.23 
 
 
389 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0601  polynucleotide adenylyltransferase region  51.68 
 
 
412 aa  197  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.130653  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0366  polynucleotide adenylyltransferase region  41.16 
 
 
525 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0646  polyA polymerase family protein  33.07 
 
 
392 aa  192  6e-48  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1116  polyA polymerase/tRNA nucleotidyltransferase family protein  32.89 
 
 
401 aa  185  9e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.172722  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0892  polynucleotide adenylyl transferase  31.54 
 
 
396 aa  182  1e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0635  Polynucleotide adenylyltransferase region  45.16 
 
 
427 aa  170  3e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1012  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  38.84 
 
 
399 aa  149  9e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.200696  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1636  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.92 
 
 
464 aa  145  8.000000000000001e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.841879  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1260  tRNA CCA-pyrophosphorylase  36.52 
 
 
397 aa  144  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2057  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  45.92 
 
 
465 aa  145  2e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000115369  normal  0.734292 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2353  tRNA cytidylyltransferase  42.61 
 
 
434 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.103855  normal  0.215704 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0461  tRNA CCA-pyrophosphorylase  37.99 
 
 
402 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0499  tRNA CCA-pyrophosphorylase  39.32 
 
 
404 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0026  polyA polymerase family protein  34.76 
 
 
424 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0756  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  38.77 
 
 
401 aa  141  1.9999999999999998e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.525982  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1033  polyA polymerase family protein  34.07 
 
 
448 aa  140  3e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0733439  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0026  polyA polymerase family protein  34.76 
 
 
422 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2295  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.86 
 
 
448 aa  139  6e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.730804  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0478  metal dependent phosphohydrolase  39.29 
 
 
490 aa  139  7e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.903999  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1027  tRNA CCA-pyrophosphorylase  28.69 
 
 
400 aa  138  2e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2120  tRNA CCA-pyrophosphorylase  37.16 
 
 
404 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3102  metal-dependent phosphohydrolase  36.3 
 
 
552 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3827  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.73 
 
 
459 aa  136  5e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05400  uncharacterized domain HDIG-containing protein  40.87 
 
 
451 aa  136  5e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00288807  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1665  tRNA CCA-pyrophosphorylase  34.82 
 
 
397 aa  136  8e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2475  tRNA cytidylyltransferase  35.73 
 
 
436 aa  135  8e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0152668  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0908  tRNA CCA-pyrophosphorylase  35.39 
 
 
398 aa  135  8e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000445275 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0372  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  33.91 
 
 
450 aa  135  9e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1480  polynucleotide adenylyltransferase region  42.65 
 
 
436 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.846111  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1446  tRNA CCA-pyrophosphorylase  34.38 
 
 
397 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1418  tRNA CCA-pyrophosphorylase  34.38 
 
 
397 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1630  tRNA CCA-pyrophosphorylase  34.38 
 
 
397 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.16656 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1559  tRNA CCA-pyrophosphorylase  34.38 
 
 
397 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3753  tRNA CCA-pyrophosphorylase  35.4 
 
 
397 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1703  tRNA CCA-pyrophosphorylase  34.38 
 
 
397 aa  134  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.026033  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1462  tRNA CCA-pyrophosphorylase  34.38 
 
 
397 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.649739  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1592  tRNA CCA-pyrophosphorylase  33.93 
 
 
397 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.441077  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4849  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  35.9 
 
 
499 aa  132  9e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1341  tRNA CCA-pyrophosphorylase  39.71 
 
 
402 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.293124  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1710  tRNA adenylyltransferase  31.33 
 
 
394 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.141453  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0767  tRNA CCA-pyrophosphorylase  36.03 
 
 
403 aa  131  2.0000000000000002e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.746315  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2857  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.98 
 
 
484 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.858546  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1419  tRNA CCA-pyrophosphorylase  33.93 
 
 
397 aa  131  3e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6436  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.03 
 
 
473 aa  129  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2407  tRNA adenylyltransferase  37.54 
 
 
471 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.460481 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0497  metal dependent phosphohydrolase  39.23 
 
 
492 aa  126  7e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1653  tRNA CCA-pyrophosphorylase  34.58 
 
 
402 aa  126  7e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2387  tRNA cytidylyltransferase  40.98 
 
 
436 aa  125  9e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0216975  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1756  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  35.78 
 
 
473 aa  125  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1023  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.8 
 
 
464 aa  124  2e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1654  tRNA cytidylyltransferase  41.26 
 
 
407 aa  124  3e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4968  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  35.74 
 
 
490 aa  124  3e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0497  metal dependent phosphohydrolase  36.07 
 
 
454 aa  123  7e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39600  tRNA adenylyltransferase  33.94 
 
 
523 aa  122  9e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1516  tRNA CCA-pyrophosphorylase  34.5 
 
 
400 aa  121  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1545  tRNA CCA-pyrophosphorylase  34.5 
 
 
400 aa  121  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00353359  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0727  polynucleotide adenylyltransferase  27.87 
 
 
410 aa  120  4.9999999999999996e-26  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.43886  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1389  metal dependent phosphohydrolase  34.23 
 
 
442 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.23743  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9036  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.17 
 
 
491 aa  120  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192829  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0308  polynucleotide adenylyltransferase region  35 
 
 
427 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.467855 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>