More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1196 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1380  Polynucleotide adenylyltransferase region  85.89 
 
 		 418 aa  676    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26056  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1196  polynucleotide adenylyltransferase region  100 
 
 		 418 aa  818    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.689615 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1299  polynucleotide adenylyltransferase region  90.1 
 
 		 417 aa  708    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0920  polynucleotide adenylyltransferase region  77.8 
 
 		 417 aa  623  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3247  polynucleotide adenylyltransferase region  76.79 
 
 		 418 aa  622  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2622  polynucleotide adenylyltransferase region  75.91 
 
 		 418 aa  607  9.999999999999999e-173  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2275  putative poly(A) polymerase  76.11 
 
 		 417 aa  601  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.302951  normal  0.321254 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2952  polynucleotide adenylyltransferase region  54.38 
 
 		 406 aa  344  2e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.392505  normal  0.545062 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2272  polynucleotide adenylyltransferase region  46.4 
 
 		 419 aa  305  1.0000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.554028 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3226  poly(A) polymerase  47.03 
 
 		 420 aa  302  6.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456659  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3053  Polynucleotide adenylyltransferase region  46.86 
 
 		 417 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0413864 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2176  polynucleotide adenylyltransferase region  45.61 
 
 		 409 aa  298  9e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1006  tRNA-nucleotidyltransferase  42.65 
 
 		 417 aa  297  3e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.947871  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1553  polyA polymerase family protein  45.02 
 
 		 423 aa  296  4e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.36956  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0790  Polynucleotide adenylyltransferase region  44.86 
 
 		 419 aa  296  4e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0439573 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2237  polynucleotide adenylyltransferase region  43.61 
 
 		 417 aa  287  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1501  polyA polymerase family protein  45.95 
 
 		 405 aa  286  4e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1612  polynucleotide adenylyltransferase region  42.96 
 
 		 415 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.919779  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0695  polynucleotide adenylyltransferase region  43.35 
 
 		 417 aa  282  9e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.357967  normal  0.820843 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0729  polynucleotide adenylyltransferase region  43.29 
 
 		 419 aa  280  4e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.939833 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5176  Polynucleotide adenylyltransferase region  48.98 
 
 		 417 aa  277  3e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4475  polynucleotide adenylyltransferase region  51.66 
 
 		 418 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.239628  hitchhiker  0.001883 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2789  Polynucleotide adenylyltransferase region  44.47 
 
 		 422 aa  272  6e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.195532 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1461  Polynucleotide adenylyltransferase region  46.4 
 
 		 421 aa  272  7e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.596817 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2846  polynucleotide adenylyltransferase region  43.51 
 
 		 417 aa  269  7e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0310585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1741  Polynucleotide adenylyltransferase region  44.67 
 
 		 428 aa  263  4e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.676657  normal  0.232346 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1464  polynucleotide adenylyltransferase region  45.16 
 
 		 424 aa  263  6e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.443341  normal  0.113591 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2010  polynucleotide adenylyltransferase region  46.72 
 
 		 389 aa  255  1.0000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0601  polynucleotide adenylyltransferase region  48.29 
 
 		 412 aa  252  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.130653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1021  polynucleotide adenylyltransferase region  43.28 
 
 		 400 aa  251  2e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0109  polynucleotide adenylyltransferase region  42.48 
 
 		 401 aa  241  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0125148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2110  polynucleotide adenylyltransferase region  41.22 
 
 		 398 aa  230  3e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.402198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2575  polynucleotide adenylyltransferase region  43.63 
 
 		 388 aa  228  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3489  CCA-adding enzyme  44.65 
 
 		 382 aa  225  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0444  poly A polymerase family protein  34.04 
 
 		 391 aa  219  6e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.19472  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0366  polynucleotide adenylyltransferase region  41 
 
 		 525 aa  210  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2643  polynucleotide adenylyltransferase region  43.77 
 
 		 380 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.815822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0646  polyA polymerase family protein  32.39 
 
 		 392 aa  209  8e-53  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2891  polynucleotide adenylyltransferase region  43.54 
 
 		 386 aa  208  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0892  polynucleotide adenylyl transferase  29.76 
 
 		 396 aa  206  5e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1205  Poly A polymerase family protein  41.6 
 
 		 380 aa  205  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11272  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0081  polynucleotide adenylyltransferase protein  48.14 
 
 		 379 aa  203  5e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2866  polynucleotide adenylyltransferase region  42.09 
 
 		 380 aa  202  8e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3015  Polynucleotide adenylyltransferase region  43.05 
 
 		 420 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.684441  normal  0.443842 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1116  polyA polymerase/tRNA nucleotidyltransferase family protein  31.38 
 
 		 401 aa  201  3e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.172722  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0635  Polynucleotide adenylyltransferase region  46.41 
 
 		 427 aa  147  4.0000000000000006e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2120  tRNA CCA-pyrophosphorylase  39.63 
 
 		 404 aa  139  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1027  tRNA CCA-pyrophosphorylase  30.94 
 
 		 400 aa  138  2e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1260  tRNA CCA-pyrophosphorylase  35.59 
 
 		 397 aa  137  4e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1012  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  36.49 
 
 		 399 aa  133  5e-30  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.200696  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0499  tRNA CCA-pyrophosphorylase  38.01 
 
 		 404 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0767  tRNA CCA-pyrophosphorylase  37.73 
 
 		 403 aa  131  2.0000000000000002e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.746315  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05400  uncharacterized domain HDIG-containing protein  41.58 
 
 		 451 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00288807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1703  tRNA CCA-pyrophosphorylase  33.79 
 
 		 397 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.026033  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0908  tRNA CCA-pyrophosphorylase  36.36 
 
 		 398 aa  128  2.0000000000000002e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000445275 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1665  tRNA CCA-pyrophosphorylase  33.79 
 
 		 397 aa  127  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3753  tRNA CCA-pyrophosphorylase  33.79 
 
 		 397 aa  127  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0497  metal dependent phosphohydrolase  30.38 
 
 		 454 aa  127  3e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0026  polyA polymerase family protein  37.62 
 
 		 424 aa  127  3e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1592  tRNA CCA-pyrophosphorylase  33.79 
 
 		 397 aa  127  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.441077  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1446  tRNA CCA-pyrophosphorylase  33.79 
 
 		 397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1418  tRNA CCA-pyrophosphorylase  33.79 
 
 		 397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1462  tRNA CCA-pyrophosphorylase  33.79 
 
 		 397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.649739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1559  tRNA CCA-pyrophosphorylase  33.79 
 
 		 397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1630  tRNA CCA-pyrophosphorylase  33.79 
 
 		 397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.16656 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1756  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  38.12 
 
 		 473 aa  127  5e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1545  tRNA CCA-pyrophosphorylase  31.43 
 
 		 400 aa  126  9e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00353359  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1516  tRNA CCA-pyrophosphorylase  31.43 
 
 		 400 aa  126  9e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1710  tRNA adenylyltransferase  34.42 
 
 		 394 aa  126  9e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.141453  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0756  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  39.62 
 
 		 401 aa  125  1e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.525982  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1419  tRNA CCA-pyrophosphorylase  33.79 
 
 		 397 aa  124  3e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1636  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  29.61 
 
 		 464 aa  124  3e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.841879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3827  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  41 
 
 		 459 aa  123  5e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2295  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.89 
 
 		 448 aa  123  5e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.730804  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0026  polyA polymerase family protein  36.63 
 
 		 422 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1341  tRNA CCA-pyrophosphorylase  36.57 
 
 		 402 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.293124  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0478  metal dependent phosphohydrolase  37.44 
 
 		 490 aa  117  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.903999  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1033  polyA polymerase family protein  28.5 
 
 		 448 aa  117  3.9999999999999997e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0733439  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0461  tRNA CCA-pyrophosphorylase  37.81 
 
 		 402 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2057  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  37.02 
 
 		 465 aa  116  6e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000115369  normal  0.734292 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3102  metal-dependent phosphohydrolase  33.84 
 
 		 552 aa  116  7.999999999999999e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2353  tRNA cytidylyltransferase  40 
 
 		 434 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.103855  normal  0.215704 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2139  metal dependent phosphohydrolase  34.57 
 
 		 525 aa  113  6e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0608  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  25.81 
 
 		 584 aa  111  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1653  tRNA CCA-pyrophosphorylase  36.23 
 
 		 402 aa  109  7.000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4574  HDIG domain-containing protein  38.28 
 
 		 485 aa  109  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.119435 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2407  tRNA adenylyltransferase  34.31 
 
 		 471 aa  108  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.460481 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4849  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.22 
 
 		 499 aa  107  4e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0497  metal dependent phosphohydrolase  35.82 
 
 		 492 aa  105  2e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4531  metal dependent phosphohydrolase  36.33 
 
 		 502 aa  105  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1023  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.86 
 
 		 464 aa  105  2e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5092  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.36 
 
 		 485 aa  104  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000588683 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2857  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.72 
 
 		 484 aa  103  5e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.858546  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0727  polynucleotide adenylyltransferase  31.09 
 
 		 410 aa  103  6e-21  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.43886  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0372  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.43 
 
 		 450 aa  103  8e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1389  metal dependent phosphohydrolase  33.63 
 
 		 442 aa  103  8e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.23743  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2777  Poly(A) polymerase, PcnB  34.38 
 
 		 509 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0701742  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6436  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.98 
 
 		 473 aa  102  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0308  polynucleotide adenylyltransferase region  30.17 
 
 		 427 aa  102  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.467855 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0023  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  39.68 
 
 		 462 aa  100  4e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>